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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lqb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of uncharacterized protein Kfla3161 | ||||||
要素 | Uncharacterized protein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / MCSG / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PSI-BIOLOGY / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / UNKOWN FUNCTION | ||||||
機能・相同性 | Glyoxalase-like domain, group 6 / Glyoxalase-like domain / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta / クエン酸 / Glyoxalase_6 domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Kribbella flavida (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.72 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, C. / Chhor, G. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein Kfla3161 著者: Chang, C. / Chhor, G. / Endres, M. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4lqb.cif.gz | 114.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4lqb.ent.gz | 94.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4lqb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/4lqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/4lqb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14060.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kribbella flavida (バクテリア) / 株: DSM 17836 / 遺伝子: Kfla_3161 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: D2Q399 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CIT / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.14 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M di-Ammonium hydrogen citrate, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935, 0.97948 | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月8日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: SI(111) double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.72→50 Å / Num. all: 24505 / Num. obs: 24257 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 17.8 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.72→1.75 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.763 / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Num. unique all: 1200 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.72→37.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.309 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.104 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 97.7 Å2 / Biso mean: 21.1146 Å2 / Biso min: 11.36 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.72→37.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.721→1.765 Å / Total num. of bins used: 20
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