PDB-4lva: Fragment-based Identification of Amides Derived From trans-2-(Pyr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lva

タイトル

Fragment-based Identification of Amides Derived From trans-2-(Pyridin-3-yl)cyclopropanecarboxylic Acid as Potent Inhibitors of Human Nicotinamide Phosphoribosyltransferase (NAMPT)

要素

Nicotinamide phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Transferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / Nicotinamide salvaging / NAD biosynthetic process / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Giannetti, A.M. / Zheng, X. / Skelton, N. / Wang, W. / Bravo, B. / Feng, Y. / Gunzner-Toste, J. / Ho, Y. / Hua, R. / Wang, C. ...

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Identification of amides derived from 1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-5-carboxylic acid as potent inhibitors of human nicotinamide phosphoribosyltransferase (NAMPT).
著者: Zheng, X. / Bair, K.W. / Bauer, P. / Baumeister, T. / Bowman, K.K. / Buckmelter, A.J. / Caligiuri, M. / Clodfelter, K.H. / Feng, Y. / Han, B. / Ho, Y.C. / Kley, N. / Li, H. / Liang, X. / ...

履歴

登録	2013年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月2日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lva.cif.gz	422 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lva.ent.gz	344.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lva.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lva	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lv9C 4lvbC 4lvdC 4lvfC 4lvgC 4m6pC 4m6qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3dhd-d 4lww-d 4o16-1 4lvf-d 3dhf-d 4jr5-d 4o13-d 4o1b-d 4lvg-d 2e5d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nicotinamide phosphoribosyltransferase

B: Nicotinamide phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.511, 106.799, 83.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.59, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Nicotinamide phosphoribosyltransferase / NAmPRTase / Nampt / Pre-B-cell colony-enhancing factor 1 / Pre-B cell-enhancing factor / Visfatin 分子量: 56942.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAMPT, PBEF, PBEF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P43490, nicotinamide phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-20M / N-(4-{[4-(pyrrolidin-1-yl)piperidin-1-yl]sulfonyl}benzyl)-2H-pyrido[4,3-e][1,2,4]thiadiazin-3-amine 1,1-dioxide 分子量: 504.626 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₈N₆O₄S₂
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1006 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.45 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 0.2uL + 0.2uL drops containing 6mg/mL Nampt, 0.1M Sodium phosphate, 25-29% polyethylene glycol 3350, 0.2M NaCl, 1mM compound, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月30日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Monochromator (ACCEL DCM) with an indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 151480 / Num. obs: 151480 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.55→1.61 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→46.37 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2069	7612	5.03 %
R_work	0.1765	-	-
obs	0.178	151425	99.92 %
all	-	151480	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→46.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7519	0	146	1006	8671

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	7831
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.596	10596
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.739	2868
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.106	1147
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1334

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.5675	0.2706	279	0.2446	4676	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5675-1.5859	0.2963	235	0.2357	4774	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5859-1.6053	0.2696	254	0.2248	4771	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6053-1.6256	0.267	250	0.2202	4765	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6256-1.647	0.2537	261	0.2102	4812	X-RAY DIFFRACTION	100
1.647-1.6696	0.253	242	0.2049	4788	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6696-1.6934	0.2421	265	0.2016	4781	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6934-1.7187	0.2436	248	0.1943	4793	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7187-1.7455	0.2224	261	0.1901	4741	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7455-1.7742	0.2192	243	0.1817	4854	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7742-1.8048	0.2252	250	0.1812	4785	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8048-1.8376	0.2323	242	0.176	4769	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8376-1.8729	0.2232	267	0.1785	4768	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8729-1.9111	0.2354	259	0.1775	4779	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9111-1.9527	0.2122	239	0.1715	4835	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9527-1.9981	0.2063	216	0.1679	4767	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9981-2.0481	0.1968	261	0.166	4807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0481-2.1035	0.1989	235	0.169	4830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1035-2.1654	0.2106	279	0.1703	4765	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1654-2.2353	0.1845	267	0.1617	4802	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2353-2.3152	0.2005	274	0.1644	4779	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3152-2.4078	0.1939	251	0.171	4805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4078-2.5174	0.2167	256	0.1666	4780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5174-2.6501	0.2106	279	0.1704	4769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6501-2.8161	0.2047	236	0.1758	4818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8161-3.0335	0.2054	282	0.1796	4808	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0335-3.3387	0.2177	222	0.1743	4833	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3387-3.8217	0.18	264	0.1695	4816	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8217-4.8141	0.1776	240	0.1585	4855	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8141-46.3909	0.1842	255	0.1878	4888	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 13.3574 Å / Origin y: -0.2921 Å / Origin z: 22.6147 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0237 Å²	-0.0025 Å²	-0.0032 Å²	-	0.046 Å²	-0.0066 Å²	-	-	0.0446 Å²
L	0.163 °²	0.0606 °²	-0.0559 °²	-	0.3165 °²	-0.0639 °²	-	-	0.2554 °²
S	0.0307 Å °	-0.0244 Å °	0 Å °	-0.0165 Å °	-0.0093 Å °	-0.0236 Å °	0.0023 Å °	0.0575 Å °	0.0006 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 8:486 OR RESID 603:610 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 8:487 OR RESID 603:610 ) )	A	8 - 486
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 8:486 OR RESID 603:610 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 8:487 OR RESID 603:610 ) )	A	603 - 610
3	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 8:486 OR RESID 603:610 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 8:487 OR RESID 603:610 ) )	B	8 - 487
4	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 8:486 OR RESID 603:610 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 8:487 OR RESID 603:610 ) )	B	603 - 610

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