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- PDB-4m09: Crystal Structure of Mutant Chlorite Dismutase from Candidatus Ni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m09
タイトルCrystal Structure of Mutant Chlorite Dismutase from Candidatus Nitrospira defluvii W146Y R173Q
要素Chlorite dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ferredoxin-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


chlorite O2-lyase / chlorite O2-lyase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / IMIDAZOLE / Chlorite dismutase
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Nitrospira defluvii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Gysel, K. / Hagmueller, A. / Djinovic-Carugo, K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Manipulating conserved heme cavity residues of chlorite dismutase: effect on structure, redox chemistry, and reactivity.
著者: Hofbauer, S. / Gysel, K. / Bellei, M. / Hagmuller, A. / Schaffner, I. / Mlynek, G. / Kostan, J. / Pirker, K.F. / Daims, H. / Furtmuller, P.G. / Battistuzzi, G. / Djinovic-Carugo, K. / Obinger, C.
履歴
登録2013年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chlorite dismutase
B: Chlorite dismutase
C: Chlorite dismutase
D: Chlorite dismutase
E: Chlorite dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,77930
ポリマ－137,1365
非ポリマー4,64425
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25970 Å2
ΔGint-276 kcal/mol
Surface area47240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.100, 114.980, 118.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.080, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-409-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid A
21chain B and segid B
31chain C and segid D
41chain E and segid F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AA0
211chain B and segid BB0
311chain C and segid DC0
411chain E and segid FE0

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Chlorite dismutase


分子量: 27427.137 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 27-264 / 変異: W146Y, R173Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Nitrospira defluvii (バクテリア)
遺伝子: cld, cld1, NIDE1387 / プラスミド: pET21b Strep TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Tuner / 参照: UniProt: B3U4H7, chlorite O2-lyase

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非ポリマー , 5種, 190分子

#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 3.5
詳細: 0.8 M (NH4)2 SO4, 0.1 M citric acid pH 3.5, 1:1, hanging, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→44.38 Å / Num. obs: 72249 / % possible obs: 87.41 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 26.13 Å2
詳細: CC1/2 FOR WHOLE RANGE=0.99, CC1/2 FOR HIGH RESOLUTION SHELL=0.231
Rmerge(I) obs: 0.2338 / Net I/σ(I): 4.71
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 0.21 / Num. unique all: 3941 / % possible all: 47.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_1388精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.45→44.38 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.61 / FOM work R set: 0.5996 / SU ML: 0.7 / σ(F): 0.95 / 位相誤差: 44.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3325 2976 5.03 %
Rwork0.2774 110020 -
obs0.2801 59180 97.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 168.61 Å2 / Biso mean: 68.1161 Å2 / Biso min: 6.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→44.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9544 0 306 165 10015
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310092
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75113699
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0251440
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031725
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8863640
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4606X-RAY DIFFRACTION7.576TORSIONAL
12B4606X-RAY DIFFRACTION7.576TORSIONAL
13C4606X-RAY DIFFRACTION7.576TORSIONAL
14E4606X-RAY DIFFRACTION7.576TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.45-2.47780.4481620.45543124328682
2.4778-2.5070.45511890.45663471366091
2.507-2.53760.41991920.43283554374698
2.5376-2.56970.46951980.43753739393798
2.5697-2.60350.44391860.43833608379498
2.6035-2.63910.42821960.42233766396298
2.6391-2.67680.40721940.42313613380798
2.6768-2.71680.48011960.41883724392098
2.7168-2.75920.43051910.40053648383998
2.7592-2.80450.46522010.39713739394098
2.8045-2.85280.46561920.40893636382898
2.8528-2.90470.42191800.37583781396199
2.9047-2.96050.38241920.35633640383299
2.9605-3.0210.42381630.35063782394599
3.021-3.08660.37152130.33173718393199
3.0866-3.15840.36592030.31353693389699
3.1584-3.23740.39941810.31193679386099
3.2374-3.32490.34831930.29643799399299
3.3249-3.42270.38161950.2853625382099
3.4227-3.53310.37681870.26933714390198
3.5331-3.65930.28542120.24263688390099
3.6593-3.80580.30192010.24593682388399
3.8058-3.97890.30342160.22493696391298
3.9789-4.18850.2722230.2033677390099
4.1885-4.45070.26222000.173701390199
4.4507-4.7940.23911830.1723744392799
4.794-5.27570.25681920.18473744393699
5.2757-6.03750.26622030.19473695389899
6.0375-7.60040.25771860.21893691387799
7.6004-44.39010.24742020.20033649385197
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.7122 Å / Origin y: -0.7287 Å / Origin z: 28.8171 Å
111213212223313233
T0.1815 Å2-0.0952 Å2-0.0406 Å2-0.0882 Å20.0247 Å2--0.1027 Å2
L0.1149 °2-0.0178 °20.0172 °2-0.1472 °2-0.0133 °2--0.1322 °2
S-0.0563 Å °-0.0092 Å °0.0997 Å °0.1506 Å °-0.0586 Å °-0.088 Å °-0.1002 Å °0.0141 Å °-0.0628 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 239
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 239
3X-RAY DIFFRACTION1allC3 - 239
4X-RAY DIFFRACTION1allD3 - 239
5X-RAY DIFFRACTION1allE2 - 239
6X-RAY DIFFRACTION1allK2 - 22
7X-RAY DIFFRACTION1allF1
8X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 186

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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