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- PDB-4lpb: Crystal structure of a topoisomerase ATPase inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lpb
タイトルCrystal structure of a topoisomerase ATPase inhibitor
要素Topoisomerase IV subunit B
キーワードISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / protein-inhibitor complex / ATP binding (アデノシン三リン酸) / structure-based drug design (医薬品設計) / antimicrobial / virtual screen (仮想デスクトップ) / ATP binding domain / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / chromosome segregation / 染色体 / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase 4 subunit B, Firmicutes/Mollicutes / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII ...DNA topoisomerase 4 subunit B, Firmicutes/Mollicutes / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Hsp90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1YP / DNA topoisomerase 4 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Boriack-Sjodin, A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Fragment-to-Hit-to-Lead Discovery of a Novel Pyridylurea Scaffold of ATP Competitive Dual Targeting Type II Topoisomerase Inhibiting Antibacterial Agents.
著者: Basarab, G.S. / Manchester, J.I. / Bist, S. / Boriack-Sjodin, P.A. / Dangel, B. / Illingworth, R. / Sherer, B.A. / Sriram, S. / Uria-Nickelsen, M. / Eakin, A.E.
履歴
登録2013年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Topoisomerase IV subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0782
ポリマ－24,6011
非ポリマー4771
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.411, 94.706, 61.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-495-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Topoisomerase IV subunit B /


分子量: 24600.723 Da / 分子数: 1 / 断片: ATPase domain, UNP residues 1-226 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: parE, spr0756 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DQB5, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物 ChemComp-1YP / 1-ethyl-3-{5'-(5-oxo-4,5-dihydro-1,3,4-oxadiazol-2-yl)-4-[4-(trifluoromethyl)-1,3-thiazol-2-yl]-3,3'-bipyridin-6-yl}urea / 5-(5-オキソ-4,5-ジヒドロ-1,3,4-オキサジアゾ-ル-2-イル)-4′-[4-(トリフルオロメチル)チアゾ(以下略)


分子量: 477.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H14F3N7O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 18-25% Peg4000, 0.2M Ammonium Acetate, 0.1M MIB pH 7, hanging drop, inhibitor soak, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月12日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: Diamond(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.608→22.092 Å / Num. all: 21859 / Num. obs: 21859 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.75-1.847.20.5771.22256731520.577100
1.84-1.967.20.3442.12126429580.344100
1.96-2.097.20.2063.42035628280.206100
2.09-2.267.20.1494.81892426280.149100
2.26-2.477.20.1146.21737224100.114100
2.47-2.777.20.0916.81588222040.091100
2.77-3.27.20.0758.71409819620.075100
3.2-3.917.10.0639.81181716580.063100
3.91-5.536.90.05710.6915013210.057100
5.53-22.0926.30.05211.846797380.05296.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.21データスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→22.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.135 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2236 1117 5.1 %RANDOM
Rwork0.1936 ---
obs0.1951 21842 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.78 Å2 / Biso mean: 22.675 Å2 / Biso min: 15.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3---0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→22.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1485 0 33 120 1638
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0211599
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021031
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0791.9692175
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77132526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6565201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.43424.11868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.32715270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.423159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021838
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02314
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.21067
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.2819
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.2801
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0870.295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1350.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1040.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0940.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4461.51019
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0691.5408
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.68421592
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1133659
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.74.5583
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 79 -
Rwork0.218 1501 -
all-1580 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.443 Å / Origin y: 32.137 Å / Origin z: 0.526 Å
111213212223313233
T-0.0688 Å2-0.0074 Å20.0089 Å2--0.0368 Å20.0048 Å2---0.0378 Å2
L0.654 °2-0.2622 °20.0174 °2-1.4715 °2-0.2305 °2--1.187 °2
S-0.0258 Å °0.0131 Å °-0.0373 Å °-0.0102 Å °-0.0252 Å °-0.0775 Å °0.0786 Å °0.0443 Å °0.051 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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