PDB-4m05: Crystal Structure of Mutant Chlorite Dismutase from Candidatus Ni...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4m05

タイトル

Crystal Structure of Mutant Chlorite Dismutase from Candidatus Nitrospira defluvii R173E

要素

Chlorite dismutase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Ferredoxin-like fold

機能・相同性

機能・相同性情報

chlorite O2-lyase / chlorite O2-lyase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Candidatus Nitrospira defluvii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Gysel, K. / Hagmueller, A. / Djinovic-Carugo, K.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Manipulating conserved heme cavity residues of chlorite dismutase: effect on structure, redox chemistry, and reactivity.
著者: Hofbauer, S. / Gysel, K. / Bellei, M. / Hagmuller, A. / Schaffner, I. / Mlynek, G. / Kostan, J. / Pirker, K.F. / Daims, H. / Furtmuller, P.G. / Battistuzzi, G. / Djinovic-Carugo, K. / Obinger, C.

履歴

登録	2013年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4m05.cif.gz	504.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4m05.ent.gz	423.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4m05.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4m05_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4m05_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	4m05_validation.xml.gz	46.1 KB	表示
CIF形式データ	4m05_validation.cif.gz	60.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/4m05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/4m05	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4m06C 4m07C 4m08C 4m09C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4m09-d 4m06-d 3nn4-d 3nn1-d 4m07-d 3nn2-d 3q09-3 3nn3-d 4m08-d 3q08-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chlorite dismutase

B: Chlorite dismutase

C: Chlorite dismutase

D: Chlorite dismutase

E: Chlorite dismutase

ヘテロ分子

141 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.470, 112.390, 119.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.840, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: chain E and segid E)
NCSドメイン領域: (Selection details: chain 'E' and segid 'E ')

#1: タンパク質	Chlorite dismutase 分子量: 27451.156 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 27-264 / 変異: R173E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candidatus Nitrospira defluvii (バクテリア) 遺伝子: cld, cld1, NIDE1387 / プラスミド: pET21b Strep TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Tuner / 参照: UniProt: B3U4H7, chlorite O2-lyase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.86 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5 詳細: 40% (v/v) ethylene glycol, 0.1 M NaAc pH 4.5, 3:1, sitting, vapor diffusion, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月17日
放射	モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.28→44.22 Å / Num. obs: 72249 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.8 % / B_iso Wilson estimate: 30.08 Å² 詳細: CC1/2 FOR WHOLE RANGE=0.993, CC1/2 FOR HIGH RESOLUTION SHELL=0.129 R_merge(I) obs: 0.371 / Net I/σ(I): 5.3
反射シェル	解像度: 2.28→2.361 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 6.865 / Mean I/σ(I) obs: 0.23 / Num. unique all: 6981

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.28→44.22 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.61 / FOM work R set: 0.6284 / SU ML: 0.6 / σ(F): 1.19 / 位相誤差: 41.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3201	7104	5.01 %	random
R_work	0.268	-	-	-
obs	0.2706	72249	99.31 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 207.95 Å² / B_iso mean: 73.3882 Å² / B_iso min: 33.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→44.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9588	0	227	133	9948

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	10082
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.16	13701
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	1445
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1732
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.757	3639

Refine LS restraints NCS

数: 5801 / タイプ: POSITIONAL / Rms dev position: 7.878 Å

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.28-2.3059	0.4767	220	0.4309	4232	4452	94
2.3059-2.333	0.4608	224	0.42	4364	4588	95
2.333-2.3615	0.4371	230	0.4226	4324	4554	97
2.3615-2.3914	0.4421	237	0.425	4503	4740	98
2.3914-2.4228	0.4142	231	0.4078	4407	4638	99
2.4228-2.456	0.4267	242	0.4163	4554	4796	99
2.456-2.4911	0.3948	232	0.4087	4463	4695	100
2.4911-2.5283	0.4012	243	0.3873	4554	4797	100
2.5283-2.5678	0.3721	233	0.3803	4448	4681	100
2.5678-2.6099	0.3831	244	0.3804	4589	4833	100
2.6099-2.6549	0.4131	239	0.394	4480	4719	100
2.6549-2.7032	0.4006	238	0.3763	4474	4712	100
2.7032-2.7551	0.3913	241	0.3745	4579	4820	100
2.7551-2.8114	0.3574	237	0.3517	4490	4727	100
2.8114-2.8725	0.4181	222	0.3655	4514	4736	100
2.8725-2.9393	0.4446	255	0.3365	4525	4780	100
2.9393-3.0128	0.3409	282	0.3136	4459	4741	100
3.0128-3.0942	0.3377	228	0.3045	4526	4754	100
3.0942-3.1853	0.3806	221	0.2994	4546	4767	100
3.1853-3.288	0.3347	227	0.3093	4556	4783	100
3.288-3.4055	0.3548	223	0.2772	4584	4807	100
3.4055-3.5418	0.2966	214	0.2259	4509	4723	100
3.5418-3.7029	0.3027	241	0.2088	4515	4756	100
3.7029-3.898	0.2826	216	0.2204	4545	4761	100
3.898-4.1421	0.2594	233	0.1971	4536	4769	100
4.1421-4.4616	0.2426	241	0.1607	4498	4739	100
4.4616-4.9101	0.24	255	0.1505	4538	4793	100
4.9101-5.6194	0.2383	242	0.1677	4485	4727	100
5.6194-7.0751	0.2807	265	0.2079	4505	4770	100
7.0751-44.2282	0.226	248	0.1841	4516	4764	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -8.6181 Å / Origin y: 0.0044 Å / Origin z: -28.8415 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.8689 Å²	0.0137 Å²	-0.2954 Å²	-	0.2897 Å²	0.0058 Å²	-	-	0.2187 Å²
L	0.5419 °²	0.0509 °²	0.1955 °²	-	0.3681 °²	-0.0674 °²	-	-	0.9426 °²
S	-0.0755 Å °	0.1394 Å °	0.0957 Å °	-0.196 Å °	-0.0294 Å °	0.0291 Å °	0.0012 Å °	-0.0141 Å °	0.0291 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 238
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	-1 - 238
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	2 - 238
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 238
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	2 - 238
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 301
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 301
8	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 301
9	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 301
10	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1 - 301
11	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1 - 302
12	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A - D	1 - 425
13	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 302
14	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1 - 302

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