PDB-4ld7: Crystal structure of AnaPT from Neosartorya fischeri

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ld7

タイトル

Crystal structure of AnaPT from Neosartorya fischeri

要素

Dimethylallyl tryptophan synthase

キーワード

TRANSFERASE / ABBA-prenyltransferase / prenyltransferase

機能・相同性

Aromatic prenyltransferase DMATS-type, fungi / Aromatic prenyltransferase, DMATS-type / Tryptophan dimethylallyltransferase / Aromatic prenyltransferase / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / alkaloid metabolic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / Indole diterpene prenyltransferase anaPT

機能・相同性情報

生物種

Neosartorya fischeri (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.83 Å

データ登録者

Zocher, G. / Stehle, T.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Catalytic Mechanism of Stereospecific Formation of cis-Configured Prenylated Pyrroloindoline Diketopiperazines by Indole Prenyltransferases.
著者: Yu, X. / Zocher, G. / Xie, X. / Liebhold, M. / Schutz, S. / Stehle, T. / Li, S.M.

履歴

登録	2013年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月15日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ld7.cif.gz	2.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ld7.ent.gz	2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ld7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ld7_validation.pdf.gz	589.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ld7_full_validation.pdf.gz	632.6 KB	表示
XML形式データ	4ld7_validation.xml.gz	195.7 KB	表示
CIF形式データ	4ld7_validation.cif.gz	261.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/4ld7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/4ld7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6vya-5 6vya-1 6vya-6 6vya-4 6vya-3 6vy9-1 6vya-2 6vy9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dimethylallyl tryptophan synthase

B: Dimethylallyl tryptophan synthase

C: Dimethylallyl tryptophan synthase

D: Dimethylallyl tryptophan synthase

E: Dimethylallyl tryptophan synthase

F: Dimethylallyl tryptophan synthase

G: Dimethylallyl tryptophan synthase

H: Dimethylallyl tryptophan synthase

I: Dimethylallyl tryptophan synthase

J: Dimethylallyl tryptophan synthase

K: Dimethylallyl tryptophan synthase

L: Dimethylallyl tryptophan synthase

M: Dimethylallyl tryptophan synthase

N: Dimethylallyl tryptophan synthase

O: Dimethylallyl tryptophan synthase

P: Dimethylallyl tryptophan synthase

ヘテロ分子

802 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Dimethylallyl tryptophan synthase

B: Dimethylallyl tryptophan synthase

C: Dimethylallyl tryptophan synthase

D: Dimethylallyl tryptophan synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
201 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Dimethylallyl tryptophan synthase

F: Dimethylallyl tryptophan synthase

G: Dimethylallyl tryptophan synthase

H: Dimethylallyl tryptophan synthase

ヘテロ分子

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201 kDa, 4 ポリマー
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3

I: Dimethylallyl tryptophan synthase

J: Dimethylallyl tryptophan synthase

K: Dimethylallyl tryptophan synthase

L: Dimethylallyl tryptophan synthase

ヘテロ分子

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201 kDa, 4 ポリマー
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4

M: Dimethylallyl tryptophan synthase

N: Dimethylallyl tryptophan synthase

O: Dimethylallyl tryptophan synthase

P: Dimethylallyl tryptophan synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
201 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	97.550, 242.590, 145.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.99, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 30 - 437 / Label seq-ID: 30 - 437

