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- PDB-4luo: Fragment-Based Discovery of a Potent Inhibitor of Replication Pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4luo
タイトルFragment-Based Discovery of a Potent Inhibitor of Replication Protein A Protein-Protein Interactions
要素Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit
キーワードPROTEIN BINDING / OB-FOLD / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to chromosome / DNA replication factor A complex / single-stranded telomeric DNA binding / chromatin-protein adaptor activity / G-rich strand telomeric DNA binding / protein localization to site of double-strand break / Removal of the Flap Intermediate / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) ...protein localization to chromosome / DNA replication factor A complex / single-stranded telomeric DNA binding / chromatin-protein adaptor activity / G-rich strand telomeric DNA binding / protein localization to site of double-strand break / Removal of the Flap Intermediate / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / site of DNA damage / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Activation of the pre-replicative complex / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / HSF1 activation / telomere maintenance via telomerase / mismatch repair / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Activation of ATR in response to replication stress / telomere maintenance / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / meiotic cell cycle / nucleotide-excision repair / Fanconi Anemia Pathway / Termination of translesion DNA synthesis / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / double-strand break repair via homologous recombination / Translesion Synthesis by POLH / G2/M DNA damage checkpoint / base-excision repair / PML body / Meiotic recombination / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / DNA-templated DNA replication / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / single-stranded DNA binding / site of double-strand break / Processing of DNA double-strand break ends / DNA recombination / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA replication / DNA repair / DNA damage response / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Replication factor-A protein 1, N-terminal domain / Replication factor A protein 1 / Replication factor-A protein 1, N-terminal / Replication protein A, OB domain / Replication protein A OB domain / : / Replication factor A, C-terminal / Replication factor-A C terminal domain / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain ...Replication factor-A protein 1, N-terminal domain / Replication factor A protein 1 / Replication factor-A protein 1, N-terminal / Replication protein A, OB domain / Replication protein A OB domain / : / Replication factor A, C-terminal / Replication factor-A C terminal domain / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1DZ / Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Feldkamp, M.D. / Frank, A.O. / Kennedy, J.P. / Waterson, A.G. / Olejniczak, E.T. / Pelz, N.F. / Patrone, J.D. / Vangamudi, B. / Camper, D.V. / Rossanese, O.W. ...Feldkamp, M.D. / Frank, A.O. / Kennedy, J.P. / Waterson, A.G. / Olejniczak, E.T. / Pelz, N.F. / Patrone, J.D. / Vangamudi, B. / Camper, D.V. / Rossanese, O.W. / Fesik, S.W. / Chazin, W.J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Discovery of a potent inhibitor of replication protein a protein-protein interactions using a fragment-linking approach.
著者: Frank, A.O. / Feldkamp, M.D. / Kennedy, J.P. / Waterson, A.G. / Pelz, N.F. / Patrone, J.D. / Vangamudi, B. / Camper, D.V. / Rossanese, O.W. / Chazin, W.J. / Fesik, S.W.
履歴
登録2013年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月9日Group: Database references
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0543
ポリマ－13,4981
非ポリマー5572
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.308, 53.022, 53.829
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit / RP-A p70 / Replication factor A protein 1 / RF-A protein 1 / Single-stranded DNA-binding protein / ...RP-A p70 / Replication factor A protein 1 / RF-A protein 1 / Single-stranded DNA-binding protein / Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit / N-terminally processed


分子量: 13497.728 Da / 分子数: 1 / 断片: RPA70N (unp residues 1-120) / 変異: E7R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPA1, REPA1, RPA70 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: P27694
#2: 化合物 ChemComp-1DZ / 1-(3-methylphenyl)-5-phenyl-1H-pyrazole-3-carboxylic acid


分子量: 278.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14N2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.26 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 MM MES, 200 MM CALCIUM ACETATE, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月12日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→31.211 Å / Num. all: 418133 / Num. obs: 31399 / % possible obs: 99.91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.111
反射 シェル解像度: 1.54→1.57 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 5.35 / Num. unique all: 820 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2B29

2b29


解像度: 1.54→31.211 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1893 847 5.06 %Random
Rwork0.1706 ---
obs0.1716 16741 99.55 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→31.211 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数930 0 42 93 1065
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071094
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3831505
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.062426
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005194
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5391-1.63550.24991530.2112535X-RAY DIFFRACTION98
1.6355-1.76180.23471400.19222618X-RAY DIFFRACTION100
1.7618-1.93910.26041320.16712622X-RAY DIFFRACTION100
1.9391-2.21960.17921470.15142634X-RAY DIFFRACTION100
2.2196-2.79620.17341400.17382679X-RAY DIFFRACTION100
2.7962-31.21760.17461350.16942806X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.89831.6781-2.70164.1354-0.29862.35390.01440.04430.24330.05680.06530.15120.0502-0.5926-0.04270.0992-0.0029-0.00330.1276-0.00450.15613.80491.5449-4.6245
22.038-0.66530.57833.13490.65122.6654-0.09410.23060.1303-0.31950.0676-0.1387-0.20690.2379-0.00260.142-0.01960.01240.14930.02370.11328.062-5.4107-10.2171
31.8725-0.01742.73273.3173-2.51535.85670.4121.423-0.7838-1.67510.013-0.90060.25950.5205-0.25370.39920.02360.08160.4411-0.13780.37199.8594-21.2696-22.1619
41.9337-1.3872-0.44713.17770.67671.19150.035-0.0063-0.0239-0.03160.0398-0.07490.03690.0586-0.09230.1108-0.0182-0.01710.13140.00020.11617.1581-13.2228-10.0216
50.51620.04050.11781.7747-2.52818.5666-0.04110.10060.0149-0.1659-0.0426-0.04040.22320.39430.07720.1433-0.02080.00610.1560.02040.162511.8067-5.4329-16.3297
62.81040.6578-0.63531.8493-1.49727.7303-0.07970.0546-0.0657-0.07340.0352-0.06430.00810.23490.04840.1489-0.01270.00960.13440.01590.152912.7069-8.2125-11.1513
73.4471-1.18190.80496.1842-5.41368.37010.07370.0207-0.0018-0.01980.22790.38580.0109-0.2943-0.30140.1163-0.02380.00490.1398-0.01080.1739-2.0377-5.9275-5.6138
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 15 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 16 through 32 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 33 through 41 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 42 through 75 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 76 through 91 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 92 through 103 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 104 through 120 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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