[日本語] English
万見
- PDB-4lck: Co-crystal structure of a T-box riboswitch stem I domain in compl... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lck
タイトルCo-crystal structure of a T-box riboswitch stem I domain in complex with its cognate tRNA
要素
  • Ribosomal protein YbxF
  • T-BOX RIBOSWITCH STEM I
  • tRNA-Gly
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN/RNA / riboswitch mRNA / tRNA-mRNA complex / gene expression regulation / bacteria / RIBOSOMAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome / ribonucleoprotein complex / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L7Ae, putative / Ribosomal protein L30/S12 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
STRONTIUM ION / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA-binding protein YbxF
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
Oceanobacillus iheyensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zhang, J. / Ferre-D'Amare, A.R.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Co-crystal structure of a T-box riboswitch stem I domain in complex with its cognate tRNA.
著者: Zhang, J. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2013年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月21日Group: Database references
改定 1.22016年11月23日Group: Source and taxonomy
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribosomal protein YbxF
B: tRNA-Gly
C: T-BOX RIBOSWITCH STEM I
D: Ribosomal protein YbxF
E: tRNA-Gly
F: T-BOX RIBOSWITCH STEM I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,69692
ポリマ－131,6046
非ポリマー7,09286
水39622
1
A: Ribosomal protein YbxF
B: tRNA-Gly
C: T-BOX RIBOSWITCH STEM I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,81851
ポリマ－65,8023
非ポリマー4,01648
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Ribosomal protein YbxF
E: tRNA-Gly
F: T-BOX RIBOSWITCH STEM I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,87841
ポリマ－65,8023
非ポリマー3,07638
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.382, 108.474, 266.886
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Ribosomal protein YbxF


分子量: 8435.608 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rplGB, ybaB, ybxF, BSU01090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46350

-
RNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#2: RNA鎖 tRNA-Gly


分子量: 24258.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcription using T7 RNA polymerase / 由来: (合成) Oceanobacillus iheyensis (バクテリア)
#3: RNA鎖 T-BOX RIBOSWITCH STEM I


分子量: 33107.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcription using T7 RNA polymerase / 由来: (合成) Oceanobacillus iheyensis (バクテリア)

-
非ポリマー , 3種, 108分子

#4: 化合物...
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50 mM Bis-Tris (HCl) pH 6.5, 300 mM Li2SO4, and 20% (w/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
41
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-E10.9793
シンクロトロンAPS 24-ID-C20.9793
シンクロトロンALS 5.0.130.9793
シンクロトロンALS 5.0.240.9793
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2012年8月2日
ADSC QUANTUM 3152CCD
ADSC QUANTUM 315r3CCD
ADSC QUANTUM 315r4CCD
放射モノクロメーター: Kohzu HLD8-24 monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→28.42 Å / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 128.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
3.2-3.2653198
3.2653-3.3362199
3.3362-3.41361100
3.4136-3.4989199
3.4989-3.59331100
3.5933-3.6988199

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXD位相決定
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換, 単波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRIES 3L0U and 3V7E

