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- PDB-4lw9: Crystal structure of Vibrio cholera major pseudopilin EpsG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lw9
タイトルCrystal structure of Vibrio cholera major pseudopilin EpsG
要素Type II secretion system protein G
キーワードTRANSPORT PROTEIN / TYPE II SECRETION SYSTEM / PSEUDOPILUS
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type II secretion system protein GspG / Type II secretion system protein GspG, C-terminal / Type II secretion system (T2SS), protein G / Glycoprotein, Type 4 Pilin / Bacterial general secretion pathway protein G-type pilin / Glycoprotein, Type 4 Pilin / : / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site ...Type II secretion system protein GspG / Type II secretion system protein GspG, C-terminal / Type II secretion system (T2SS), protein G / Glycoprotein, Type 4 Pilin / Bacterial general secretion pathway protein G-type pilin / Glycoprotein, Type 4 Pilin / : / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Type II secretion system core protein G
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Vago, F.S. / Raghunathan, K. / Jens, J.C. / Wedemeyer, W.J. / Bagdasarian, M. / Brunzelle, J.S. / Arvidson, D.N.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Vibrio cholera major pseudopilin EpsG
著者: Vago, F.S. / Raghunathan, K. / Jens, J.C. / Wedemeyer, W.J. / Bagdasarian, M. / Brunzelle, J.S. / Arvidson, D.N.
履歴
登録2013年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type II secretion system protein G
B: Type II secretion system protein G
C: Type II secretion system protein G
D: Type II secretion system protein G
E: Type II secretion system protein G
F: Type II secretion system protein G
I: Type II secretion system protein G
J: Type II secretion system protein G
K: Type II secretion system protein G
L: Type II secretion system protein G
Q: Type II secretion system protein G
R: Type II secretion system protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,49599
ポリマ－160,69812
非ポリマー6,79787
水11,962664
1
A: Type II secretion system protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,00010
ポリマ－13,3921
非ポリマー6099
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Type II secretion system protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8939
ポリマ－13,3921
非ポリマー5018
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Type II secretion system protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9197
ポリマ－13,3921
非ポリマー5276
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Type II secretion system protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,07310
ポリマ－13,3921
非ポリマー6829
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Type II secretion system protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,05510
ポリマ－13,3921
非ポリマー6649
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Type II secretion system protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8947
ポリマ－13,3921
非ポリマー5026
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
I: Type II secretion system protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0158
ポリマ－13,3921
非ポリマー6247
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
J: Type II secretion system protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8546
ポリマ－13,3921
非ポリマー4625
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
K: Type II secretion system protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,11610
ポリマ－13,3921
非ポリマー7249
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
L: Type II secretion system protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8587
ポリマ－13,3921
非ポリマー4676
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
Q: Type II secretion system protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9598
ポリマ－13,3921
非ポリマー5687
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
R: Type II secretion system protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8597
ポリマ－13,3921
非ポリマー4686
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.610, 70.015, 131.544
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFIJKLQR

#1: タンパク質
Type II secretion system protein G / T2SS protein G / Cholera toxin secretion protein EpsG / General secretion pathway protein G


分子量: 13391.531 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 35-146 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961, O1 biovar / 遺伝子: epsG, VC_2730 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P45773

-
非ポリマー , 7種, 751分子

#2: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 664 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.23 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 6 mM zinc sulfate, 60 mM MES pH 6.5, 15% PEG MME 550, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0712 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0712 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→29.54 Å / Num. obs: 117230

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→29.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.379 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24527 6178 5 %RANDOM
Rwork0.20249 ---
obs0.20468 117230 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.656 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10913 0 143 664 11720
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02111431
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027319
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3231.94915318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.862317927
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.22851404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.02726.078589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.777151691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.851528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21579
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212903
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022120
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.32519
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.37304
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.55637
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.55512
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.51013
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0330.53
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1820.52
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3520.370
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2760.397
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2920.534
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.2060.512
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.45427050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.30322896
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.352311132
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.52524556
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.16834185
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 450 -
Rwork0.232 8612 -
obs--99.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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