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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ld4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of NE0047 in complex with cytosine | ||||||
要素 | Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region | ||||||
キーワード | HYDROLASE / CDA fold / deaminase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Nitrosomonas europaea (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Bitra, A. / Biswas, A. / Anand, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013 タイトル: Structural basis of the substrate specificity of cytidine deaminase superfamily Guanine deaminase 著者: Bitra, A. / Biswas, A. / Anand, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ld4.cif.gz | 80 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ld4.ent.gz | 59.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ld4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ld4_validation.pdf.gz | 456 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ld4_full_validation.pdf.gz | 464.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4ld4_validation.xml.gz | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ld4_validation.cif.gz | 22.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/4ld4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/4ld4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20586.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Nitrosomonas europaea (バクテリア) 株: ATCC 19718 / NBRC 14298 / 遺伝子: NE0047 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q82Y41, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CYT / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.2 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.225M MgCl2, 25% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 |
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検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年6月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→55.18 Å / Num. all: 6717 / Num. obs: 6717 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2G84 解像度: 3→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 21.8885 Å2 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.97 Å2 / Biso mean: 16.8344 Å2 / Biso min: 1 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20
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Xplor file |
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