PDB-4ljr: Structural insights into the unique single-stranded DNA binding m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ljr

タイトル

Structural insights into the unique single-stranded DNA binding mode of DNA processing protein A from Helicobacter pylori

要素

DNA processing chain A
single-stranded DNA

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA processing A domain / Rossmann fold / ssDNA binding / complex / natural recombination mediating protein / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-mediated transformation
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Wang, W.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the unique single-stranded DNA-binding mode of Helicobacter pylori DprA.
著者: Wang, W. / Ding, J. / Zhang, Y. / Hu, Y. / Wang, D.C.

履歴

登録	2013年7月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.2	2014年4月2日	Group: Database references
改定 1.3	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ljr.cif.gz	195.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ljr.ent.gz	154.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ljr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ljr_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ljr_full_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示
XML形式データ	4ljr_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	4ljr_validation.cif.gz	31.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/4ljr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/4ljr	HTTPS FTP

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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA processing chain A

B: DNA processing chain A

C: single-stranded DNA

D: single-stranded DNA

70.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.400, 40.510, 154.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.18, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	DNA processing chain A 分子量: 24692.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: HP0333, HP_0333 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O25100
#2: DNA鎖	single-stranded DNA 分子量: 10601.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 15% PEG3350, 100 mM NaAc, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→40.51 Å / Num. all: 43477 / Num. obs: 36291 / % possible obs: 83.6 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4LJL

4ljl

解像度: 1.8→33.155 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2371	1759	5.03 %	Random
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.1962	34988	80.5 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.5 Å² / k_sol: 0.348 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.7783 Å²	-0 Å²	1.3559 Å²
2-	-	7.0078 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.2295 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.155 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3318	142	0	385	3845

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3530
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.87	4804
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.933	1360
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	564
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	593