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.934208, 0.306836, -0.181952), (0.304819, -0.951584, -0.039662), (-0.185312, -0.01841, -0.982507)	19.7518, 40.01717, 277.72906
3	given	(-0.944693, -0.325869, 0.03694), (-0.32638, 0.923143, -0.203182), (0.03211, -0.204001, -0.978444)	-98.84131, 13.66958, 289.55301
4	given	(-0.990098, 0.007384, 0.140187), (0.024278, -0.974561, 0.222805), (0.138266, 0.224003, 0.964731)	-119.07968, -11.15963, 9.58657
5	given	(0.989475, -0.005949, 0.144579), (-0.027482, 0.973244, 0.228126), (-0.142068, -0.229699, 0.962837)	11.40852, -86.08651, -67.39699
6	given	(0.94365, 0.329667, 0.029052), (0.328431, -0.922068, -0.204756), (-0.040713, 0.202759, -0.978382)	16.71762, 126.56453, 343.96918
7	given	(-0.934063, -0.311764, -0.174153), (-0.309285, 0.950046, -0.041906), (0.178519, 0.01472, -0.983826)	-84.80222, -53.34522, 374.2482
8	given	(-0.999865, 0.01617, 0.003081), (-0.016167, -0.999869, 0.00108), (0.003098, 0.00103, 0.999995)	-144.27902, 53.44622, -72.4449
9	given	(0.972967, -0.2206, -0.068346), (0.223119, 0.974278, 0.031633), (0.059609, -0.046027, 0.99716)	28.04888, -52.94653, 7.55554
10	given	(0.964441, 0.13786, -0.225496), (0.120342, -0.988668, -0.089737), (-0.235311, 0.059409, -0.970103)	24.15063, 99.68855, 267.00754
11	given	(-0.984949, -0.148371, 0.088666), (-0.161653, 0.972328, -0.168664), (-0.061187, -0.180458, -0.981678)	-104.63418, -44.63466, 295.20413
12	given	(-0.957355, 0.2121, 0.196174), (-0.172202, -0.964123, 0.202024), (0.231985, 0.159627, 0.959532)	-144.55006, 40.61032, 7.4457
13	given	(-0.974917, 0.215109, -0.05713), (-0.217253, -0.975511, 0.034353), (-0.048341, 0.045903, 0.997776)	-127.33266, -34.84115, -75.23924
14	given	(-0.965949, -0.144581, -0.214566), (-0.125201, 0.986937, -0.101389), (0.226422, -0.071073, -0.971433)	-98.26997, 35.55183, 375.15887
15	given	(0.984578, 0.154515, 0.08204), (0.166078, -0.972928, -0.160716), (0.054986, 0.171863, -0.983585)	29.20997, 44.29238, 365.21396
16	given	(0.962298, -0.191581, 0.193079), (0.153062, 0.96821, 0.197842), (-0.224844, -0.16083, 0.96103)	-2.64001, -2.16622, -87.61595

#1: タンパク質	Dimethylallyl tryptophan synthase / AnaPT 分子量: 49929.457 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neosartorya fischeri (カビ) / 遺伝子: NFIA_055300 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1DN10, 4-dimethylallyltryptophan synthase
#2: 化合物	ChemComp-PIS / TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / THIOPYROPHOSPHATE 分子量: 193.033 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₃O₆P₂S
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM MES/imidazole, pH 6.5, 18-22% v/v ethylene glycol, 9-11% w/v PEG8000, 80-160 mM alcohol mix, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.99996 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月17日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99996 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.544
1	1	-h,-k,l	2	0.456

反射

解像度: 2.83→40 Å / Num. all: 160059 / Num. obs: 160059 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

反射シェル

解像度: 2.83→2.9 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
RemDAq		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0044	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.83→39.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 24.046 / SU ML: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20211	3191	2 %	RANDOM
R_work	0.20252	-	-	-
obs	0.20251	156867	99.84 %	-
all	-	160059	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.058 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-21.65 Å²	-0 Å²	17.18 Å²
2-	-	6.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	14.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.83→39.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	48819	0	160	0	48979

