+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4m2g | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of non-heme iron oxygenase OrfP in complex with Fe, succinate, and (3R,4R)-dihydroxy-L-Arg | ||||||
![]() | L-arginine beta-hydroxylase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / hydroxylase / Fe binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() L-arginine hydroxylase / 2-oxoglutarate, L-arginine oxygenase (succinate-forming) activity / iron ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, C.Y. / Liu, Y.C. / Lyu, S.Y. / Wu, C.C. / Li, T.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Biosynthesis of streptolidine involved two unexpected intermediates produced by a dihydroxylase and a cyclase through unusual mechanisms. 著者: Chang, C.Y. / Lyu, S.Y. / Liu, Y.C. / Hsu, N.S. / Wu, C.C. / Tang, C.F. / Lin, K.H. / Ho, J.Y. / Wu, C.J. / Tsai, M.D. / Li, T.L. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 282 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 226.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 499.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 523.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 52.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 73 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4m23C ![]() 4m25C ![]() 4m26C ![]() 4m27C ![]() 4m2cC ![]() 4m2eC ![]() 4m2fC ![]() 4m2iC ![]() 4m2jC ![]() 4m2kC ![]() 4m2mC ![]() 4ne0C ![]() 2wboS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41188.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FE / #3: 化合物 | ChemComp-SIN / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.08 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 100mM Bis Tris Propane, 200mM NaF, 20% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月13日 |
放射 | モノクロメーター: Fixed-Exit Double Crystal Monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.39→30 Å / Num. all: 58611 / Num. obs: 55626 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.39→2.48 Å / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2WBO 解像度: 2.39→26.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 12.159 / SU ML: 0.271 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.509 / ESU R Free: 0.293 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.348 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.39→26.15 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|