PDB-4m07: Crystal Structure of Mutant Chlorite Dismutase from Candidatus Ni...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4m07

タイトル

Crystal Structure of Mutant Chlorite Dismutase from Candidatus Nitrospira defluvii W145F

要素

Chlorite dismutase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Ferredoxin-like fold

機能・相同性

chlorite O2-lyase / chlorite O2-lyase activity / Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel / heme binding / metal ion binding / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chlorite dismutase

機能・相同性情報

生物種

Candidatus Nitrospira defluvii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Hagmueller, A. / Gysel, K. / Djinovic-Carugo, K.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Manipulating conserved heme cavity residues of chlorite dismutase: effect on structure, redox chemistry, and reactivity.
著者: Hofbauer, S. / Gysel, K. / Bellei, M. / Hagmuller, A. / Schaffner, I. / Mlynek, G. / Kostan, J. / Pirker, K.F. / Daims, H. / Furtmuller, P.G. / Battistuzzi, G. / Djinovic-Carugo, K. / Obinger, C.

履歴

登録	2013年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4m07.cif.gz	508.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4m07.ent.gz	424.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4m07.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/4m07 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/4m07	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4m05C 4m06C 4m08C 4m09C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nn1-d 4m06-d 4m05-d 4m09-d 3nn2-d 3q09-3 3q08-1 5a13-2 3q09-4 4m08-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chlorite dismutase

B: Chlorite dismutase

C: Chlorite dismutase

D: Chlorite dismutase

E: Chlorite dismutase

ヘテロ分子

153 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	138.290, 112.610, 120.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.490, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: chain E) / NCSドメイン領域: (Selection details: chain 'E')

#1: タンパク質	Chlorite dismutase 分子量: 29752.758 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 27-264 / 変異: W145F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candidatus Nitrospira defluvii (バクテリア) 遺伝子: cld, cld1, NIDE1387 / プラスミド: pET21b Strep TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Tuner / 参照: UniProt: B3U4H7, chlorite O2-lyase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.47 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.53 詳細: 0.78 M Ammonium citrate dibasic, 0.1 M Na acetate, 2:1, hanging, pH 4.53, vapor diffusion, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月19日
放射	モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→43.55 Å / Num. obs: 48975 / % possible obs: 87.29 % / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 52.93 Å² 詳細: CC1/2 FOR WHOLE RANGE=0.999, CC1/2 FOR HIGH RESOLUTION SHELL=0.148 R_merge(I) obs: 0.06243 / Net I/σ(I): 12.64
反射シェル	解像度: 2.5→2.589 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 3.033 / Mean I/σ(I) obs: 0.23 / Num. unique all: 2676

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→43.55 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.6963 / SU ML: 0.52 / σ(F): 1.18 / 位相誤差: 35.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2535	1759	3.59 %	Random
R_work	0.205	88457	-	-
obs	0.2068	48932	83.12 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 193.4 Å² / B_iso mean: 94.3173 Å² / B_iso min: 38.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→43.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9524	0	291	47	9862

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	10064
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.101	13639
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1438
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1717
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.804	3645

Refine LS restraints NCS

数: 5794 / タイプ: POSITIONAL / Rms dev position: 7.497 Å

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5-2.5357	0.4133	57	0.4501	1669	1726	38
2.5357-2.5735	0.4989	84	0.4552	1877	1961	43
2.5735-2.6138	0.4347	94	0.406	2110	2204	47
2.6138-2.6566	0.448	88	0.3982	2359	2447	54
2.6566-2.7024	0.4255	82	0.3977	2649	2731	59
2.7024-2.7515	0.3125	104	0.3987	2859	2963	66
2.7515-2.8044	0.4171	117	0.4013	3203	3320	71
2.8044-2.8617	0.4548	142	0.3845	3420	3562	77
2.8617-2.9239	0.4314	129	0.3386	3613	3742	83
2.9239-2.9919	0.4304	154	0.3079	4042	4196	90
2.9919-3.0667	0.3819	159	0.3038	4304	4463	97
3.0667-3.1496	0.2928	159	0.2846	4357	4516	98
3.1496-3.2422	0.3459	161	0.2718	4362	4523	98
3.2422-3.3468	0.368	165	0.2586	4364	4529	98
3.3468-3.4664	0.3619	161	0.2512	4327	4488	98
3.4664-3.6051	0.3177	163	0.2003	4378	4541	98
3.6051-3.7691	0.2172	159	0.177	4397	4556	98
3.7691-3.9677	0.2515	159	0.1631	4313	4472	98
3.9677-4.2161	0.1653	160	0.1411	4357	4517	98
4.2161-4.5413	0.2136	161	0.1205	4334	4495	98
4.5413-4.9978	0.1596	160	0.1303	4345	4505	97
4.9978-5.7196	0.2309	155	0.1494	4280	4435	97
5.7196-7.2008	0.1907	160	0.1918	4282	4442	97
7.2008-43.5599	0.1639	157	0.159	4256	4413	95

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 8.3077 Å / Origin y: -0.2467 Å / Origin z: 29.0052 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.6298 Å²	-0.0515 Å²	-0.1215 Å²	-	0.4143 Å²	0.0128 Å²	-	-	0.3242 Å²
L	1.0437 °²	-0.1241 °²	0.1987 °²	-	1.0872 °²	0.213 °²	-	-	1.2742 °²
S	-0.0895 Å °	-0.0838 Å °	0.154 Å °	0.2121 Å °	-0.059 Å °	-0.0375 Å °	-0.0723 Å °	0.0347 Å °	0.1447 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	4 - 239
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	0 - 239
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	4 - 239
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	4 - 239
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	0 - 239
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	3 - 75
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	F	1
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	N	1
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	P	1
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	T	1
11	X-RAY DIFFRACTION	1	all	K	1
12	X-RAY DIFFRACTION	1	all	U	1
13	X-RAY DIFFRACTION	1	all	Q	1
14	X-RAY DIFFRACTION	1	all	V	1
15	X-RAY DIFFRACTION	1	all	L	1
16	X-RAY DIFFRACTION	1	all	R	1
17	X-RAY DIFFRACTION	1	all	M	1
18	X-RAY DIFFRACTION	1	all	W	1
19	X-RAY DIFFRACTION	1	all	X	1
20	X-RAY DIFFRACTION	1	all	Y	1
21	X-RAY DIFFRACTION	1	all	Z	1
22	X-RAY DIFFRACTION	1	all	a	1

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関連情報:EMDBヘッダ

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