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- PDB-4lr3: Crystal structure of E. coli YfbU at 2.5 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lr3
タイトルCrystal structure of E. coli YfbU at 2.5 A resolution
要素protein YfbU
キーワードAPOPTOSIS / Helical Tetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


Helix hairpin bin / yfbu gene product, domain 2 / yfbu gene product, domain 2 / Uncharacterised protein family UPF0304, YfbU / YfbU, helix-hairpin domain superfamily / YfbU, alpha-helical bundle domain superfamily / YfbU domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / UPF0304 protein YfbU
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / SAD/SIR / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wang, J. / Wing, R.A.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Diamonds in the rough: a strong case for the inclusion of weak-intensity X-ray diffraction data.
著者: Wang, J. / Wing, R.A.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Single-atom approximation and refinement of heavy-atom cluster derivatives
著者: Wang, J. / Wing, R.A.
履歴
登録2013年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月14日Group: Database references
改定 1.22014年9月24日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein YfbU
B: protein YfbU
C: protein YfbU
D: protein YfbU
E: protein YfbU
F: protein YfbU
G: protein YfbU
H: protein YfbU
I: protein YfbU
J: protein YfbU
K: protein YfbU
L: protein YfbU
M: protein YfbU
N: protein YfbU
O: protein YfbU
P: protein YfbU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,92671
ポリマ－312,96316
非ポリマー2,96255
水24,0501335
1
A: protein YfbU
B: protein YfbU
C: protein YfbU
D: protein YfbU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,00518
ポリマ－78,2414
非ポリマー76414
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9860 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area33700 Å2
手法PISA
2
E: protein YfbU
F: protein YfbU
G: protein YfbU
H: protein YfbU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,91017
ポリマ－78,2414
非ポリマー66913
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9860 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area33700 Å2
手法PISA
3
I: protein YfbU
J: protein YfbU
K: protein YfbU
L: protein YfbU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,00518
ポリマ－78,2414
非ポリマー76414
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9960 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area33730 Å2
手法PISA
4
M: protein YfbU
N: protein YfbU
O: protein YfbU
P: protein YfbU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,00518
ポリマ－78,2414
非ポリマー76414
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9860 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area33830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)230.078, 230.078, 230.078
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number195
Space group name H-MP23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11N-323-

HOH

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要素

#1: タンパク質
protein YfbU


分子量: 19560.213 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2QPF5
#2: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物...
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.07 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.6 M ammonium phosphate monobasic, 100 mM MES, pH 5.5 or 100 mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A11.2146
シンクロトロンAPS 24-ID-C21.0086
シンクロトロンNSLS X29A30.979
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2013年3月28日
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2013年2月22日
ADSC QUANTUM 315r3CCD2013年3月28日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Cryo-Cooled double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.21461
21.00861
30.9791
反射解像度: 2.5→56 Å / Num. all: 139809 / Num. obs: 138551 / % possible obs: 99.1 %
反射 シェル最高解像度: 2.5 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SOLVE位相決定
MLPHARE位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: SAD/SIR / 解像度: 2.5→55.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 30.255 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24703 6945 5 %RANDOM
Rwork0.20789 ---
obs0.20986 131307 99.14 %-
all-139809 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.572 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→55.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21904 0 147 1335 23386
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01922661
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0220828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2981.94730791
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.125347403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.81852610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.06923.3231297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.296154003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.07115241
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.23121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0225820
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.025925
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3754.19310482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3754.19310481
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.846.28913075
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1674.84912179
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.673343489
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.9215480
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.641543743
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 498 -
Rwork0.397 9061 -
obs--93.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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