3l0u

3v7e


解像度: 3.2→28.416 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.801 / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2514 2318 5.06 %Random
Rwork0.1957 ---
obs0.1984 45770 98.74 %-
all-46354 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 382.53 Å2 / Biso mean: 128.0007 Å2 / Biso min: 37.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→28.416 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1048 7586 86 22 8742
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0019547
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.36614681
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.021966
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001531
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4224573
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2-3.26530.381270.34722486261398
3.2653-3.33620.34751430.32142622276599
3.3362-3.41360.3771260.317625372663100
3.4136-3.49890.32291350.30752613274899
3.4989-3.59330.32921250.286725612686100
3.5933-3.69880.33331350.26762626276199
3.6988-3.81790.29031230.245825372660100
3.8179-3.9540.2991230.24126062729100
3.954-4.11190.30091370.213526192756100
4.1119-4.29840.22861620.203625352697100
4.2984-4.52420.27291610.193325592720100
4.5242-4.80640.22461680.189925232691100
4.8064-5.17540.24521320.184926092741100
5.1754-5.69250.24871750.15632555273099
5.6925-6.50760.2561320.17212517264998
6.5076-8.16650.24421250.17572533265897
8.1665-28.41680.181890.16132414250392
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4287-1.9362-0.33254.5778-1.46730.7277-1.0017-2.77880.18571.86790.83080.5915-0.8108-1.03080.11231.07560.06310.04261.8267-0.50170.817535.76490.0457258.1728
25.5553-0.22171.48930.4270.50211.143-0.7564-3.20211.30450.92260.71850.28291.2452-0.8301-0.0091.73130.1705-0.3241.7705-0.88361.538342.506196.4913259.0647
32.10171.17320.92477.61031.93566.2282-0.4556-1.1421.50850.29390.480.3441-0.6539-0.17830.18610.88720.3184-0.08881.7403-0.35230.650837.93184.9851253.3905
40.37750.4246-0.57263.89412.02593.1246-0.6798-1.5906-0.05360.58340.7409-0.5478-1.36080.07420.2620.80460.4791-0.07550.97450.03720.697144.855991.9867194.8057
50.9440.3459-0.82293.002-4.34879.842-0.1290.2764-0.49011.10080.17520.8878-0.7624-0.61190.19240.92380.3599-0.06990.9097-0.03110.818237.780297.7608187.2194
60.64150.55640.98741.26870.02932.1297-0.383-0.070.36110.30050.39650.7238-1.2812-0.912-0.00371.26430.30930.35631.36220.0660.908533.8987104.9769207.1823
71.61571.227-1.51920.9667-0.44935.22740.71410.60111.1368-0.2263-0.426-0.2789-1.3462-2.25470.16361.39950.57940.1311.4481-0.10471.067132.4493107.966213.0909
82.4108-1.4299-1.3890.87060.71451.6979-0.1543-0.18110.2527-0.07540.2753-0.321-0.2762-0.0398-0.08280.48650.1061-0.00420.5287-0.01380.549553.38788.0783181.0082
91.0914-0.7645-0.21241.11411.49451.6948-0.3850.43720.7987-0.0660.5774-0.0361-0.6893-0.9340.10740.56160.1046-0.03590.9573-0.35710.549425.562693.5301233.5518
101.977-1.2036-3.17711.79152.70535.66270.4069-0.6480.1248-0.5845-0.483-0.2386-2.4110.67810.24781.67450.7037-0.39862.2070.20280.781714.4871119.6724203.8813
111.955-1.8234-0.36952.36840.32932.28740.01720.090.6035-0.7876-0.0595-0.73990.18420.44190.07080.66910.12690.00560.3812-0.04380.668732.2619117.2761176.6655
12-0.19920.238-0.10760.8962-1.01960.6281-0.04290.14160.113-0.44930.2170.10260.0042-1.1004-0.06350.86360.2553-0.10061.1074-0.22440.794520.6648105.0087220.7804
130.08070.19030.12521.4179-0.16670.3783-0.12840.1997-0.128-2.77540.5135-0.2917-0.26180.1621-0.47372.84611.0806-0.74613.6533-2.22342.55958.916667.517877.3398
144.47440.7198-4.17064.21961.55455.06951.6403-0.02790.4784-0.0771-0.36891.0936-0.60160.03551.28363.3315-0.1311-1.11041.5886-0.70784.115856.365460.917278.617
151.2941-2.92750.54947.5389-2.28651.48891.76990.4723-1.9396-0.69140.06981.95250.52080.09522.93033.15010.0014-0.45621.5478-0.96142.009755.498259.145380.4889
161.96930.14492.98170.05610.30934.6957-1.01711.55640.5013-1.57180.6240.02970.8729-1.2496-0.15712.3245-0.15390.32842.4473-0.31873.047162.230965.254980.4787
171.7013-0.1946-0.8212.5518-0.12060.7574-0.71181.28230.6827-0.5221-0.7187-0.9043-0.32040.30710.73510.85760.2192-0.10330.92020.10160.885661.469561.7629139.4039
180.9005-1.7518-1.25343.67521.03058.76840.46760.2022-0.40490.54450.31541.1319-1.1254-0.2364-0.28631.09660.32910.22691.05290.24791.142153.319967.1724152.6283
190.8865-0.27440.4650.3283-0.61780.86850.37081.0311-0.78480.2102-0.15240.3262-0.47610.14270.19170.95230.168-0.20231.23820.01951.062746.509573.4768121.3803
201.4256-1.60920.14522.9594-1.71862.0516-0.3638-0.0269-0.7237-0.14840.75940.25080.3647-0.4343-0.31660.99850.01830.04750.76360.04111.126963.654952.1949151.4729
212.9372-0.683-0.26850.39032.15993.7930.88281.4594-0.3695-0.6435-1.20910.3903-1.0063-1.84210.06341.46350.1048-0.08161.0267-0.16170.857151.082183.3757109.6198
227.8551-3.50680.16244.70340.8863.9945-0.5149-0.317-0.70550.22920.16340.94660.3932-0.0680.36320.55580.0249-0.08430.6895-0.06780.82337.353778.6749151.6174
232.39070.2335-2.22691.47910.39552.19930.59170.69580.0441-0.6951-0.366-0.0314-1.2405-0.3718-0.19791.38540.2078-0.34460.9883-0.08170.878855.72283.0676101.5276
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 38 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 39 through 61 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 62 through 82 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 5 through 11 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 12 through 20 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 21 through 30 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 31 through 46 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 47 through 79 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1 through 24 )C0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 25 through 36 )C0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 37 through 67 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 68 through 102 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 2 through 25 )D0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 26 through 38 )D0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 39 through 69 )D0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 70 through 82 )D0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 5 through 15 )E0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 16 through 20 )E0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 21 through 42 )E0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 43 through 79 )E0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 1 through 35 )F0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 36 through 79 )F0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 80 through 102 )F0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る