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- PDB-4m1a: Crystal structure of a Domain of unknown function (DUF1904) from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m1a
タイトルCrystal structure of a Domain of unknown function (DUF1904) from Sebaldella termitidis ATCC 33386
要素Hypothetical protein
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / DUF1904 / alpha/beta / trimeric assembly
機能・相同性Protein of unknown function DUF1904 / Domain of unknown function (DUF1904) / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / DUF1904 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Sebaldella termitidis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kumaran, D. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / Lafleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. ...Kumaran, D. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / Lafleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. / Zencheck, W. / Al Obaidi, N. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a Domain of unknown function (DUF1904) from Sebaldellatermitidis ATCC 33386
著者: Kumaran, D. / Almo, S.C. / Swaminathan, S.
履歴
登録2013年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2072
ポリマ－30,2072
非ポリマー00
水1,74797
1
A: Hypothetical protein

A: Hypothetical protein

A: Hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3113
ポリマ－45,3113
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area6810 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area13950 Å2
手法PISA
2
B: Hypothetical protein

B: Hypothetical protein

B: Hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3113
ポリマ－45,3113
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area6740 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area14000 Å2
手法PISA
3
A: Hypothetical protein

A: Hypothetical protein

B: Hypothetical protein

B: Hypothetical protein

A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,6226
ポリマ－90,6226
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.283, 90.283, 37.099
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-213-

HOH

21A-217-

HOH

31A-226-

HOH

詳細Dimer of trimer

-
要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein


分子量: 15103.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sebaldella termitidis (バクテリア)
株: ATCC 33386 / 遺伝子: Sterm_0053 / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3) / 参照: UniProt: D1AJN4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M Ammonium acetate 0.1M Bis-Tris 45% 2-Methyl-2,4-pentanediol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si II / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 25228 / Num. obs: 25228 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1504 / % possible all: 66.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→45.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.159 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20551 1291 5.1 %RANDOM
Rwork0.17579 ---
all0.199 23937 --
obs0.17732 23937 94.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.925 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20.11 Å2-0 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1796 0 0 97 1893
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0191844
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021704
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1281.9382494
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95233920
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0855214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.32623.8100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.52115298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.4721512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02450
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.951 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 63 -
Rwork0.164 1271 -
obs--65.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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