+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lwk | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of methionine sulfoxide reductase U16S from clostridium oremlandii | |||||||||
![]() | Peptide methionine sulfoxide reductase MsrA | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ALPHA/BETA FOLD / PEPTIDE-METHIONINE (S)-S-OXIDE REDUCTASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() L-methionine:thioredoxin-disulfide S-oxidoreductase activity / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / protein modification process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hwang, K.Y. / Lee, E.H. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of 1-Cys type selenoprotein methionine sulfoxide reductase A 著者: Lee, E.H. / Kwak, G.H. / Kim, M.J. / Kim, H.Y. / Hwang, K.Y. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 103.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 78.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 456.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24784.689 Da / 分子数: 2 / 変異: (SEC)16S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: OhILAs / 遺伝子: msrA / プラスミド: PET21B / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A8MI53, peptide-methionine (S)-S-oxide reductase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.78 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES, 30%(V/V) PEG 5000, 0.2M AMMONIUM SULFATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月30日 / 詳細: SI(111) |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.23985 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.799→30 Å / Num. obs: 45156 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 21.61 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / % possible all: 97.4 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4LWJ 解像度: 1.8→26.52 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 18.01 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46 Å2 / ksol: 0.41 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.75 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→26.52 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
|