PDB-4lin: Exploring the atomic structure and conformational flexibility of ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lin

タイトル

Exploring the atomic structure and conformational flexibility of a 320 angstrom long engineered viral fiber using X-ray crystallography

要素

Tail needle protein gp26

キーワード

VIRAL PROTEIN / helical / trimeric coiled-coil / viral fiber / in-frame extension / elongated coiled coil protein / protein engineering / bacteriophage P22 / tail needle gp26 / α / -helical coiled coil / engineered protein fiber / engineered viral protein

機能・相同性

symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / virus tail / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / Tail needle protein gp26

機能・相同性情報

生物種

Bacteriophage P22 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Bhardwaj, A. / Cingolani, G.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Exploring the atomic structure and conformational flexibility of a 320 angstrom long engineered viral fiber using X-ray crystallography.
著者: Bhardwaj, A. / Casjens, S.R. / Cingolani, G.

履歴

登録	2013年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月12日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lin.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lin.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lin.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4lin_validation.pdf.gz	554.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lin_full_validation.pdf.gz	684.1 KB	表示
XML形式データ	4lin_validation.xml.gz	137.6 KB	表示
CIF形式データ	4lin_validation.cif.gz	186.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/4lin ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/4lin	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3c9i
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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tail needle protein gp26

B: Tail needle protein gp26

C: Tail needle protein gp26

D: Tail needle protein gp26

E: Tail needle protein gp26

F: Tail needle protein gp26

G: Tail needle protein gp26

H: Tail needle protein gp26

I: Tail needle protein gp26

J: Tail needle protein gp26

K: Tail needle protein gp26

L: Tail needle protein gp26

ヘテロ分子

381 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Tail needle protein gp26

B: Tail needle protein gp26

C: Tail needle protein gp26

ヘテロ分子

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95.3 kDa, 3 ポリマー
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2

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4

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ヘテロ分子

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95.3 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	38.689, 147.929, 151.011
Angle α, β, γ (deg.)	87.94, 90.05, 89.95
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Tail needle protein gp26 分子量: 31744.014 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: gp26-2M, engineered in-frame extension of gp26 / 由来: (組換発現) Bacteriophage P22 (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35837*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 764 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.75 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 20% (w/v) Polyethylene glycol 8000, 0.1M dibasic potassium phosphate, 0.1M sodium citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	CHESS	F1	1	0.92
シンクロトロン	NSLS	X6A	2	0.92

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 270	1	CCD	2008年12月3日
DSC Quantum 270	2	CCD

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Rh coated Si	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2				x-ray	1

放射波長

波長: 0.92 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ: merohedral / Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.48

反射

解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 84119 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→14.99 Å / σ(F): 0.6 / 位相誤差: 34.66 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: TWINNING INFORMATION. FRACTION: 0.480 OPERATOR: h,-k,-l

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2682	2136	2.55 %
R_work	0.2288	-	-
obs	0.2318	83626	91.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→14.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25776	0	12	764	26552

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	25992
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.991	35400
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.041	9324
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	4428
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	4668

