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- PDB-4m06: Crystal Structure of Mutant Chlorite Dismutase from Candidatus Ni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m06
タイトルCrystal Structure of Mutant Chlorite Dismutase from Candidatus Nitrospira defluvii W145F in Complex with Cyanide
要素Chlorite dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ferredoxin-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


chlorite O2-lyase / chlorite O2-lyase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chlorite dismutase
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Nitrospira defluvii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Hagmueller, A. / Gysel, K. / Djinovic-Carugo, K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Manipulating conserved heme cavity residues of chlorite dismutase: effect on structure, redox chemistry, and reactivity.
著者: Hofbauer, S. / Gysel, K. / Bellei, M. / Hagmuller, A. / Schaffner, I. / Mlynek, G. / Kostan, J. / Pirker, K.F. / Daims, H. / Furtmuller, P.G. / Battistuzzi, G. / Djinovic-Carugo, K. / Obinger, C.
履歴
登録2013年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chlorite dismutase
B: Chlorite dismutase
C: Chlorite dismutase
D: Chlorite dismutase
E: Chlorite dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,19318
ポリマ－148,7645
非ポリマー3,42913
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23390 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area45270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.210, 113.420, 118.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.940, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: chain E) / NCSドメイン領域: (Selection details: chain 'E')

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Chlorite dismutase


分子量: 29752.758 Da / 分子数: 5 / 変異: W145F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Nitrospira defluvii (バクテリア)
遺伝子: cld, cld1, NIDE1387 / プラスミド: pET21b Strep TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Tuner / 参照: UniProt: B3U4H7, chlorite O2-lyase

-
非ポリマー , 5種, 18分子

#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.53
詳細: 0.78 M Ammonium citrate dibasic, 0.1 M Na acetate, 2:1, hanging, pH 4.53, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: Q315R CCD detector from ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月19日
放射モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→43.45 Å / Num. obs: 47172 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 59.84 Å2
詳細: CC1/2 FOR WHOLE RANGE=0.998, CC1/2 FOR HIGH RESOLUTION SHELL=0.149
Rmerge(I) obs: 0.1423 / Net I/σ(I): 10.01
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 3.495 / Mean I/σ(I) obs: 0.38 / Num. unique all: 3833

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→43.45 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7074 / SU ML: 0.53 / σ(F): 0.95 / 位相誤差: 34.87 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: CC1/2= 3.495
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2584 1921 4.08 %random
Rwork0.2111 ---
obs0.2131 47172 95.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 175.4 Å2 / Biso mean: 92.0237 Å2 / Biso min: 44.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→43.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9543 0 239 5 9787
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00510044
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94413633
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511440
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041721
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3193636
Refine LS restraints NCS数: 5793 / タイプ: POSITIONAL / Rms dev position: 6.54 Å
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.63290.47361080.50362461256973
2.6329-2.66760.5461980.49352637273576
2.6676-2.70410.44441240.46172751287580
2.7041-2.74270.41821260.43562796292283
2.7427-2.78360.44751330.41722985311886
2.7836-2.82710.40371350.40933071320689
2.8271-2.87350.3951320.39163180331293
2.8735-2.9230.46361420.35723416355899
2.923-2.97620.39121460.330934423588100
2.9762-3.03340.41131470.302434063553100
3.0334-3.09530.33881410.275534083549100
3.0953-3.16260.35591490.2473489363899
3.1626-3.23610.26311430.230933633506100
3.2361-3.3170.28981460.238334363582100
3.317-3.40670.29871480.230934643612100
3.4067-3.50690.2361410.20373374351599
3.5069-3.620.26521380.192933753513100
3.62-3.74930.25861490.1934633612100
3.7493-3.89930.30761440.180334543598100
3.8993-4.07670.22661440.178434053549100
4.0767-4.29140.20931500.147734373587100
4.2914-4.560.20571440.136734563600100
4.56-4.91170.1881480.137334273575100
4.9117-5.40510.21711460.155534233569100
5.4051-6.18540.19661440.183134353579100
6.1854-7.78560.21671500.194734343584100
7.7856-43.46140.19491470.17373422356999
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.55 Å / Origin y: -0.1964 Å / Origin z: -28.8153 Å
111213212223313233
T0.6245 Å20.0526 Å2-0.0937 Å2-0.5088 Å2-0.0166 Å2--0.4205 Å2
L1.074 °20.269 °20.1298 °2-1.1493 °2-0.2289 °2--1.1761 °2
S-0.0845 Å °0.1163 Å °0.1257 Å °-0.2421 Å °-0.06 Å °0.0513 Å °-0.0626 Å °-0.0293 Å °0.131 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA4 - 301
2X-RAY DIFFRACTION1allB0 - 301
3X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 301
4X-RAY DIFFRACTION1allD4 - 301
5X-RAY DIFFRACTION1allE0 - 301
6X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 302
7X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 302
8X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 302
9X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 303
10X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 302
11X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 302
12X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 303
13X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 303
14X-RAY DIFFRACTION1allA - C1 - 403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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