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- PDB-4lu1: Crystal structure of the uncharacterized Maf protein YceF from E.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lu1
タイトルCrystal structure of the uncharacterized Maf protein YceF from E. coli, mutant D69A
要素Maf-like protein YceF
キーワードHYDROLASE / Maf protein / putative pyrophosphatase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性Maf protein - #10 / Maf protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Dong, A. / Xu, X. / Cui, H. / Tchigvintsev, A. / Flick, R. / Brown, G. / Popovic, A. / Yakunin, A.F. / Savchenko, A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Biochemical and structural studies of conserved maf proteins revealed nucleotide pyrophosphatases with a preference for modified nucleotides.
著者: Tchigvintsev, A. / Tchigvintsev, D. / Flick, R. / Popovic, A. / Dong, A. / Xu, X. / Brown, G. / Lu, W. / Wu, H. / Cui, H. / Dombrowski, L. / Joo, J.C. / Beloglazova, N. / Min, J. / Savchenko, ...著者: Tchigvintsev, A. / Tchigvintsev, D. / Flick, R. / Popovic, A. / Dong, A. / Xu, X. / Brown, G. / Lu, W. / Wu, H. / Cui, H. / Dombrowski, L. / Joo, J.C. / Beloglazova, N. / Min, J. / Savchenko, A. / Caudy, A.A. / Rabinowitz, J.D. / Murzin, A.G. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2013年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22014年1月15日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maf-like protein YceF
B: Maf-like protein YceF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2134
ポリマ－48,2132
非ポリマー02
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area15920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.651, 52.834, 129.275
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Maf-like protein YceF


分子量: 24106.373 Da / 分子数: 2 / 変異: D69A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: yceF / プラスミド: p15TVL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C9QYM5
#2: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES pH 6.0, 20% PEG10K, 1/10 papain in protein, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月18日 / 詳細: VariMax HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. all: 27172 / Num. obs: 27172 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.144 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.92-1.954.50.64412940.747195.1
1.95-1.995.40.5312730.738196.1
1.99-2.0360.42313380.742198.7
2.03-2.076.80.39412870.849198.7
2.07-2.116.80.34713680.8199.4
2.11-2.1670.29713251.127199.5
2.16-2.227.10.22513840.8021100
2.22-2.287.30.21713080.9391100
2.28-2.347.40.18113520.845199.9
2.34-2.427.40.15913550.848199.9
2.42-2.517.60.13613580.8361100
2.51-2.617.70.1213640.831100
2.61-2.727.70.09813580.8871100
2.72-2.877.90.08313560.9081100
2.87-3.057.90.06513750.9851100
3.05-3.287.90.05113741.1291100
3.28-3.617.80.0513871.7371100
3.61-4.147.60.04913942.5791100
4.14-5.217.60.04114242.2331100
5.21-506.90.03414981.626198.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
JDirectorデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JHC

4jhc


解像度: 1.92→33.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.961 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2488 856 3.2 %RANDOM
Rwork0.1994 ---
obs0.201 27031 98.75 %-
all-27172 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.44 Å2 / Biso mean: 35.0588 Å2 / Biso min: 16.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å20 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→33.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2816 0 2 139 2957
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192894
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022771
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2721.9783931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74436362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.665375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.71623.651126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.54615483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.0941523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0883.3291482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0883.3281481
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2884.971848
LS精密化 シェル解像度: 1.918→1.968 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 56 -
Rwork0.255 1780 -
all-1836 -
obs--91.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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