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万見
- PDB-4low: Structure and identification of a pterin dehydratase-like protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4low
タイトルStructure and identification of a pterin dehydratase-like protein as a RuBisCO assembly factor in the alpha-carboxysome
要素acRAF
キーワードUNKNOWN FUNCTION / PCD / pterin-4a-carbinolamine dehydratase-like
機能・相同性
機能・相同性情報


4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase / 4-alpha-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Transcriptional coactivator/pterin dehydratase / Pterin 4 alpha carbinolamine dehydratase / Pterin 4 alpha carbinolamine dehydratase superfamily / Pterin 4 alpha carbinolamine dehydratase / Gyrase A; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / NICKEL (II) ION / 4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Thiomonas intermedia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Wheatley, N.M. / Gidaniyan, S.D. / Cascio, D. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure and Identification of a Pterin Dehydratase-like Protein as a Ribulose-bisphosphate Carboxylase/Oxygenase (RuBisCO) Assembly Factor in the alpha-Carboxysome.
著者: Wheatley, N.M. / Sundberg, C.D. / Gidaniyan, S.D. / Cascio, D. / Yeates, T.O.
履歴
登録2013年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月19日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22014年4月2日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: acRAF
B: acRAF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,83510
ポリマ－19,4412
非ポリマー3948
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area9190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.110, 51.110, 60.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 acRAF


分子量: 9720.723 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 7-88 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thiomonas intermedia (バクテリア)
株: K12 / 遺伝子: Tint_0125 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D5X340
#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 17.5% PEG3350, 800 mM ammonium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月27日
放射モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→51.11 Å / Num. obs: 36178 / % possible obs: 96.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.3→51.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9578 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.059 / SU Rfree Blow DPI: 0.054 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.054
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2036 1809 5 %RANDOM
Rwork0.2025 ---
obs0.2025 36178 93.92 %-
原子変位パラメータBiso max: 174 Å2 / Biso mean: 32.3605 Å2 / Biso min: 13.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.942 Å20 Å20 Å2
2---0.942 Å20 Å2
3---1.884 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.182 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→51.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1268 0 20 117 1405
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d451SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes31HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes217HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1365HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion170SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1676SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1365HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1842HARMONIC21.03
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.19
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.07
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.34 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2412 125 4.98 %
Rwork0.2115 2383 -
all0.2129 2508 -
obs--93.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3304-0.2072-0.2360.7694-0.46941.4455-0.0748-0.0277-0.04430.01490.01710.08150.0532-0.16940.0577-0.0537-0.01870.0093-0.0364-0.01050.020910.376618.380569.9063
21.00750.06550.39231.2857-1.45743.88370.02890.1193-0.1298-0.26490.0770.04490.6907-0.2704-0.1059-0.0141-0.0339-0.0259-0.0648-0.021-0.038628.3979.29462.305
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A3 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B4 - 87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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