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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ls9
タイトルStructure of mycobacterial nrnA homolog reveals multifunctional nuclease activities
要素DHH family protein
キーワードHYDROLASE / DHH-family / nanoRNase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 - #30 / : / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / DDH domain / DHH family, N-terminal domain / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 ...inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 - #30 / : / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / DDH domain / DHH family, N-terminal domain / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DHH family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kumar, D. / Srivastav, R. / Grover, A. / Manjasetty, B.A. / Sharma, R. / Taneja, B.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / : 2014
タイトル: Unique subunit packing in mycobacterial nanoRNase leads to alternate substrate recognitions in DHH phosphodiesterases
著者: Srivastav, R. / Kumar, D. / Grover, A. / Singh, A. / Manjasetty, B.A. / Sharma, R. / Taneja, B.
履歴
登録2013年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DHH family protein
B: DHH family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0835
ポリマ-71,8812
非ポリマー2023
4,828268
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area25350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.870, 86.090, 66.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.37, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DHH family protein


分子量: 35940.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
: mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_2630 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QVM9
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Mn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.33 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 6000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月18日
放射モノクロメーター: Silicon mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→58.1 Å / Num. obs: 33001 / % possible obs: 99.48 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 31.73 Å2
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / % possible all: 99.48

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
Auto-Rickshaw位相決定
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→34.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9211 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8829 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU R Cruickshank DPI: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.247 / SU Rfree Blow DPI: 0.191 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.194 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2251 1666 5.07 %RANDOM
Rwork0.1761 ---
obs0.1786 32831 99.51 %-
all-32909 --
原子変位パラメータBiso max: 133.3 Å2 / Biso mean: 36.83 Å2 / Biso min: 10.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.9222 Å20 Å25.037 Å2
2--6.7721 Å20 Å2
3---2.15 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.286 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4708 0 8 268 4984
拘束条件
Refine-IDタイプRestraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1629SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes98HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes755HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4893HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion652SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5885SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4893HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6696HARMONIC21.13
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.64
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.81
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2434 163 5.46 %
Rwork0.1834 2825 -
all0.1867 2988 -
obs--99.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.44811.05850.3343.13340.19481.2343-0.0662-0.03570.2272-0.0919-0.04790.0938-0.10010.02350.1142-0.10070.0174-0.0495-0.0951-0.0098-0.0007-6.84057.7349.2651
21.2824-0.0147-0.05811.8835-0.79110.77510.0214-0.17030.02740.10580.06470.25080.0182-0.1365-0.0861-0.0630.00030.0018-0.0506-0.04180.0404-19.1652-13.026952.1721
35.092-2.59532.52715.088-2.26965.00620.14850.20220.2812-0.4079-0.08670.53190.1145-0.1663-0.0618-0.10660.01280.02610.08270.04520.2471-37.9815-10.130344.843
41.38950.43710.76193.55621.22862.41490.23780.1158-0.19550.16160.0305-0.19980.59640.138-0.26820.03050.0466-0.1417-0.1325-0.01670.0128-10.9922-37.282138.8591
51.2214-0.5864-0.23412.00690.37072.0391-0.0753-0.1647-0.1484-0.04390.11270.19950.1618-0.1561-0.0374-0.10350.0038-0.0743-0.0660.00380.0736-20.0923-20.20648.6572
61.6735-1.1141.05885.0664-0.80431.719-0.1734-0.3642-0.18420.42290.25890.0695-0.1006-0.1453-0.0855-0.09080.03870.10770.18380.03620.0922-21.7147-26.46668.3758
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|22 - 189}A22 - 189
2X-RAY DIFFRACTION2{A|190 - 240}A190 - 240
3X-RAY DIFFRACTION3{A|241 - 340}A241 - 340
4X-RAY DIFFRACTION4{B|22 - 189}B22 - 189
5X-RAY DIFFRACTION5{B|190 - 240}B190 - 240
6X-RAY DIFFRACTION6{B|241 - 340}B241 - 340

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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