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- PDB-4lou: Structure of the E148Q mutant of CLC-ec1 deltaNC construct in the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lou
タイトルStructure of the E148Q mutant of CLC-ec1 deltaNC construct in the absence of halide
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
  • H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
キーワードmembrane protein / tranport protein / Cl-/H+ antiporter
機能・相同性
機能・相同性情報


chloride:proton antiporter activity / cellular stress response to acidic pH / voltage-gated chloride channel activity / chloride transmembrane transport / proton transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle ...Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.981 Å
データ登録者Lim, H.-H. / Miller, C.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: A fluoride interloper in a CLC-type Cl /H+ antiporter
著者: Lim, H.-H. / Stockbridge, R.B. / Miller, C.
履歴
登録2013年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
B: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
C: Fab heavy chain
D: Fab light chain
E: Fab heavy chain
F: Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,0586
ポリマ－189,0586
非ポリマー00
水00
1
A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
B: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2352
ポリマ－95,2352
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7080 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area31140 Å2
手法PISA
2
C: Fab heavy chain
D: Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9112
ポリマ－46,9112
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19960 Å2
手法PISA
3
E: Fab heavy chain
F: Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9112
ポリマ－46,9112
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)231.617, 100.316, 170.955
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 131.71, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a dimer.

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要素

#1: タンパク質 H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA / ClC-ec1


分子量: 47617.418 Da / 分子数: 2 / 断片: CLC-ec1 deltaNC / 変異: E148Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0155, clcA, eriC, JW5012, yadQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37019
#2: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 23823.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Fab light chain


分子量: 23088.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.63 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 23% PEG 400, 20mM Na/K tartrate, 50mM Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月10日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→40 Å / Num. obs: 55897 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 26.1
反射 シェル解像度: 2.98→3.05 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.744 / Mean I/σ(I) obs: 1.426 / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4ENE

4ene


解像度: 2.981→39.724 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.19 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2528 2976 5.06 %random
Rwork0.21 ---
obs0.2122 55897 98.28 %-
all-58842 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.981→39.724 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13243 0 0 0 13243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113571
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26818462
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5794778
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0812123
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062318
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9815-3.03030.3527980.31741865X-RAY DIFFRACTION70
3.0303-3.08260.38031470.29142580X-RAY DIFFRACTION96
3.0826-3.13860.3691330.29222684X-RAY DIFFRACTION99
3.1386-3.19890.36591460.26632663X-RAY DIFFRACTION100
3.1989-3.26420.37681400.25832701X-RAY DIFFRACTION100
3.2642-3.33510.36851350.24022741X-RAY DIFFRACTION100
3.3351-3.41270.27091380.23352682X-RAY DIFFRACTION100
3.4127-3.4980.29621300.23382682X-RAY DIFFRACTION100
3.498-3.59250.31191630.21862688X-RAY DIFFRACTION100
3.5925-3.69810.30511180.22462736X-RAY DIFFRACTION100
3.6981-3.81740.26031600.21542685X-RAY DIFFRACTION100
3.8174-3.95370.25921180.21272699X-RAY DIFFRACTION100
3.9537-4.11190.26321420.20982698X-RAY DIFFRACTION100
4.1119-4.29880.2551280.19042726X-RAY DIFFRACTION100
4.2988-4.52510.22681530.17792690X-RAY DIFFRACTION100
4.5251-4.80820.23751740.1752673X-RAY DIFFRACTION100
4.8082-5.17870.21071500.17512696X-RAY DIFFRACTION100
5.1787-5.69850.23311550.17692734X-RAY DIFFRACTION100
5.6985-6.520.241500.19622724X-RAY DIFFRACTION100
6.52-8.20260.2051340.18982749X-RAY DIFFRACTION100
8.2026-39.72740.21621640.23492770X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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