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- PDB-4lry: Crystal Structure of the E.coli DhaR(N)-DhaK(T79L) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lry
タイトルCrystal Structure of the E.coli DhaR(N)-DhaK(T79L) complex
要素
  • PTS-dependent dihydroxyacetone kinase operon regulatory protein
  • PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit DhaK
キーワードTransferase/Transcription Regulator / coiled-coil / helix rotation / GAF / PAS / transcriptional regulation complex / Transferase-Transcription Regulator complex
機能・相同性
機能・相同性情報


monosaccharide catabolic process / glycerol to glycerone phosphate metabolic process / phosphoenolpyruvate-glycerone phosphotransferase / phosphoenolpyruvate-glycerone phosphotransferase activity / ketone catabolic process / glycerone kinase activity / carbohydrate phosphorylation / transferase complex / glycerol metabolic process / glycerol catabolic process ...monosaccharide catabolic process / glycerol to glycerone phosphate metabolic process / phosphoenolpyruvate-glycerone phosphotransferase / phosphoenolpyruvate-glycerone phosphotransferase activity / ketone catabolic process / glycerone kinase activity / carbohydrate phosphorylation / transferase complex / glycerol metabolic process / glycerol catabolic process / pyruvate metabolic process / DNA-binding transcription activator activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / DNA-templated transcription / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydroxyacetone kinase DhaK, subunit 1 / Dihydroxyacetone kinase; domain 2 / DhaK domain / Dak1 domain / DhaK domain profile. / : / Dihydroxyacetone kinase; domain 1 / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 ...Dihydroxyacetone kinase DhaK, subunit 1 / Dihydroxyacetone kinase; domain 2 / DhaK domain / Dak1 domain / DhaK domain profile. / : / Dihydroxyacetone kinase; domain 1 / Hypothetical Protein Tm841; Chain: A;domain 3 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / GAF domain / PAS domain / GAF domain / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS domain / PAS domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PEP-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit DhaK / PTS-dependent dihydroxyacetone kinase operon regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Shi, R. / McDonald, L. / Cygler, M. / Ekiel, I.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Coiled-Coil Helix Rotation Selects Repressing or Activating State of Transcriptional Regulator DhaR.
著者: Shi, R. / McDonald, L. / Cygler, M. / Ekiel, I.
履歴
登録2013年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit DhaK
B: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit DhaK
C: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase operon regulatory protein
D: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase operon regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,4906
ポリマ－146,3064
非ポリマー1842
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11360 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area49490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)231.397, 231.397, 79.763
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit DhaK


分子量: 38263.113 Da / 分子数: 2 / 変異: T79L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b1200, dhaK, dhaR, JW5187, ycgT / プラスミド: pGEX-4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P76015, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#2: タンパク質 PTS-dependent dihydroxyacetone kinase operon regulatory protein


分子量: 34889.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b1201, dhaK, dhaR, JW5188, ycgU / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P76016
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.81 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 40% PEG 200, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.83→50 Å / Num. obs: 56455 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.83-2.933.70.55250581.02187.7
2.93-3.053.90.45353031.009191.4
3.05-3.194.10.33154721.023194.6
3.19-3.364.40.24755891.034197.1
3.36-3.574.90.19157351.052199
3.57-3.845.60.13658051.037199.8
3.84-4.236.50.09558131.0151100
4.23-4.847.50.08858201.011100
4.84-6.099.20.09658850.9941100
6.09-509.60.03459750.969199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.83→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / WRfactor Rfree: 0.2309 / WRfactor Rwork: 0.1944 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8478 / SU B: 26.762 / SU ML: 0.226 / SU R Cruickshank DPI: 0.4962 / SU Rfree: 0.3029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.496 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2413 2860 5.1 %RANDOM
Rwork0.2006 ---
obs0.2026 56422 96.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 124.87 Å2 / Biso mean: 59.4865 Å2 / Biso min: 18.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9 Å2-0.45 Å20 Å2
2---0.9 Å20 Å2
3---1.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.83→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9892 0 12 30 9934
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02210094
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9371.96213731
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.62451298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.35825.057435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.845151673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.671550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.21603
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217591
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6161.56447
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.216210344
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.09933647
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5774.53386
LS精密化 シェル解像度: 2.834→2.908 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 167 -
Rwork0.3 3528 -
all-3695 -
obs--86.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.01650.02490.66441.1334-0.29952.63060.09670.0921-0.05480.04350.0558-0.16360.3210.3659-0.15260.22340.0514-0.16570.1237-0.07420.187216.8158-65.6182-7.0257
20.98-0.01820.19760.93910.24192.77520.0972-0.0891-0.01420.00310.06440.1010.3207-0.2861-0.16170.2288-0.0519-0.17230.09120.04120.1768-10.0166-68.8516-25.0392
32.2274-0.53540.63930.9867-0.0261.39650.0786-0.0369-0.0769-0.07790.0639-0.020.2351-0.0113-0.14260.1190.0073-0.10540.007-0.01690.114918.7008-53.642422.5625
43.2499-1.36562.16723.171-0.21245.9022-0.1278-0.24550.30180.47050.0468-0.4774-0.22830.24340.08090.70660.2531-0.02130.2543-0.00850.273460.2983-84.847342.7763
51.14480.0357-0.08432.18870.70091.81860.0347-0.09930.00130.09050.0090.03440.12430.0976-0.04360.05250.0416-0.06380.0588-0.06570.097137.6869-40.379141.0674
62.2713-0.28251.35936.26962.21615.8301-0.00870.49040.0547-0.4181-0.08350.1689-0.028-0.0550.09230.61240.23640.05340.28860.01760.202452.2893-89.732918.8935
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 356
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 356
3X-RAY DIFFRACTION3C13 - 203
4X-RAY DIFFRACTION4C204 - 306
5X-RAY DIFFRACTION5D13 - 203
6X-RAY DIFFRACTION6D204 - 306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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