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万見
- PDB-4m3d: Rapid and efficient design of new inhibitors of Mycobacterium tub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m3d
タイトルRapid and efficient design of new inhibitors of Mycobacterium tuberculosis transcriptional repressor EthR using fragment growing, merging and linking approaches
要素HTH-type transcriptional regulator EthR
キーワードTRANSCRIPTION REPRESSOR/INHIBITOR / helix-turn-helix DNA binding protein / TETR-family / transcriptional regulatory repressor / inhibitor / TRANSCRIPTION REPRESSOR-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Transcriptional regulator EthR, C-terminal domain / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily ...: / Transcriptional regulator EthR, C-terminal domain / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2H2 / HTH-type transcriptional regulator EthR / HTH-type transcriptional regulator EthR
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Villemagne, B. / Flipo, M. / Blondiaux, N. / Crauste, C. / Malaquin, S. / Leroux, F. / Piveteau, C. / Villeret, V. / Brodin, P. / Villoutreix, B. ...Villemagne, B. / Flipo, M. / Blondiaux, N. / Crauste, C. / Malaquin, S. / Leroux, F. / Piveteau, C. / Villeret, V. / Brodin, P. / Villoutreix, B. / Sperandio, O. / Wohlkonig, A. / Wintjens, R. / Deprez, B. / Baulard, A. / Willand, N.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Ligand Efficiency Driven Design of New Inhibitors of Mycobacterium tuberculosis Transcriptional Repressor EthR Using Fragment Growing, Merging, and Linking Approaches.
著者: Villemagne, B. / Flipo, M. / Blondiaux, N. / Crauste, C. / Malaquin, S. / Leroux, F. / Piveteau, C. / Villeret, V. / Brodin, P. / Villoutreix, B.O. / Sperandio, O. / Soror, S.H. / Wohlkonig, ...著者: Villemagne, B. / Flipo, M. / Blondiaux, N. / Crauste, C. / Malaquin, S. / Leroux, F. / Piveteau, C. / Villeret, V. / Brodin, P. / Villoutreix, B.O. / Sperandio, O. / Soror, S.H. / Wohlkonig, A. / Wintjens, R. / Deprez, B. / Baulard, A.R. / Willand, N.
履歴
登録2013年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator EthR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1922
ポリマ－23,7821
非ポリマー4101
水70339
1
A: HTH-type transcriptional regulator EthR
ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional regulator EthR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3844
ポリマ－47,5632
非ポリマー8212
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area2740 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area17010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.482, 120.482, 33.768
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-416-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator EthR / transcriptional regulatory repressor protein (TETR-family)


分子量: 23781.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37RV / 遺伝子: etaR, ethR, MT3970, Rv3855 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P96222, UniProt: P9WMC1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-2H2 / 4-{3-[(phenylsulfonyl)amino]prop-1-yn-1-yl}-N-(3,3,3-trifluoropropyl)benzamide


分子量: 410.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17F3N2O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 1.4-1.65 M ammonium sulfate, 15% glycerol, 0.1 M MES, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→42.597 Å / Num. all: 20174 / Num. obs: 20174 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.9 % / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.9-280.80412278628480.80498
2-2.128.10.4591.72220027440.45999.6
2.12-2.278.10.3142.52070625590.31499.7
2.27-2.458.10.2253.41949824090.22599.8
2.45-2.698.10.1594.91784222130.15999.8
2.69-380.1171636120470.1199.9
3-3.477.90.06412.11427918090.06499.9
3.47-4.257.80.03720.21211615630.037100
4.25-6.017.60.02924.2939512370.029100
6.01-42.5976.80.0233.950747450.0299.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.04 Å42.6 Å
Translation2.04 Å42.6 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→42.597 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.2106 / WRfactor Rwork: 0.1744 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8673 / SU B: 6.004 / SU ML: 0.081 / SU R Cruickshank DPI: 0.1319 / SU Rfree: 0.1306 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2267 1025 5.1 %RANDOM
Rwork0.1727 ---
obs0.1754 20136 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.41 Å2 / Biso mean: 23.9804 Å2 / Biso min: 7.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.597 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1497 0 28 39 1564
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0221557
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7861.9672124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1465191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.72723.69973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.13715241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4411513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211193
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9051.5965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.90321545
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8963592
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.014.5579
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.80931557
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 73 -
Rwork0.228 1370 -
all-1443 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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