PDB-4lrf: Phosphopentomutase S154G variant soaked with ribose 5-phosphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lrf

タイトル

Phosphopentomutase S154G variant soaked with ribose 5-phosphate

要素

Phosphopentomutase

キーワード

ISOMERASE / alkaline phosphatase family

機能・相同性

機能・相同性情報

metabolic compound salvage / phosphopentomutase / phosphopentomutase activity / 2-deoxyribose 1-phosphate catabolic process / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / nucleotide metabolic process / manganese ion binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Birmingham, W.A. / Starbird, C.A. / Panosian, T.D. / Nannemann, D.P. / Iverson, T.M. / Bachmann, B.O.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Bioretrosynthetic construction of a didanosine biosynthetic pathway.
著者: Birmingham, W.R. / Starbird, C.A. / Panosian, T.D. / Nannemann, D.P. / Iverson, T.M. / Bachmann, B.O.

履歴

登録	2013年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月26日	Group: Database references
改定 1.2	2014年4月9日	Group: Database references
改定 1.3	2014年4月30日	Group: Database references
改定 1.4	2019年7月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / struct_conn Item: _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lrf.cif.gz	485.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lrf.ent.gz	397.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lrf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/4lrf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/4lrf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lr7C 4lr8C 4lr9C 4lraC 4lrbC 4lrcC 4lrdC 4lreC 3m8wS 3m8z 3twz 3tx0 3un3 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3un5-2 4lr8-2 3tx0-d 6dpr-2 3un5-3 4lr8-1 1oo8-d 4gxt-d 3kl0-1 4lr9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Phosphopentomutase

B: Phosphopentomutase

C: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

141 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.922, 76.770, 107.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.72, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Phosphopentomutase / Phosphodeoxyribomutase

分子量: 46450.348 Da / 分子数: 3 / 変異: S154G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: BC_4087, deoB / プラスミド: pET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q818Z9, phosphopentomutase

#2: 化合物

ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION

分子量: 54.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 糖

ChemComp-HSX / 5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / 5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 5-O-phosphono-D-ribose / 5-O-phosphono-ribose / α-D-リボフラノ-ス5-りん酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅H₁₁O₈P

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 894 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 17% PEG3350, 50 mM manganese chloride, 50 mM ammonium acetate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 94933 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / R_sym value: 0.087 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / R_sym value: 0.386 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
CNS		精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3M8W

3m8w

解像度: 2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 6.013 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19984	4636	4.9 %	RANDOM
R_work	0.16309	-	-	-
obs	0.16484	90127	99.85 %	-
all	-	90265	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.724 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.67 Å²	-0 Å²	-0.54 Å²
2-	-	-0.71 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9182	0	52	894	10128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	9433
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.166	1.989	12768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.541	5	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.578	25.023	438
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.674	15	1644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.487	15	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1394
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	7185
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.248	0.836	4721
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.438	1.253	5910
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.405	0.894	4712
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	312	-
R_work	0.202	6594	-
obs	-	-	99.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2432	-0.3318	-0.3418	1.6016	0.3478	1.1774	0.0344	0.3222	-0.0401	-0.291	-0.0018	0.1268	-0.0201	-0.0296	-0.0327	0.1036	-0.0004	-0.0092	0.0495	-0.0005	0.0201	1.8694	5.7087	-14.4317
2	3.0332	-0.1327	2.308	0.2037	-0.4408	2.391	0.1185	0.2062	-0.0169	-0.0086	-0.1539	-0.0757	0.0937	0.4501	0.0354	0.1191	0.0163	-0.002	0.164	-0.0238	0.1552	21.1419	18.4436	7.1625
3	3.0927	-1.5451	1.3144	5.9265	-2.5352	4.5941	0.1185	-0.0941	-0.0997	0.0334	-0.1478	0.0285	0.1266	-0.1178	0.0293	0.0235	-0.0213	-0.0159	0.1083	-0.0432	0.0696	18.9501	15.6172	16.3289
4	0.9072	-0.2231	-0.281	1.6833	0.2301	1.0127	-0.0063	-0.0194	0.0419	-0.0426	0.0139	0.1299	0.0439	-0.0591	-0.0076	0.0262	-0.003	-0	0.0055	0.0013	0.0165	-2.0468	8.9957	-2.8403
5	2.3046	-0.2404	2.652	1.4422	-0.2668	4.0987	-0.1255	-0.0259	0.133	-0.1349	0.0586	0.1939	-0.1398	-0.3264	0.0668	0.0258	-0.0072	-0.014	0.0872	0.026	0.11	-27.0183	-0.9944	46.5664
6	1.0847	0.6344	0.0689	2.4346	-0.0046	1.5386	-0.034	0.0936	-0.0813	-0.1134	0.0635	0.2615	0.0932	-0.2306	-0.0295	0.0193	-0.0041	-0.0077	0.0673	0.0091	0.1156	-30.0627	-5.1342	46.3349
7	4.3817	-1.4779	-0.3046	2.2014	0.9769	2.7423	0.0677	0.296	0.0902	-0.0031	-0.0993	0.028	0.0833	-0.0421	0.0315	0.0866	-0.0182	0.0118	0.0867	0.0356	0.0425	-1.2708	4.1566	29.3146
8	0.9683	0.1223	0.4726	1.5759	0.0966	1.0401	-0.0052	-0.018	-0.0092	-0.0072	0.0394	0.0855	-0.0071	-0.0307	-0.0341	0.0135	-0.0016	0.0252	0.0023	0.0002	0.054	-20.6069	-3.9382	52.5576
9	1.3484	-0.4542	1.1069	1.6434	-1.5128	3.4318	0.0596	0.1184	0.0056	-0.0342	-0.2158	-0.2403	0.2606	0.8072	0.1562	0.0617	0.0747	-0.0009	0.3255	0.0392	0.1166	25.226	-7.6838	62.1269
10	5.6582	1.1524	-2.3244	5.1352	-1.721	2.7527	0.1726	-0.9174	0.1329	0.0458	-0.3722	-0.6272	-0.1139	0.987	0.1997	0.1633	0.0237	-0.0062	0.4705	-0.0088	0.121	2.1136	-1.2602	84.9274
11	4.2603	0.7715	-0.61	5.2562	-0.1748	5.2834	-0.0781	-0.3178	0.0016	-0.1137	0.0309	-0.1646	0.0711	0.3997	0.0472	0.0589	0.0625	0.0169	0.1244	-0.0144	0.045	-4.3918	-3.464	78.4723
12	1.1415	-0.5035	0.9227	1.5085	-1.1965	3.574	0.0775	0.1085	0.0112	-0.1339	-0.0962	-0.0324	0.2177	0.506	0.0188	0.0544	0.0574	0.0127	0.1715	-0.0009	0.0736	16.811	-5.2724	56.2095

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 79
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	80 - 158
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	159 - 215
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	216 - 392
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	3 - 31
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	32 - 100
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	101 - 216
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	217 - 392
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	3 - 98
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	99 - 140
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	141 - 215
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	216 - 392

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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