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- PDB-4lkd: Crystal Structure of Pseudomonas aeruginosa Lectin LecA Complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lkd
タイトルCrystal Structure of Pseudomonas aeruginosa Lectin LecA Complexed with GalA-QRS at 2.31 A Resolution
要素
  • PA-I galactophilic lectin
  • peptide QRSA
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN/INHIBITOR / Lectin Fold / Sugar Binding Protein / Galactose / SUGAR BINDING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


heterophilic cell-cell adhesion / carbohydrate binding / periplasmic space / cell surface / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PA-IL-like / PA-IL-like protein / Galactose-binding lectin / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-galactopyranose / P-HYDROXYBENZOIC ACID / PA-I galactophilic lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.307 Å
データ登録者Kadam, R.U. / Stocker, A. / Reymond, J.-L.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2013
タイトル: Structure-Based Optimization of the Terminal Tripeptide in Glycopeptide Dendrimer Inhibitors of Pseudomonas aeruginosa Biofilms Targeting LecA.
著者: Kadam, R.U. / Bergmann, M. / Garg, D. / Gabrieli, G. / Stocker, A. / Darbre, T. / Reymond, J.-L.
履歴
登録2013年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PA-I galactophilic lectin
B: PA-I galactophilic lectin
C: PA-I galactophilic lectin
D: PA-I galactophilic lectin
E: PA-I galactophilic lectin
F: PA-I galactophilic lectin
G: PA-I galactophilic lectin
H: PA-I galactophilic lectin
I: peptide QRSA
J: peptide QRSA
K: peptide QRSA
L: peptide QRSA
M: peptide QRSA
N: peptide QRSA
O: peptide QRSA
P: peptide QRSA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,72040
ポリマ－105,85316
非ポリマー2,86724
水20,4651136
1
A: PA-I galactophilic lectin
C: PA-I galactophilic lectin
D: PA-I galactophilic lectin
E: PA-I galactophilic lectin
I: peptide QRSA
K: peptide QRSA
L: peptide QRSA
M: peptide QRSA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,36020
ポリマ－52,9278
非ポリマー1,43312
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PA-I galactophilic lectin
F: PA-I galactophilic lectin
G: PA-I galactophilic lectin
H: PA-I galactophilic lectin
J: peptide QRSA
N: peptide QRSA
O: peptide QRSA
P: peptide QRSA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,36020
ポリマ－52,9278
非ポリマー1,43312
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)159.216, 149.239, 87.018
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-370-

HOH

21C-408-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 24分子 ABCDEFGHIJKLMNOP

#1: タンパク質
PA-I galactophilic lectin


分子量: 12770.137 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: lecA, pa1L, PA2570 / プラスミド: PET25PAIL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q05097
#2: タンパク質・ペプチド
peptide QRSA


分子量: 461.493 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized.
#3: 糖
ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 1152分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-PHB / P-HYDROXYBENZOIC ACID


分子量: 138.121 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.03 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.5M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M Tris pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月14日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.307→48.461 Å / Num. all: 81750 / Num. obs: 81750 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 33.6 Å2 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.31→2.45 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.789 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 81750 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SLSPSI- X06DAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.307→48.46 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.24 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2474 7657 5 %RANDOM
Rwork0.2146 ---
all0.2162 81750 --
obs0.2162 81750 92.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.532 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.2943 Å2-0 Å2-4.0964 Å2
2---9.7047 Å2-0 Å2
3---2.4104 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.307→48.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7377 0 168 1136 8681
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027729
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67210560
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.1122788
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0341147
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0181395
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3071-2.38950.34067190.29831372788
2.3895-2.48520.30297730.27391471594
2.4852-2.59830.29597760.26281460594
2.5983-2.73530.27737750.24521466794
2.7353-2.90660.27837760.2371458594
2.9066-3.1310.24097700.21331470194
3.131-3.4460.23137760.19931461494
3.446-3.94450.22447450.18351462193
3.9445-4.96880.19257760.16881459493
4.9688-48.47140.25227710.21881453393

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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