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- PDB-4lzh: L,D-transpeptidase from Klebsiella pneumoniae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lzh
タイトルL,D-transpeptidase from Klebsiella pneumoniae
要素L,D-transpeptidase
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / APC110661 / L / D-transpeptidase / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / glycosyltransferase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / periplasmic space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
L,D-transpeptidase C-terminal domain / L,D-transpeptidase C-terminal domain / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain
類似検索 - ドメイン・相同性
L,D-TPase catalytic domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Hatzos-Skintges, C. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: L,D-transpeptidase from Klebsiella pneumoniae.
著者: Osipiuk, J. / Hatzos-Skintges, C. / Endres, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2013年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L,D-transpeptidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3261
ポリマ－31,3261
非ポリマー00
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.746, 150.746, 43.067
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 L,D-transpeptidase


分子量: 31325.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
株: MGH 78578 / 遺伝子: KPN78578_08240, KPN_00849, ybiS / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6T6R4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.08 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1 M k/Na tartrate, 0.1 M Tris buffer, 0.2 M lithium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月5日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→37.7 Å / Num. all: 28687 / Num. obs: 28687 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Χ2: 1.599 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.9-1.933.90.9362.514400.9100
1.93-1.9740.7214350.936100
1.97-2.014.10.65114690.94100
2.01-2.054.10.53114211.058100
2.05-2.094.10.45214291.039100
2.09-2.144.10.40214381.1100
2.14-2.194.10.34414161.206100
2.19-2.254.10.31214611.29100
2.25-2.324.10.26814191.431100
2.32-2.394.10.2414271.469100
2.39-2.484.20.22514431.514100
2.48-2.584.10.19214201.633100
2.58-2.74.10.1714511.786100
2.7-2.844.10.14914241.846100
2.84-3.024.10.12314361.9799.9
3.02-3.254.10.10214411.92399.9
3.25-3.584.10.0914291.959100
3.58-4.094.10.08114221.92899.7
4.09-5.1640.06614402.34699.7
5.16-504.10.07514263.68599.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→37.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.26 / SU B: 4.709 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1795 1456 5.1 %RANDOM
Rwork0.1508 ---
all0.1523 28687 --
obs0.1523 28687 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.34 Å2 / Biso mean: 26.383 Å2 / Biso min: 9.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20.32 Å20 Å2
2--0.32 Å2-0 Å2
3----1.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2135 0 0 183 2318
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0192311
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022241
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8021.9773183
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84735178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1595311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.03924.906106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.11915361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5951514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2362
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212695
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02521
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 110 -
Rwork0.206 2024 -
all-2134 -
obs-2134 98.8 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.2636 Å / Origin y: 20.2237 Å / Origin z: 10.741 Å
111213212223313233
T0.0233 Å20.0163 Å2-0.007 Å2-0.0281 Å2-0 Å2--0.0069 Å2
L0.1869 °2-0.3526 °20.0842 °2-0.7783 °2-0.0811 °2--0.1749 °2
S-0.0312 Å °-0.0226 Å °0.0146 Å °0.0541 Å °0.0298 Å °-0.0113 Å °-0.009 Å °-0.0493 Å °0.0014 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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