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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lc5 | ||||||
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タイトル | Structural basis of substrate specificity of CDA superfamily guanine deaminase | ||||||
![]() | Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region | ||||||
![]() | HYDROLASE / CDA fold / deaminase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bitra, A. / Biswas, A. / Anand, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of the substrate specificity of cytidine deaminase superfamily Guanine deaminase 著者: Bitra, A. / Biswas, A. / Anand, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 78.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 461.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 465.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20586.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 19718 / NBRC 14298 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q82Y41, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-9MG / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.25 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.225M MgCl2, 25% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris (pH- 5.5), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→38.15 Å / Num. all: 21731 / Num. obs: 21731 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2.07 Å / % possible obs: 87.7 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 87.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 113.1 Å2 / Biso mean: 22.1854 Å2 / Biso min: 9.11 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→37.09 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.965→2.016 Å / Total num. of bins used: 20
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