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- PDB-4m1h: X-ray crystal structure of Chlamydia trachomatis apo NrdB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m1h
タイトルX-ray crystal structure of Chlamydia trachomatis apo NrdB
要素Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
キーワードOXIDOREDUCTASE / ribonucleotide reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.695 Å
データ登録者Boal, A.K. / Rosenzweig, A.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Assembly of the Mn(IV)/Fe(III) Cofactor in the Class Ic Ribonucleotide Reductase from Chlamydia trachomatis.
著者: Dassama, L.M. / Krebs, C. / Bollinger, J.M. / Rosenzweig, A.C. / Boal, A.K.
履歴
登録2013年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
C: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
D: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,9394
ポリマ－170,9394
非ポリマー00
水15,997888
1
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4692
ポリマ－85,4692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6900 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area25600 Å2
手法PISA
2
C: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta
D: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4692
ポリマ－85,4692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6520 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area25010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.975, 97.394, 99.237
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.760, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta / Ribonucleotide reductase small subunit


分子量: 42734.668 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
遺伝子: CT_828, nrdB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O84835, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 888 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M sodium acetate, 10% PEG3000, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 1.078
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月6日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.695→29.748 Å / Num. all: 156375 / Num. obs: 155357 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 28.6
反射 シェル最高解像度: 1.695 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SYY

1syy


解像度: 1.695→29.748 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 4.635 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2103 7791 5 %RANDOM
Rwork0.1794 ---
obs0.1809 155357 99.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.63 Å2 / Biso mean: 27.509 Å2 / Biso min: 8.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.84 Å20 Å20.18 Å2
2--1.22 Å20 Å2
3---0.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.695→29.748 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10946 0 0 888 11834
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02211189
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0151.95115131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.63751328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.66424.564585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.838152028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1061571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21639
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218527
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.481.56626
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.962210737
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.63334563
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.794.54394
LS精密化 シェル解像度: 1.695→1.739 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 549 -
Rwork0.287 10316 -
all-10865 -
obs--93.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5851-0.0066-0.04540.03440.02960.1887-0.0425-0.05180.0173-0.03550.01370.00590.0032-0.02980.02880.0532-0.006-0.00280.0402-0.02490.0617-20.670816.4897-37.5691
20.56920.1192-0.04970.0607-0.08930.2732-0.052-0.090.0902-0.02620.0024-0.0073-0.00220.00720.04960.0441-0.00640.00250.0463-0.02450.05475.301526.5278-33.4601
30.3890.1301-0.10780.34150.10720.2144-0.01390.0184-0.00430.04430.01990.03730.06810.0959-0.00590.04690.03150.00010.0811-0.02540.027-8.252222.911912.6015
40.4985-0.1533-0.25320.11660.02080.4452-0.0571-0.0030.05050.016-0.00350.02990.0441-0.01910.06060.02080.0028-0.00060.0444-0.03720.1005-35.555432.819217.5239
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-8 - 322
2X-RAY DIFFRACTION2B-7 - 328
3X-RAY DIFFRACTION3C-1 - 329
4X-RAY DIFFRACTION4D-5 - 328

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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