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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lsb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a putative lyase/mutase from Burkholderia cenocepacia J2315 | ||||||
要素 | lyase/mutase | ||||||
キーワード | LYASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / mutase / cystic fibrosis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Burkholderia cenocepacia (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: Crystal structure of a putative lyase/mutase from Burkholderia cenocepacia J2315 著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4lsb.cif.gz | 213 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4lsb.ent.gz | 169.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4lsb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4lsb_validation.pdf.gz | 436.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4lsb_full_validation.pdf.gz | 436.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4lsb_validation.xml.gz | 24.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4lsb_validation.cif.gz | 36.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/4lsb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/4lsb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2ze3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30891.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: J2315 / 遺伝子: BceJ2315_55920, BCAM2155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EFV2 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.33 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20% PEG 8000, 0.2M MgCl2, Tris HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9798 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9798 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 48518 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 14.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 18.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 4.97 % / Rmerge(I) obs: 0.466 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3583 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2ZE3 解像度: 1.8→47.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 5.69 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.274 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.33 Å
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拘束条件 |
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