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8487	0.3342	111	0.2683	2275	X-RAY DIFFRACTION	71
1.8487-1.9031	0.2936	108	0.2564	2098	X-RAY DIFFRACTION	67
1.9031-1.9645	0.4481	111	0.3552	2000	X-RAY DIFFRACTION	64
1.9645-2.0347	0.2753	122	0.2092	2397	X-RAY DIFFRACTION	76
2.0347-2.1162	0.244	132	0.1992	2423	X-RAY DIFFRACTION	77
2.1162-2.2125	0.2382	118	0.1938	2469	X-RAY DIFFRACTION	78
2.2125-2.3291	0.3759	103	0.2712	2044	X-RAY DIFFRACTION	65
2.3291-2.475	0.214	120	0.1896	2647	X-RAY DIFFRACTION	83
2.475-2.666	0.2463	172	0.2006	2831	X-RAY DIFFRACTION	89
2.666-2.9341	0.2589	159	0.1971	2931	X-RAY DIFFRACTION	93
2.9341-3.3583	0.2389	172	0.1857	3049	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3583-4.2298	0.1816	175	0.1576	3051	X-RAY DIFFRACTION	95
4.2298-33.1604	0.1985	156	0.1711	3014	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4476	0.256	0.0526	0.427	-0.1123	0.3704	0.0444	-0.0082	-0.1419	-0.0068	-0.1342	-0.1252	0.0965	-0.1158	0.0011	0.1151	0.0099	-0.0037	0.1092	-0.036	0.167	18.7643	-8.0199	2.4677
2	0.1479	-0.0931	-0.3887	0.2112	0.1736	1.1938	0.0043	0.1941	-0.0812	-0.0862	-0.1223	-0.0131	0.1404	-0.4792	0.0063	0.1211	-0.0099	0.0088	0.0936	-0.0324	0.1926	7.3728	-5.8618	6.2797
3	0.7097	0.0299	0.2955	0.3773	0.2786	0.3264	-0.0893	-0.6978	-0.0024	0.2098	-0.0133	0.1053	0.116	0.1369	-0.0048	0.2094	-0.0146	-0.0344	0.398	0.0103	0.1409	16.3744	-4.663	27.4294
4	0.2958	0.0549	0.0752	0.1317	0.0095	0.2141	-0.0189	-0.2066	0.0619	-0.0378	-0.0736	-0.0457	0.0647	0.0468	-0.0263	0.0906	0.0011	-0.0167	0.1041	-0.0141	0.1115	19.3208	-4.8264	16.0887
5	0.7367	-0.2925	-0.3939	0.4393	-0.3388	1.0068	-0.1609	-0.2248	-0.3476	-0.1202	-0.0188	-0.198	0.359	0.4254	0.0759	0.1213	0.0186	-0.0204	0.2102	0.0331	0.2172	26.7858	-7.8129	14.1504
6	0.087	-0.1424	0.0077	0.2815	0.0112	0.0921	-0.0658	0.194	-0.022	-0.2177	-0.0668	-0.1236	0.0659	0.238	-0.0342	0.1036	0.0526	-0.0047	-0.3573	0.0312	0.224	18.5746	0.363	3.6128
7	0.2114	-0.0234	0.3153	0.4545	0.1567	0.636	-0.0005	-0.4587	0.1757	-0.0299	-0.116	0.0018	-0.0474	-0.4865	0.0455	0.1294	0.0481	-0.0246	0.1022	-0.1042	0.2003	11.4373	4.4069	18.0184
8	0.3545	0.1959	0.2314	0.4141	-0.0019	0.2988	0.0636	-0.3261	0.2029	-0.1299	-0.0738	0.1977	-0.0571	0.1189	0.0146	0.1985	0.0296	-0.0478	0.2954	-0.1154	0.2042	4.6217	4.7229	22.3252
9	0.1221	-0.0221	-0.004	0.0346	0.0063	0.0301	-0.0056	0.035	0.1004	-0.0688	-0.0113	0.0177	-0.1571	-0.0332	0.0567	0.2877	0.1202	0.0187	0.605	-0.5059	-0.1622	11.5667	9.8239	34.7415
10	0.6456	0.3225	0.3893	0.9255	0.2596	0.4967	0.0115	-0.8087	-0.1287	0.4731	-0.1987	0.1387	0.2051	-0.333	0.003	0.2051	-0.0426	0.1071	0.5807	0.0844	0.1792	4.5931	-5.695	32.798
11	0.7953	-0.1343	-0.0152	0.3993	-0.0197	0.4034	0.0297	-0.0926	0.1125	0.2209	-0.091	0.1439	-0.062	-0.0539	0.0288	0.2242	-0.0048	0.0305	0.1443	-0.0467	0.1858	5.3099	17.7433	77.1581
12	0.1951	0.0998	-0.232	1.0093	-0.0853	0.723	0.0989	0.1772	0.0155	0.1206	-0.1505	0.4703	-0.0681	-0.4823	0.0604	0.1324	0.015	0.0379	0.2669	-0.0611	0.2947	-3.7325	15.7987	69.4853
13	0.4095	0.2265	0.1359	0.3207	0.2321	0.1732	-0.1167	0.4963	0.072	-0.1565	0.1528	-0.089	-0.2028	0.126	-0.0379	0.2196	0.0571	0.0294	0.2863	-0.0229	0.1026	11.9252	15.589	52.8251
14	0.6048	-0.2974	-0.135	0.7493	0.3205	0.7702	-0.0095	0.065	-0.0873	0.0422	-0.0431	0.0604	0.0095	0.0018	0.0156	0.1634	0.0019	0.0249	0.1416	-0.0255	0.1552	9.3669	13.0311	67.4689
15	0.5237	-0.0788	0.2538	0.3699	-0.3235	0.3705	-0.2338	0.3464	-0.2324	0.0818	-0.2273	0.2848	0.1395	-0.4121	0.0768	0.2788	-0.0383	0.0622	0.4085	-0.1544	0.2926	1.9312	5.9726	53.5137
16	0.3812	-0.2537	0.0052	0.6069	-0.1021	0.0289	0.0626	-0.0563	-0.1421	0.1714	-0.0175	0.2155	0.2963	0.1258	0.0654	0.3428	0.0277	0.03	0.6506	-0.2268	0.2108	10.1213	1.1329	44.1097
17	0.402	-0.0528	-0.0304	0.262	-0.0206	0.0128	-0.0191	0.6027	0.0824	-0.3062	-0.153	0.0963	-0.1916	-0.1545	0.0413	0.4869	0.0979	-0.1306	0.6861	-0.0422	0.161	2.4817	16.7135	43.7065
18	0.0709	-0.159	-0.1285	0.5468	-0.0943	0.8408	0.0285	0.307	-0.29	-0.1424	-0.3033	0.1548	0.1992	0.1124	0.1142	0.4442	0.0785	0.0012	0.3396	-0.0165	0.2877	16.2698	-2.6786	65.9996
19	0.1714	0.0638	-0.1997	0.2988	0.2828	0.7235	-0.0126	-0.0108	0.0605	-0.0343	-0.0241	-0.0272	-0.0556	0.001	0.0135	1.4381	-0.2622	-0.0064	1.0847	-0.2711	0.8295	21.6497	10.383	13.4934

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 5:18)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 19:41)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 42:71)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 72:109)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 110:122)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 123:136)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 137:163)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 164:182)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 183:197)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 198:217)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 5:18)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 19:41)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 42:71)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 72:150)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 151:182)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 183:197)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 198:217)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C'
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D'

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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