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- PDB-4m48: X-ray structure of dopamine transporter elucidates antidepressant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m48
タイトルX-ray structure of dopamine transporter elucidates antidepressant mechanism
要素
  • (9D5 antibody, ...) x 2
  • Transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SLC6 / neurotransmitter transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


Dopamine clearance from the synaptic cleft / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / circadian sleep/wake cycle / cocaine binding / response to odorant / dopamine:sodium symporter activity / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / norepinephrine transport / dopamine transport / sleep ...Dopamine clearance from the synaptic cleft / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / circadian sleep/wake cycle / cocaine binding / response to odorant / dopamine:sodium symporter activity / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / norepinephrine transport / dopamine transport / sleep / amino acid transport / dopamine uptake involved in synaptic transmission / neuronal cell body membrane / sodium ion transmembrane transport / adult locomotory behavior / presynaptic membrane / axon / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nortriptyline / CHOLESTEROL / Sodium-dependent dopamine transporter / Sodium-dependent dopamine transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.955 Å
データ登録者Gouaux, E. / Penmatsa, A. / Wang, K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: X-ray structure of dopamine transporter elucidates antidepressant mechanism.
著者: Penmatsa, A. / Wang, K.H. / Gouaux, E.
履歴
登録2013年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22013年10月9日Group: Derived calculations
改定 1.32013年11月13日Group: Database references
改定 1.42017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transporter
L: 9D5 antibody, light chain
H: 9D5 antibody, heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,4338
ポリマ－112,7013
非ポリマー7315
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.839, 133.684, 162.443
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Transporter / dopamine transporter / GFP


分子量: 60939.520 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999
変異: V74A V275A V311A L415A G538L, delta 1-20, delta 164-206, delta 603-631
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: DAT, CG8380 / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NB97, UniProt: Q7K4Y6*PLUS

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#2: 抗体 9D5 antibody, light chain


分子量: 25840.607 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab, papain cleavage fragment / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 9D5 antibody, heavy chain


分子量: 25921.338 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab, papain cleavage fragment / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 5種, 37分子

#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-21B / Nortriptyline / 3-(10,11-dihydro-5H-dibenzo[a,d][7]annulen-5-ylidene)-N-methylpropan-1-amine / ノルトリプチリン


分子量: 263.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21N / コメント: 抗うつ薬*YM
#7: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細CHAIN A COMPRISES RESIDUES 21-163 AND 207-601 OF DOPAMINE TRANSPORTER (UNP Q9NB97).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 100 mM glycine, pH 9.0, 38% PEG350 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月15日
放射モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.955→103.224 Å / Num. all: 45350 / Num. obs: 42168 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): 1.35 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 90 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.955→3.07 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.955 / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1402)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3F3A

3f3a


解像度: 2.955→47.376 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7898 / SU ML: 0.51 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2564 2084 4.94 %
Rwork0.221 40061 -
obs0.2226 42145 92.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 140.83 Å2 / Biso mean: 83.3568 Å2 / Biso min: 54.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.955→47.376 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7405 0 51 32 7488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047690
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82410491
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041305
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5892625
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.955-3.02350.41861150.36262548266390
3.0235-3.09910.36641450.34062686283195
3.0991-3.18280.36741560.3072675283195
3.1828-3.27650.29631470.27662663281094
3.2765-3.38220.30741250.25072710283594
3.3822-3.50310.27131560.22822661281794
3.5031-3.64330.2911430.22552667281094
3.6433-3.8090.25681360.21312673280994
3.809-4.00970.21271350.19772680281593
4.0097-4.26080.24391240.18452681280593
4.2608-4.58950.22691300.1832694282493
4.5895-5.05090.18131310.17412664279592
5.0509-5.78070.24831500.19382659280992
5.7807-7.27880.24911450.2232668281391
7.2788-47.38220.27081460.24522732287889

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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