PDB-4lw8: Crystal structure of a putative epimerase from Burkholderia cenoc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lw8

タイトル

Crystal structure of a putative epimerase from Burkholderia cenocepacia J2315

要素

Putative epimerase

キーワード

ISOMERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / putative epimerase

機能・相同性

機能・相同性情報

GDP-mannose 4,6 dehydratase / NAD(P)-binding domain / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of a putative epimerase from Burkholderia cenocepacia J2315
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2013年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lw8.cif.gz	249.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lw8.ent.gz	199.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lw8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4lw8_validation.pdf.gz	441 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lw8_full_validation.pdf.gz	444.5 KB	表示
XML形式データ	4lw8_validation.xml.gz	26.6 KB	表示
CIF形式データ	4lw8_validation.cif.gz	38.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/4lw8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/4lw8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pk3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5edu-1 4mcv-d 2aox-d 3g5d-d 5edu-2 4mxo-d 4ili-d 6gwr-d 4zcm-1 2aow-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BuceA.00050.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative epimerase

B: Putative epimerase

ヘテロ分子

71.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.970, 98.970, 173.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: CHAIN B) / NCSドメイン領域: (Selection details: CHAIN B)

#1: タンパク質	Putative epimerase 分子量: 35502.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: J2315 / LMG 16656 / 遺伝子: BCAM1003, BceJ2315_44580 / プラスミド: BuceA.00050.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4EFL1
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.41 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: EmeraldBio JCSG screen c4: 10% PEG 600, 100mM HEPES, pH 7.5, cryo protected with 15% EG. BuceA.00050.a.B1.PS01171 at 23.6 mg/ml, tray 246217, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月2日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 58166 / Num. obs: 57752 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.95 % / B_iso Wilson estimate: 31.39 Å² / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 21.2

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.15	0.512	3.53	26240	4228	1	100
2.15-2.21	0.465	4.02	25159	4112	1	99.9
2.21-2.28	0.335	6.1	19258	3693	1	91.2
2.28-2.35	0.29	6.26	23956	3939	1	99.9
2.35-2.42	0.226	7.89	23214	3739	1	100
2.42-2.51	0.172	9.97	22971	3689	1	100
2.51-2.6	0.137	12.46	22116	3569	1	100
2.6-2.71	0.112	15.24	21042	3416	1	100
2.71-2.83	0.09	18.47	20370	3292	1	100
2.83-2.97	0.074	21.77	19144	3131	1	100
2.97-3.13	0.058	26.84	18359	3021	1	100
3.13-3.32	0.048	31.93	17099	2850	1	100
3.32-3.55	0.042	37.13	15551	2673	1	100
3.55-3.83	0.039	38.67	13348	2503	1	99.6
3.83-4.2	0.034	43.99	12773	2302	1	99.9
4.2-4.7	0.029	49.59	12144	2130	1	100
4.7-5.42	0.028	49.21	10653	1863	1	100
5.42-6.64	0.026	49.56	9326	1612	1	100
6.64-9.39	0.021	53.85	7147	1259	1	100
9.39-50	0.02	54.24	3731	731	1	95.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	19.87 Å
Translation	3.5 Å	19.87 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
PHENIX	dev_1439	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2pk3, modified with CCP4 program chainsaw

2pk3

解像度: 2.1→32.628 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8487 / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2097	2926	5.08 %	random
R_work	0.1766	-	-	-
obs	0.1782	57649	99.24 %	-
all	-	58166	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.87 Å² / B_iso mean: 39.2726 Å² / B_iso min: 13.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→32.628 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4461	0	30	371	4862

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4634
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.022	6348
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	746
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	825
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.929	1679

Refine LS restraints NCS

数: 2580 / タイプ: POSITIONAL / Rms dev position: 3.963 Å

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.1345	0.2933	147	0.2301	2540	2687	100
2.1345-2.1713	0.2946	152	0.2279	2594	2746	100
2.1713-2.2107	0.2798	151	0.2359	2557	2708	100
2.2107-2.2533	0.4997	119	0.4478	2372	2491	90
2.2533-2.2992	0.3255	132	0.2997	2469	2601	95
2.2992-2.3492	0.2451	134	0.2056	2613	2747	100
2.3492-2.4038	0.2299	140	0.1822	2568	2708	100
2.4038-2.4639	0.2197	152	0.1675	2593	2745	100
2.4639-2.5305	0.2125	139	0.1663	2602	2741	100
2.5305-2.605	0.2216	139	0.1627	2609	2748	100
2.605-2.689	0.1989	146	0.1595	2609	2755	100
2.689-2.7851	0.213	130	0.1645	2595	2725	100
2.7851-2.8965	0.2346	121	0.1784	2648	2769	100
2.8965-3.0283	0.1975	162	0.1693	2606	2768	100
3.0283-3.1878	0.2269	146	0.1778	2610	2756	100
3.1878-3.3873	0.2175	128	0.1751	2642	2770	100
3.3873-3.6485	0.2064	121	0.1749	2662	2783	100
3.6485-4.0151	0.1946	133	0.1593	2646	2779	100
4.0151-4.5947	0.144	151	0.1387	2655	2806	100
4.5947-5.7836	0.1604	149	0.1447	2700	2849	100
5.7836-32.6318	0.1878	134	0.1631	2833	2967	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.916	-0.8634	0.5725	3.4786	0.5438	4.4083	0.0761	0.013	-0.1553	0.4204	-0.0251	-0.1329	0.4859	0.1764	-0.0593	0.2891	-0.0121	-0.073	0.1795	-0.0261	0.2917	-11.324	67.1106	16.0277
2	1.977	0.6496	0.6969	2.7677	0.1231	2.4842	0.0824	-0.0067	0.0058	0.1137	-0.0788	0.1646	-0.0179	-0.1841	-0.0038	0.1556	0.0096	-0.0114	0.1672	0.0267	0.2112	-17.2675	84.0508	13.2405
3	3.7838	1.1442	2.3481	2.1509	1.269	2.9092	0.1056	-0.2756	0.1849	0.5451	-0.1118	-0.0472	0.0377	-0.1924	-0.0339	0.3822	-0.0525	0.0274	0.2135	0.0143	0.2165	-10.6262	85.1215	34.2164
4	4.5279	-0.5438	-0.0828	3.0214	-0.9523	4.1902	0.1446	0.606	-0.0099	-0.2481	-0.1535	-0.1569	0.0067	0.1409	0.0371	0.1883	0.0283	-0.003	0.2524	0.0032	0.1949	-2.654	107.0514	-9.3958
5	1.7869	0.1358	-0.0143	3.1659	-0.136	1.3337	0.0246	-0.0813	-0.1784	0.0289	-0.0237	0.0219	-0.0045	-0.0898	0.0051	0.1703	0.019	-0.0414	0.1895	0.0168	0.1376	-13.4955	98.8822	3.3966
6	3.3901	0.1636	1.0524	2.1745	0.1668	3.5933	0.1729	0.5937	-0.3063	-0.4205	-0.0821	0.3938	0.2821	-0.3621	-0.0404	0.2647	0.0503	-0.1038	0.3129	-0.0599	0.255	-24.4458	104.1196	-10.8406
7	3.241	0.1161	1.0792	1.9008	0.3809	3.672	0.061	0.5488	-0.3163	-0.4708	0.09	0.4866	0.206	-0.1165	-0.1234	0.3051	0.0636	-0.1427	0.3701	-0.0484	0.345	-29.3718	104.4059	-13.8611

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 7:94 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 95:181 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 182:314 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESID 7:94 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 95:166 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 167:260 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 261:314 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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