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- PDB-4m70: Crystal structure of potato Rx-CC domain in complex with RanGAP2-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m70
タイトルCrystal structure of potato Rx-CC domain in complex with RanGAP2-WPP domain
要素
  • (Ran GTPase activating protein 2) x 2
  • Rx protein
キーワードPLANT PROTEIN / Rx / RanGAP2 / coiled coil domain / WPP domain / plant disease resistance gene / resistance responses / popato X virus
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP binding / defense response
類似検索 - 分子機能
WPP domain / WPP domain / WPP domain superfamily / WPP domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4130 / Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Leucine Rich repeat / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 ...WPP domain / WPP domain / WPP domain superfamily / WPP domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4130 / Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Leucine Rich repeat / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Leucine-rich repeat / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Leucine-rich repeat domain superfamily / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ran GTPase activating protein 2 / Rx protein
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum tuberosum (ジャガイモ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.103 Å
データ登録者Chai, J. / Hao, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for the Interaction between the Potato Virus X Resistance Protein (Rx) and Its Cofactor Ran GTPase-activating Protein 2 (RanGAP2)
著者: Hao, W. / Collier, S.M. / Moffett, P. / Chai, J.
履歴
登録2013年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Database references
改定 1.22017年6月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rx protein
E: Ran GTPase activating protein 2
L: Rx protein
J: Ran GTPase activating protein 2
I: Rx protein
B: Ran GTPase activating protein 2
H: Rx protein
Q: Rx protein
K: Ran GTPase activating protein 2
R: Ran GTPase activating protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,93910
ポリマ－125,93910
非ポリマー00
水3,135174
1
A: Rx protein
R: Ran GTPase activating protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6942
ポリマ－23,6942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area9300 Å2
手法PISA
2
E: Ran GTPase activating protein 2
L: Rx protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5612
ポリマ－25,5612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10840 Å2
手法PISA
3
J: Ran GTPase activating protein 2
I: Rx protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5612
ポリマ－25,5612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area10450 Å2
手法PISA
4
B: Ran GTPase activating protein 2
H: Rx protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5612
ポリマ－25,5612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area10720 Å2
手法PISA
5
Q: Rx protein
K: Ran GTPase activating protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5612
ポリマ－25,5612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area9480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.085, 91.142, 87.762
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Rx protein


分子量: 14272.324 Da / 分子数: 5 / 断片: Rx-CC domain, UNP residues 1-122 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / 遺伝子: rx / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XGF5
#2: タンパク質
Ran GTPase activating protein 2


分子量: 11288.781 Da / 分子数: 4 / 断片: StRanGAP2-WPP domain, UNP residues 15-112 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / 遺伝子: RanGAP2 / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I7JSB1
#3: タンパク質 Ran GTPase activating protein 2


分子量: 9422.042 Da / 分子数: 1 / 断片: StRanGAP2-WPP domain, UNP residues 15-112 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物), (組換発現) Solanum tuberosum (ジャガイモ)
遺伝子: RanGAP2, Rx / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I7JSB1
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF CHAIN R IS THE SAME OF CHAIN E, J, B, K. THE AUTHOR COULD OBSERVE RESIDUES 23-33, ...THE SEQUENCE OF CHAIN R IS THE SAME OF CHAIN E, J, B, K. THE AUTHOR COULD OBSERVE RESIDUES 23-33, 86-101 AND BELIEVED THAT THESE RESIDUES IS PART OF THE N- TERMINAL RESIDUES 15-37, C-TERMINAL RESIDUES 74-113. BUT THE AUTHOR IS NOT SURE WHICH PART CORRESPONDS WITH THESE RESIDUES. SO THE RESIDUE NUMBERS OF 23-33, 86-101 IS MEANINGLESS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.69 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10mM Tis, 100 mM NaCl, 39%(V/V) Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月10日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.103→28.648 Å / Num. all: 65379 / Num. obs: 65379 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 42.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.103→28.648 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7001 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / 位相誤差: 35.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2756 3325 5.09 %RANDOM
Rwork0.2529 62053 --
obs0.2541 65378 98.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.29 Å2 / Biso mean: 61.7444 Å2 / Biso min: 35.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.103→28.648 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7290 0 0 174 7464
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067380
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9439944
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551163
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051260
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3442750
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1028-2.13280.41941160.34122398251491
2.1328-2.16460.37961310.32752474260595
2.1646-2.19840.34271250.30722518264396
2.1984-2.23450.29371310.31792543267496
2.2345-2.2730.3591290.34372516264596
2.273-2.31430.35151250.29542588271397
2.3143-2.35880.35321110.28092565267698
2.3588-2.40690.2911560.27152582273899
2.4069-2.45920.3171330.27522645277899
2.4592-2.51640.34071430.27562558270199
2.5164-2.57930.29911490.263526002749100
2.5793-2.6490.29831280.271726522780100
2.649-2.72690.31241600.270925822742100
2.7269-2.81480.29951520.270526092761100
2.8148-2.91530.261480.265926002748100
2.9153-3.03190.32331390.267326422781100
3.0319-3.16970.27811550.274626082763100
3.1697-3.33660.26731320.258226592791100
3.3366-3.54530.26831570.241325992756100
3.5453-3.81850.28251340.238526572791100
3.8185-4.20170.2081580.219926012759100
4.2017-4.80720.23621400.217726502790100
4.8072-6.04720.28181430.267126682811100
6.0472-28.65110.27391300.23382539266993

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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