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- PDB-4lup: Crystal structure of the complex formed by region of E. coli sigm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lup
タイトルCrystal structure of the complex formed by region of E. coli sigmaE bound to its -10 element non template strand
要素
  • RNA polymerase sigma factor
  • region 2 of sigmaE of E. coli
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / ECF sigma factor region 2 / Transcription redirection / -10 promoter element / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma-70 RpoE type / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain ...RNA polymerase sigma-70 RpoE type / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / RNA polymerase sigma factor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Campagne, S. / Marsh, M.E. / Vorholt, J.A.V. / Allain, F.H.-T. / Capitani, G.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural basis for -10 promoter element melting by environmentally induced sigma factors.
著者: Campagne, S. / Marsh, M.E. / Capitani, G. / Vorholt, J.A. / Allain, F.H.
履歴
登録2013年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Database references
改定 1.22014年3月19日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase sigma factor
C: RNA polymerase sigma factor
B: region 2 of sigmaE of E. coli
D: region 2 of sigmaE of E. coli
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8095
ポリマ－28,7474
非ポリマー621
水3,729207
1
A: RNA polymerase sigma factor
B: region 2 of sigmaE of E. coli
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4353
ポリマ－14,3732
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: RNA polymerase sigma factor
D: region 2 of sigmaE of E. coli


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3732
ポリマ－14,3732
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.050, 36.480, 73.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 RNA polymerase sigma factor


分子量: 12251.906 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 3-92 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoE, BN17_18601, ECs3439, LF82_1962 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0P6M2
#2: DNA鎖 region 2 of sigmaE of E. coli


分子量: 2121.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: oligonucleotide synthetically generated
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.09 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.5
詳細: The complex crystallized spontaneously at a concentration of 0.5 mM in the NMR buffer (10 mM Na-Phosphate buffer pH 6.5, 50 mM NaCl), BATCH, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月30日
放射モノクロメーター: FIXED EXIT DOUBLE, CHANNEL DCM MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→35.075 Å / Num. obs: 64851 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 12.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 28.6
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.2-1.30.6574.381100
1.3-1.40.4066.911100
1.4-1.50.23211.111100
1.5-1.80.124.811100
1.8-20.05643.471100
2-2.50.03762.51100
2.5-30.02874.861100
3-40.02494.541100
4-50.022101.051100
5-60.02294.681100
6-80.02191.41100
8-100.01894.181100
10-200.01886.63199.1
20-300.01860.431100
30-35.0750.01636.46150

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DA+データ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2MAP

2map


解像度: 1.2→35.075 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.09 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1648 972 1.5 %
Rwork0.1471 --
obs0.1474 64837 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.3977 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→35.075 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1503 268 4 207 1982
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061870
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9942594
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.387711
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066293
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005288
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.26330.19131380.15399087X-RAY DIFFRACTION100
1.2633-1.34240.17421380.13069044X-RAY DIFFRACTION100
1.3424-1.44610.17361380.11969082X-RAY DIFFRACTION100
1.4461-1.59160.12881380.10449082X-RAY DIFFRACTION100
1.5916-1.82190.14041380.11519113X-RAY DIFFRACTION100
1.8219-2.29540.14021400.14599153X-RAY DIFFRACTION100
2.2954-35.09050.18431420.16829304X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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