PDB-4m56: The Structure of Wild-type MalL from Bacillus subtilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4m56

タイトル

The Structure of Wild-type MalL from Bacillus subtilis

要素

Oligo-1,6-glucosidase 1

キーワード

HYDROLASE / TIM barrel / Glucosidase

機能・相同性

機能・相同性情報

oligo-1,6-glucosidase / oligo-1,6-glucosidase activity / alpha-amylase activity / oligosaccharide catabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Hobbs, J.K. / Jiao, W. / Easter, A.D. / Parker, E.J. / Schipper, L.A. / Arcus, V.L.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Change in heat capacity for enzyme catalysis determines temperature dependence of enzyme catalyzed rates.
著者: Hobbs, J.K. / Jiao, W. / Easter, A.D. / Parker, E.J. / Schipper, L.A. / Arcus, V.L.

履歴

登録	2013年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月27日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4m56.ent.gz	388.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4m56_validation.pdf.gz	476.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4m56_full_validation.pdf.gz	484.8 KB	表示
XML形式データ	4m56_validation.xml.gz	49.6 KB	表示
CIF形式データ	4m56_validation.cif.gz	73.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/4m56 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/4m56	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4m8uC 4mazC 4mb1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gin-d 5wcz-1 6q2m-2 4h2c-d 5brp-3 2pwf-2 4m8u-d 4hph-d 4aie-d 2zic-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Oligo-1,6-glucosidase 1

B: Oligo-1,6-glucosidase 1

ヘテロ分子

133 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Oligo-1,6-glucosidase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Oligo-1,6-glucosidase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.650, 100.260, 101.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.28, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	0	1	0	A	1 - 559
2	0	1	0	B	1 - 559

#1: タンパク質	Oligo-1,6-glucosidase 1 / Dextrin 6-alpha-D-glucanohydrolase / Oligosaccharide alpha-1 / 6-glucosidase 1 / Sucrase-isomaltase ...Dextrin 6-alpha-D-glucanohydrolase / Oligosaccharide alpha-1 / 6-glucosidase 1 / Sucrase-isomaltase 1 / Isomaltase 1 分子量: 66163.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: malL, yvdL, BSU34560 / プラスミド: pPROEX HTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O06994, oligo-1,6-glucosidase
#2: 糖	ChemComp-GLO / D-glucose / D-GLUCOSE IN LINEAR FORM / グルコ-スタイプ: D-saccharide / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 917 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.68 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 200 mM LiSO4, 20% (w/v) PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX1 / 波長: 0.9536 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9536 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→98.776 Å / Num. all: 53428 / Num. obs: 51131 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 4.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.37	2.5	0.553	1.7	1	86.8
9.48-34.19	2.9	0.085	9	1	97.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.04 Å	32.93 Å
Translation	6.04 Å	32.93 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
Aimless	0.1.27	データスケーリング
PHASER	2.5.1	位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集

精密化

解像度: 2.3→32.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.879 / SU B: 15.141 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.494 / ESU R Free: 0.265 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.245	2622	5.1 %	RANDOM
R_work	0.187	-	-	-
obs	0.19	48488	95.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.96 Å²	0 Å²	-0.13 Å²
2-	-	1.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→32.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9108	0	41	917	10066

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	9423
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	8732
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.416	1.939	12768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.091	3	19845
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.165	5	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.534	24.402	493
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.338	15	1583
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.819	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1301
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	10735
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	2279
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 34999 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.15 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	178	-
R_work	0.272	3235	-
obs	-	-	86.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7291	-0.1379	0.551	0.7128	0.0367	1.7611	-0.0882	-0.1809	0.1711	0.0819	0.0671	-0.0669	-0.2106	0.082	0.0211	0.0498	0.0074	0.0025	0.0803	-0.0244	0.0634	36.6942	11.5034	6.6528
2	2.2651	-0.2954	0.0604	1.8284	0.5613	1.9949	-0.0705	-0.4533	-0.031	0.2707	0.0557	0.056	0.0026	-0.1859	0.0148	0.0519	0.0111	0.0198	0.2466	0.0079	0.0194	25.1649	6.2106	16.2663
3	1.4809	-0.0668	0.3882	0.6006	-0.2795	1.5412	0.0297	-0.1094	-0.1873	0.01	0.0081	-0.0291	0.1257	0.0699	-0.0378	0.0256	-0.004	0.0191	0.0475	0.0154	0.0906	28.3676	-7.9452	-2.0342
4	2.4536	-0.4625	-0.2316	1.9861	0.9596	1.9796	-0.0293	-0.1787	-0.2311	0.0139	-0.1111	0.3849	0.0278	-0.0734	0.1404	0.0137	-0.0169	0.0226	0.188	0.0618	0.1795	3.9843	-8.9963	0.1932
5	4.5714	-8.3585	0.5014	15.2959	-0.9108	0.0592	0.3791	0.0751	-0.6414	-0.8093	-0.2451	1.1443	0.0437	-0.0332	-0.134	0.1454	-0.0045	0.0338	0.483	0.0284	0.2667	3.269	-14.7386	-6.0616
6	1.237	-0.0619	0.2165	0.98	0.2724	1.9602	0.0414	0.278	0.1923	-0.1058	-0.0808	0.0698	-0.4481	-0.3813	0.0394	0.1475	0.1407	0.0137	0.378	0.0349	0.0416	24.9804	24.1608	52.2407
7	1.2779	-0.4462	-0.3781	0.9751	-0.5939	2.2108	0.0951	0.373	-0.0552	-0.1037	-0.0885	-0.0728	-0.158	-0.1611	-0.0066	0.1267	0.0846	0.0334	0.3397	0.0189	0.0273	35.3371	16.5321	41.4375
8	10.6961	11.8784	0.8926	13.2488	1.0334	0.1389	0.2211	0.2241	-0.7254	0.3734	-0.0019	-0.8574	0.1956	-0.058	-0.2192	1.0183	0.1011	-0.1996	1.0598	0.0269	0.3712	28.137	-3.3825	50.406
9	1.5821	0.0841	-0.0285	0.7361	0.2715	1.3924	0.0137	0.1551	-0.0729	0.0083	-0.0479	0.041	0.0458	-0.1828	0.0342	0.0101	0.009	0.0035	0.149	-0.015	0.0129	34.1884	7.2705	64.3161
10	2.5118	-0.1722	-0.1323	1.0127	-0.3215	2.9641	-0.039	0.1944	-0.0403	-0.0923	0.0151	-0.1216	-0.0418	0.1485	0.0238	0.0155	0.0067	0.0213	0.1629	-0.0191	0.0685	58.5107	4.1525	63.4941

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 214
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	215 - 292
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	293 - 471
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	472 - 538
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	539 - 561
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	3 - 202
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	203 - 288
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	289 - 300
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	301 - 474
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	475 - 561

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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