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万見
- PDB-4lvl: MobM Relaxase Domain (MOBV; Mob_Pre) bound to plasmid pMV158 oriT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lvl
タイトルMobM Relaxase Domain (MOBV; Mob_Pre) bound to plasmid pMV158 oriT DNA (22nt+3'Thiophosphate). Mn-bound crystal structure at pH 6.8
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*TP*TP*TP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*AP*TP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*(TS6))-3')
  • Plasmid recombination enzyme
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein-DNA complex / Pfam Family: Mob_Pre (PF01076). MOB Relaxase Family: MOBv / relaxase/endonuclease / oriT DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA recombination / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Plasmid recombination enzyme / Plasmid recombination enzyme / BirA Bifunctional Protein; domain 2 - #30 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Plasmid recombination enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
Synthetic DNA (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pluta, R. / Boer, D.R. / Coll, M.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural basis of a histidine-DNA nicking/joining mechanism for gene transfer and promiscuous spread of antibiotic resistance.
著者: Pluta, R. / Boer, D.R. / Lorenzo-Diaz, F. / Russi, S. / Gomez, H. / Fernandez-Lopez, C. / Perez-Luque, R. / Orozco, M. / Espinosa, M. / Coll, M.
履歴
登録2013年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02022年4月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / database_2 / entity / entity_src_gen / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.opening / _ndb_struct_na_base_pair.propeller / _ndb_struct_na_base_pair.shear / _ndb_struct_na_base_pair.stagger / _ndb_struct_na_base_pair.stretch / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination / _ndb_struct_na_base_pair_step.rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.roll / _ndb_struct_na_base_pair_step.shift / _ndb_struct_na_base_pair_step.slide / _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt / _ndb_struct_na_base_pair_step.tip / _ndb_struct_na_base_pair_step.twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement / _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.12024年2月28日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasmid recombination enzyme
B: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*TP*TP*AP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*(TS6))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1867
ポリマ－30,0243
非ポリマー1614
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5370 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area12430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.420, 112.420, 90.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Plasmid recombination enzyme / Mobilization protein


分子量: 23168.918 Da / 分子数: 1 / 断片: Relaxase Domain of MobM protein, UNP residues 2-199 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
遺伝子: pre, mob / プラスミド: pQE-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P13925

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*TP*TP*TP*AP*T)-3')


分子量: 2087.409 Da / 分子数: 1 / 断片: oligonucleotide_1 mimicking pMV158 oriT DNA hairpin / 由来タイプ: 合成
詳細: Oligonucleotides were obtained from Biomers (Ulm, Germany).
由来: (合成) Synthetic DNA (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*TP*GP*(TS6))-3')


分子量: 4768.116 Da / 分子数: 1 / 断片: oligonucleotide_2 mimicking pMV158 oriT DNA hairpin / 由来タイプ: 合成
詳細: Oligonucleotides were obtained from Biomers (Ulm, Germany).
由来: (合成) Synthetic DNA (人工物)

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非ポリマー , 3種, 161分子

#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, seeding / pH: 6.8
詳細: 22% PEG 6000, 0.3M sodium cloride, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, seeding, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→41.1 Å / Num. obs: 16824 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BESTデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→36.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 11.559 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23739 865 4.9 %RANDOM
Rwork0.18652 ---
obs0.18904 16822 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.084 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.02 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→36.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1608 449 8 157 2222
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0172237
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4881.7433102
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5735213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.25124.54599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.42915324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.3981512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021594
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7891.544822
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2932.3121039
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1691.6061414
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 53 -
Rwork0.275 1236 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.14581.75270.23372.8102-0.26125.0033-0.06820.10050.0396-0.05570.0844-0.0336-0.0140.5061-0.01620.0227-0.0077-0.060.0856-0.00610.179310.743-46.0153-1.6326
26.574111.1481-1.216720.8599-7.64716.52440.0147-0.01890.31630.1764-0.09960.5069-0.36030.62230.08490.5001-0.0040.09740.5468-0.04580.634319.825-48.5769-14.4987
34.524-0.0996-0.59670.314-0.68849.13140.16530.68240.0071-0.1496-0.1995-0.1416-0.50230.26160.03420.17120.10150.07930.1950.08710.110.8428-40.2665-14.3241
43.5120.81541.8981.7570.49725.0245-0.12910.02280.07850.06420.0761-0.1959-0.61890.66520.0530.0878-0.0869-0.01150.1093-0.00880.077714.4475-37.52686.1115
51.98240.21350.84241.07980.01037.1377-0.04670.03350.12090.076-0.01220.1048-0.4208-0.33730.05890.03090.0189-0.00170.0194-0.00340.06432.2642-38.82-1.8004
64.0917-2.22870.05063.46560.79664.70970.12640.2934-0.5202-0.2075-0.21870.41050.4389-0.72040.09220.0706-0.0516-0.00520.1791-0.00630.1147-4.2096-49.9414-0.779
710.88094.4884-0.36679.38721.12934.2080.026-0.4268-0.70690.8259-0.2224-0.22490.26130.22880.19640.1399-0.0059-0.02740.15850.0130.089616.2756-48.121923.7921
85.70430.94146.46824.83743.329113.8020.0157-0.81180.09470.440.0596-0.1326-0.2947-0.858-0.07540.1028-0.0092-0.0230.21410.00630.086113.8704-44.500724.4133
95.5798-2.4287-1.95811.10930.49585.9428-0.0183-0.1429-0.1296-0.03470.0641-0.01750.882-0.1927-0.04580.1858-0.0813-0.05580.06310.01930.23771.0943-52.8250.4823
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2A27 - 31
3X-RAY DIFFRACTION3A32 - 50
4X-RAY DIFFRACTION4A51 - 89
5X-RAY DIFFRACTION5A90 - 156
6X-RAY DIFFRACTION6A157 - 197
7X-RAY DIFFRACTION7B1 - 7
8X-RAY DIFFRACTION8C12 - 18
9X-RAY DIFFRACTION9C19 - 26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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