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	50207
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.849	1.96	68489
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.082	5	6307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.649	23.709	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.93	15	7580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.546	15	221
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.053	0.2	7682
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	38205
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.432	3.551	25330
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.777	5.989	31603
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.399	3.528	24877
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.636	13.77	72038
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1425	MEDIUM POSITIONAL	0.01	0.5
2	B	1425	MEDIUM POSITIONAL	0.01	0.5
3	C	1425	MEDIUM POSITIONAL	0.01	0.5
4	D	1425	MEDIUM POSITIONAL	0.01	0.5
5	E	1425	MEDIUM POSITIONAL	0.01	0.5
6	F	1425	MEDIUM POSITIONAL	0.01	0.5
7	G	1425	MEDIUM POSITIONAL	0.01	0.5
8	H	1425	MEDIUM POSITIONAL	0.01	0.5
9	I	1425	MEDIUM POSITIONAL		0.5
10	J	1425	MEDIUM POSITIONAL	0.01	0.5
11	K	1425	MEDIUM POSITIONAL		0.5
12	L	1425	MEDIUM POSITIONAL		0.5
13	M	1425	MEDIUM POSITIONAL		0.5
14	N	1425	MEDIUM POSITIONAL	0.01	0.5
15	O	1425	MEDIUM POSITIONAL		0.5
16	P	1425	MEDIUM POSITIONAL		0.5
1	A	1560	TIGHT THERMAL	4.08	0.5
2	B	1560	TIGHT THERMAL	2.87	0.5
3	C	1560	TIGHT THERMAL	4.81	0.5
4	D	1560	TIGHT THERMAL	3.17	0.5
5	E	1560	TIGHT THERMAL	2.89	0.5
6	F	1560	TIGHT THERMAL	2.63	0.5
7	G	1560	TIGHT THERMAL	2.92	0.5
8	H	1560	TIGHT THERMAL	2.8	0.5
9	I	1560	TIGHT THERMAL	3.21	0.5
10	J	1560	TIGHT THERMAL	3.22	0.5
11	K	1560	TIGHT THERMAL	3.63	0.5
12	L	1560	TIGHT THERMAL	3.04	0.5
13	M	1560	TIGHT THERMAL	3.61	0.5
14	N	1560	TIGHT THERMAL	3.16	0.5
15	O	1560	TIGHT THERMAL	3.06	0.5
16	P	1560	TIGHT THERMAL	4.4	0.5
1	A	1425	MEDIUM THERMAL	4.06	2
2	B	1425	MEDIUM THERMAL	2.98	2
3	C	1425	MEDIUM THERMAL	4.93	2
4	D	1425	MEDIUM THERMAL	3.3	2
5	E	1425	MEDIUM THERMAL	3.15	2
6	F	1425	MEDIUM THERMAL	2.76	2
7	G	1425	MEDIUM THERMAL	2.98	2
8	H	1425	MEDIUM THERMAL	2.74	2
9	I	1425	MEDIUM THERMAL	3.29	2
10	J	1425	MEDIUM THERMAL	3.18	2
11	K	1425	MEDIUM THERMAL	3.68	2
12	L	1425	MEDIUM THERMAL	3.1	2
13	M	1425	MEDIUM THERMAL	3.67	2
14	N	1425	MEDIUM THERMAL	3.14	2
15	O	1425	MEDIUM THERMAL	3.15	2
16	P	1425	MEDIUM THERMAL	4.32	2