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7042-2.7711	0.4205	115	0.3307	4828	X-RAY DIFFRACTION	73
2.7711-2.8452	0.3096	132	0.2983	5276	X-RAY DIFFRACTION	83
2.8452-2.928	0.327	132	0.2857	5765	X-RAY DIFFRACTION	88
2.928-3.0212	0.3403	157	0.2775	5909	X-RAY DIFFRACTION	91
3.0212-3.1276	0.3104	151	0.271	6000	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1276-3.2508	0.3129	144	0.2748	6153	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2508-3.3961	0.2908	157	0.2539	6066	X-RAY DIFFRACTION	94
3.3961-3.5713	0.3177	145	0.2426	6012	X-RAY DIFFRACTION	93
3.5713-3.7894	0.3125	131	0.2612	5255	X-RAY DIFFRACTION	81
3.7894-4.0729	0.2338	142	0.2063	5938	X-RAY DIFFRACTION	92
4.0729-4.4664	0.1942	148	0.1822	6084	X-RAY DIFFRACTION	94
4.4664-5.0758	0.2232	138	0.1778	6065	X-RAY DIFFRACTION	94
5.0758-6.2633	0.2481	151	0.2312	6075	X-RAY DIFFRACTION	94
6.2633-12.6584	0.233	159	0.1986	5799	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3458	1.0402	-0.4894	3.3575	-2.0735	1.376	-0.2057	0.1199	0.0952	1.0456	0.7491	0.4283	-0.6073	-0.8547	-0.503	0.6301	0.1829	0.1719	0.568	-0.0227	0.4835	-4.7804	225.1011	-133.8769
2	4.0865	-0.6412	1.6693	3.7976	-1.2373	3.8505	-0.4336	0.4171	0.1227	0.0605	0.2116	-0.2186	0.5926	0.8709	0.1952	0.6477	0.0868	0.1369	0.4618	0.0238	0.251	4.3526	168.1591	-104.0026
3	1.5007	-1.9201	0.1546	3.6574	-2.4498	4.7741	0.5885	0.3441	-0.4484	-0.1434	0.6461	0.864	0.1781	-0.2967	-0.8088	0.6348	0.0817	-0.0824	0.3553	0.0957	0.5269	-2.7066	129.968	-86.0728
4	1.3922	0.1631	0.628	3.2165	-0.419	1.9795	0.2069	-0.1806	0.4294	0.2956	-0.1477	0.1938	-0.1162	-0.3067	-0.0888	0.6856	0.0798	0.272	0.3135	-0.0499	0.4531	-1.587	92.9228	-56.1027
5	2.5617	-0.8282	1.6593	5.0185	-1.6053	1.3232	0.0262	0.0957	0.1428	-0.6759	0.7766	-0.076	-0.2196	0.6377	-0.2202	0.7249	0.0284	0.3347	0.2907	0.2091	0.4441	5.5448	55.8906	-42.9095
6	1.9019	0.4236	-0.3278	2.8191	-1.3888	2.6919	0.0256	0.1362	0.2267	-0.431	0.0983	-0.1618	-0.0451	-0.0049	-0.088	0.309	0.041	0.0422	0.267	0.0292	0.2037	2.4389	12.937	-24.9135
7	3.4251	-3.4858	0.7128	9.5777	-4.1512	2.848	-0.3102	-0.1218	0.6784	0.3107	0.186	-0.953	0.0059	-0.3694	0.1395	0.3327	0.0836	0.0107	0.3538	-0.0258	0.2602	7.1101	0.2848	-15.6619
8	0.5598	0.8336	-0.4374	4.5645	-3.1528	2.0631	-0.2805	0.24	0.0803	0.436	0.6748	0.2782	-0.2306	-0.5268	-0.3983	0.6069	0.1053	0.0302	0.4336	0.0111	0.3364	-2.7117	214.746	-134.8312
9	-0.0031	0.1918	-0.3538	8.0211	-3.2758	1.5163	-0.0774	-0.1251	-0.0083	-0.4861	-0.062	-0.1613	0.2559	0.0816	0.1412	0.4809	0.0388	0.0549	0.3261	0.079	0.5177	0.0223	104.6169	-67.6371
10	1.1109	0.8984	-0.334	4.2189	-2.3578	3.1971	-0.0101	0.1372	0.2758	0.1473	0.1287	0.1564	-0.0338	-0.2152	-0.0416	0.2147	-0.0099	-0.0128	0.2376	0.0109	0.3687	-0.1708	8.533	-19.3302
11	0.9854	-0.346	-0.4718	2.387	-2.0101	2.2891	0.052	-0.2021	0.1289	-0.15	-0.5092	-1.6114	-0.1612	0.3189	0.267	0.4575	0.0908	0.0306	0.4951	0.0764	0.7131	2.9871	235.4608	-139.7995
12	-0.1793	-0.489	0.0045	7.2286	-4.3725	2.8259	0.033	0.0754	-0.0725	0.5717	-0.0696	0.1482	-0.3621	0.0813	0.109	0.4408	-0.0836	0.078	0.427	0.1781	0.8914	0.0304	130.9992	-84.1074
13	0.9637	-0.3405	0.3907	5.9683	-1.5102	0.5041	0.0289	0.114	0.2774	0.1087	0.1193	0.1274	-0.1435	-0.1206	-0.1812	0.3725	0.0423	0.0729	0.2269	-0.0395	0.3426	-0.1876	8.7292	-24.3472
14	0.0563	0.015	-0.035	-0.0183	-0.0296	0.0445	0.0333	-0.0317	0.1901	-0.688	0.6485	1.0975	0.5101	-0.3929	-0.6628	1.0693	-0.1521	0.0647	0.3721	0.2099	0.99	16.0615	-47.4751	-49.0122
15	1.3936	2.3944	-0.879	7.0582	-1.5169	1.2681	-0.1325	-0.1312	-0.0749	-1.0381	0.6287	0.5391	0.6772	-0.129	-0.3289	0.7018	0.0082	-0.1119	0.3236	0.1671	0.658	22.4777	66.2743	-115.2102
16	1.8002	0.9682	-0.1699	3.8494	-1.8967	2.1335	-0.0627	0.0363	-0.1749	0.2238	0.2192	-0.1112	-0.0341	-0.0662	-0.0298	0.4507	0.0485	0.1272	0.2871	-0.0704	0.2293	21.8674	119.3167	-134.8325
17	1.8797	0.5908	-0.253	7.1611	-2.451	1.6752	-0.019	-0.0826	0.0991	0.1699	0.3098	-0.7565	-0.0224	-0.1295	-0.2131	0.2142	-0.0044	-0.0173	0.2469	-0.0033	0.2019	25.8972	142.3271	-146.2113
18	7.3787	0.5717	3.0983	6.1479	3.6633	3.215	0.5708	-0.8304	-0.6697	0.8495	0.3322	0.5345	-0.1012	-0.802	-0.9638	0.5716	0.0872	0.0603	0.6486	-0.0036	0.4322	7.8153	-79.6358	-23.2799
