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万見
- PDB-4lcz: Crystal structure of a multilayer-packed major light-harvesting c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lcz
タイトルCrystal structure of a multilayer-packed major light-harvesting complex
要素Major chlorophyll a/b binding protein LHCb1.3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Light collecting / Photon protection / Grana stacking / Chlorophyll binding
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / Chem-LUT / Chem-NEX / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wan, T. / Li, M. / Chang, W.R.
引用ジャーナル: Mol Plant / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of a multilayer packed major light-harvesting complex: implications for grana stacking in higher plants.
著者: Wan, T. / Li, M. / Zhao, X. / Zhang, J. / Liu, Z. / Chang, W.
履歴
登録2013年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_validate_chiral
改定 2.02022年8月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.formula / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major chlorophyll a/b binding protein LHCb1.3
B: Major chlorophyll a/b binding protein LHCb1.3
C: Major chlorophyll a/b binding protein LHCb1.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,40470
ポリマ－72,3883
非ポリマー46,01667
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)199.195, 115.097, 109.597
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.23, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-322-

NA

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Major chlorophyll a/b binding protein LHCb1.3


分子量: 24129.248 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 44-267 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: B3WFZ6, UniProt: P12333*PLUS

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非ポリマー , 9種, 223分子

#2: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#3: 化合物 ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL / 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#4: 化合物 ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#6: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#7: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#8: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 84.58 %
結晶化温度: 291 K / pH: 6.5
詳細: 2 mg/ml DGDG, 100mM di-sodium cacodylate, 10-12%(w/v) PEG2000, 20-50mM zinc acetate , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.96
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月13日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 69844 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 30.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.761 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.643 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RWT

1rwt


解像度: 2.6→43.45 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.38 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: MATTHEW COEFFICIENT AND SOLVENT CONTENT HAVE BEEN CALCULATED BY SFCHECK CONTAINED IN THE CCP4 SUITE.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 3045 5.02 %
Rwork0.25 --
obs0.251 60663 86.4 %
all-60673 -
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.9124 Å20 Å20.3 Å2
2--6.6287 Å20 Å2
3----2.1755 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→43.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4737 0 3123 156 8016
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018375
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.19411929
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.3183482
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.118989
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051353
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.63770.2752190.2844484X-RAY DIFFRACTION16
2.6377-2.6810.2231430.2788834X-RAY DIFFRACTION27
2.681-2.72720.3125560.2821180X-RAY DIFFRACTION39
2.7272-2.77680.3521700.2731663X-RAY DIFFRACTION55
2.7768-2.83020.28841220.28352377X-RAY DIFFRACTION78
2.8302-2.88790.30461470.27412838X-RAY DIFFRACTION93
2.8879-2.95070.28131550.26872976X-RAY DIFFRACTION98
2.9507-3.01930.2871270.26663004X-RAY DIFFRACTION99
3.0193-3.09480.27821630.26922975X-RAY DIFFRACTION100
3.0948-3.17850.2761800.26133015X-RAY DIFFRACTION100
3.1785-3.2720.25451830.24242996X-RAY DIFFRACTION100
3.272-3.37760.24051740.2353029X-RAY DIFFRACTION100
3.3776-3.49820.22791520.2263021X-RAY DIFFRACTION100
3.4982-3.63820.23951410.23353036X-RAY DIFFRACTION100
3.6382-3.80370.24531760.22663007X-RAY DIFFRACTION100
3.8037-4.00410.21961630.22783021X-RAY DIFFRACTION100
4.0041-4.25480.24091750.23263017X-RAY DIFFRACTION100
4.2548-4.5830.25871650.23793013X-RAY DIFFRACTION100
4.583-5.04360.23821600.23063010X-RAY DIFFRACTION100
5.0436-5.77190.25221500.26163080X-RAY DIFFRACTION100
5.7719-7.26650.25911620.27233020X-RAY DIFFRACTION99
7.2665-43.46150.30391620.28863022X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.4897 Å / Origin y: 53.4186 Å / Origin z: 24.9062 Å
111213212223313233
T0.0368 Å2-0.0126 Å2-0.0032 Å2-0.0598 Å2-0.0263 Å2---0.0455 Å2
L2.1119 °2-0.198 °20.2494 °2-1.8646 °20.0201 °2--1.5702 °2
S0.1963 Å °-0.2008 Å °-0.0479 Å °0.1189 Å °0.1812 Å °-0.1152 Å °0.0152 Å °0.0496 Å °-0.2123 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA14 - 458
2X-RAY DIFFRACTION1allC14 - 451
3X-RAY DIFFRACTION1allB14 - 447

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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