LS精密化シェル

解像度: 2.83→2.903 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	230	-
R_work	0.306	11445	-
obs	-	-	99.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0481	-0.1657	-0.5767	0.7746	-0.0804	2.5473	0.0111	-0.2787	-0.1029	0.0685	-0.0093	-0.1002	0.2255	0.3235	-0.0018	0.2001	0.0199	-0.1459	0.0907	0.0148	0.1223	-25.3952	1.012	160.2803
2	1.9936	0.197	0.3276	0.9533	-0.1999	2.1782	0.0076	0.2625	0.3938	-0.1228	-0.0808	-0.109	-0.1821	0.1972	0.0732	0.2193	-0.0402	-0.1191	0.0755	0.1026	0.2152	-32.296	25.4167	125.1696
3	1.9821	0.0962	-0.719	1.1059	0.0137	1.9352	-0.1356	0.3211	-0.3384	-0.1021	0.0078	0.1289	0.2568	-0.2735	0.1278	0.2898	-0.0538	-0.1648	0.0751	-0.0504	0.2038	-69.4108	-9.2472	131.7643
4	2.5726	0.1225	0.0245	0.4858	0.1909	1.9356	0.0498	-0.2291	0.4602	-0.0136	-0.0598	0.1037	-0.1806	-0.1118	0.0099	0.1756	0.0283	-0.1342	0.0655	-0.0823	0.232	-71.5935	22.6182	161.2272
5	2.0022	0.2442	-0.4085	0.5541	-0.331	1.6178	-0.0572	-0.1342	-0.4089	0.0204	0.052	-0.1039	0.2115	0.189	0.0052	0.2695	0.002	-0.195	0.1146	0.0636	0.2616	-71.2219	32.6577	233.7618
6	1.6413	0.2824	0.6296	1.3817	-0.0708	2.6065	-0.0857	0.2681	0.2164	-0.199	0.053	-0.2335	-0.5777	0.3096	0.0327	0.466	-0.1232	-0.0829	0.0773	0.052	0.1437	-73.5155	64.6384	204.1851
7	1.9787	0.4862	-0.3848	1.1053	0.1549	2.1383	-0.0525	0.2221	-0.3223	-0.0829	-0.0156	0.0851	0.1492	-0.3397	0.0681	0.2602	0	-0.161	0.1012	-0.0654	0.1821	-110.5073	29.9638	197.8722
8	2.1483	0.0101	0.1829	0.6827	-0.023	2.9233	0.0516	-0.1613	0.2097	-0.0049	-0.0495	0.1063	-0.2424	-0.4345	-0.002	0.2427	0.0399	-0.125	0.1063	-0.0226	0.1144	-117.3081	54.5892	233.0295
9	2.0726	-0.6066	-0.4474	1.2065	0.4524	1.6122	-0.0537	-0.5604	-0.5428	0.4638	-0.1027	-0.1707	0.2572	0.0825	0.1564	0.6173	-0.0468	-0.2596	0.3116	0.2602	0.5792	-30.8569	57.3216	157.6574
10	1.8304	0.05	0.4615	1.4763	-0.1352	1.9103	0.0784	0.3025	0.0528	-0.1907	-0.0991	-0.2755	-0.1223	0.1245	0.0207	0.3392	0.0098	-0.159	0.0783	0.0146	0.2584	-34.5449	84.3912	123.5546
11	1.7728	0.2987	-0.8774	0.987	-0.1464	1.8541	-0.0834	0.3563	-0.3346	-0.1267	0.1073	0.4379	0.2858	-0.3859	-0.0239	0.473	-0.1029	-0.2013	0.2976	-0.072	0.7356	-76.9111	57.1158	131.6206
12	2.1318	-0.7465	-0.2458	0.8496	-0.532	2.1956	0.1016	-0.5242	0.2318	0.6923	0.2119	0.3411	-0.867	0.1761	-0.3135	1.1554	-0.0586	0.2203	0.3468	-0.004	0.7119	-71.7997	87.8505	162.0302
13	1.7179	0.0256	0.759	1.4031	-0.111	1.8371	-0.0484	-0.5209	0.532	0.3409	-0.0084	0.3475	-0.1224	-0.2083	0.0568	0.6301	-0.0088	-0.1775	0.4487	-0.1969	0.5651	-118.5121	-2.267	230.3828
14	2.474	0.1839	-0.0498	1.2457	0.0699	1.5341	0.0185	0.1393	0.0042	0.0184	0.0434	-0.0135	0.1703	0.0686	-0.0619	0.4731	0.0134	-0.2897	0.1863	0.0067	0.1888	-114.7285	-29.3567	196.5965
15	0.7784	0.0753	0.1261	0.9173	0.0461	1.7099	0.0051	0.1799	0.3441	0.0026	-0.1003	-0.3764	-0.0988	0.456	0.0951	0.5321	0.0726	-0.2599	0.4641	0.0186	0.6371	-72.4716	-1.7322	203.9273
16	1.8057	-1.0255	-0.3054	1.011	-0.2403	2.4241	0.0357	-0.1889	-0.1759	-0.0634	-0.012	-0.0513	0.413	-0.201	-0.0236	0.6383	0.0381	-0.3656	0.3894	-0.0765	0.3453	-77.1514	-32.4356	234.4686

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	30 - 437
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	30 - 437
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	30 - 437
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	30 - 437
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	30 - 437
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	30 - 437
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	30 - 437
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	30 - 437
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	30 - 437
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	30 - 437
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	30 - 437
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	30 - 437
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	30 - 437
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	30 - 437
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	30 - 437
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	30 - 437

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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