19	2.157	-0.6059	2.757	0.7347	-1.2839	5.5599	0.1035	0.0732	0.4079	0.1115	0.7022	0.0891	-0.2239	-0.2698	-0.7769	0.972	-0.3523	-0.0263	0.5784	0.1615	0.874	20.2015	-103.2143	-3.9697
20	0.6773	-0.7169	0.8771	6.7771	-3.8544	2.3968	-0.5119	-0.0896	0.2623	0.486	0.494	-0.1232	-0.0228	-0.6749	0.0021	0.74	0.0313	0.1412	0.4012	0.0459	0.3778	16.4051	-68.7433	-34.3615
21	0.949	-0.5868	0.3269	5.192	-2.268	1.5024	-0.0445	0.0467	0.3225	-0.3617	0.5833	-0.2529	0.2265	-0.6063	-0.4633	0.621	-0.0377	0.1755	0.402	0.1352	0.7918	21.6917	9.5798	-80.4967
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8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1001 through 1096 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1097 through 1195 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1196 through 1289 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 1001 through 1062 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 1063 through 1189 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 1190 through 1289 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 1001 through 1154 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 1155 through 1191 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 1192 through 1250 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 1251 through 1289 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 1001 through 1010 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 1011 through 1028 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 1029 through 1098 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 1099 through 1155 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 1156 through 1219 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 1220 through 1235 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 1236 through 1262 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 1263 through 1289 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 1001 through 1035 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 1036 through 1044 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 1045 through 1195 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 1196 through 1289 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'G' and (resid 1001 through 1028 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 1029 through 1041 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 1042 through 1087 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 1088 through 1177 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 1178 through 1212 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 1213 through 1240 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 1241 through 1258 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 1259 through 1289 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 1001 through 1028 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 1029 through 1045 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 1046 through 1069 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 1070 through 1119 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 1120 through 1151 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 1152 through 1172 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 1173 through 1194 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 1195 through 1225 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'H' and (resid 1226 through 1257 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'H' and (resid 1258 through 1289 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'I' and (resid 1001 through 1041 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'I' and (resid 1042 through 1169 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'I' and (resid 1170 through 1225 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'I' and (resid 1226 through 1235 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'I' and (resid 1236 through 1260 )
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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