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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4m1h | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of Chlamydia trachomatis apo NrdB | ||||||
![]() | Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ribonucleotide reductase | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Boal, A.K. / Rosenzweig, A.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for Assembly of the Mn(IV)/Fe(III) Cofactor in the Class Ic Ribonucleotide Reductase from Chlamydia trachomatis. 著者: Dassama, L.M. / Krebs, C. / Bollinger, J.M. / Rosenzweig, A.C. / Boal, A.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 544.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 449.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 458.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 469.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 54.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 79.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42734.668 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CT_828, nrdB / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O84835, ribonucleoside-diphosphate reductase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.43 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M sodium acetate, 10% PEG3000, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月6日 / 詳細: Beryllium Lenses |
放射 | モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.078 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.695→29.748 Å / Num. all: 156375 / Num. obs: 155357 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 28.6 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.695 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1SYY 解像度: 1.695→29.748 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 4.635 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 80.63 Å2 / Biso mean: 27.509 Å2 / Biso min: 8.84 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.695→29.748 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.695→1.739 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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