PDB-4lb8: Crystal structure of a DUF4848 family protein (BT3222) from Bacte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lb8

タイトル

Crystal structure of a DUF4848 family protein (BT3222) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 2.49 A resolution

要素

Uncharacterized protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PF16140 family protein / DUF4848 / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY

機能・相同性

Immunoglobulin-like - #3900 / Protein of unknown function DUF4848 / Domain of unknown function (DUF4848) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DUF4848 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a hypothetical protein (BT3222) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 2.49 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2013年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月24日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lb8.cif.gz	126 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lb8.ent.gz	97.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lb8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/4lb8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/4lb8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5f7k-2 3fup-d 5alk-d 5f97-4 5f7k-1 5f8r-1 5hdi-d 5alf-d 5f7n-1 5f7y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: JCSG-386369

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.595, 140.829, 89.289
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-528- HOH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 33180.859 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-310 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_3222 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: Q8A2T3
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 22-310 OF THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.8 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.20M lithium chloride, 20.00% polyethylene glycol 3350, 0.20M lithium chloride, 20.00% polyethylene glycol 3350, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91162,0.9786,0.97805

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月2日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)

放射

モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91162	1
2	0.9786	1
3	0.97805	1

反射

解像度: 2.49→29.357 Å / Num. obs: 14384 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 59.579 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 8.96

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2.49-2.58	0.634	1.2	4653	2622	1	94
2.58-2.68	0.423	1.7	4208	2501	1	93.4
2.68-2.8	0.313	2.4	4904	2647	1	97.5
2.8-2.95	0.235	3.2	5063	2741	1	97
2.95-3.14	0.147	4.8	5072	2744	1	96.2
3.14-3.38	0.097	7.4	4634	2589	1	94.2
3.38-3.71	0.058	11	4567	2542	1	94.7
3.71-4.25	0.04	15.6	5033	2730	1	97
4.25-5.33	0.031	19.8	4536	2550	1	93.3
5.33-29.357	0.029	22.5	4972	2686	1	94.4

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SOLVE		位相決定
XSCALE	July 4, 2012	データスケーリング
BUSTER-TNT		精密化
XDS		データ削減
BUSTER	2.10.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.49→29.357 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9357 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8971 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2282	720	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1804	-	-	-
obs	0.1826	14309	97.88 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 123.6 Å² / B_iso mean: 52.8535 Å² / B_iso min: 17.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5792 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	12.8965 Å²	0 Å²
3-	-	-	-13.4756 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.323 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.49→29.357 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2158	0	19	79	2256

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1033	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	58	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	319	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	2212	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	282	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	2525	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	2212	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	2976	HARMONIC	2	1.13
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.48
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				2.94

LS精密化シェル

解像度: 2.49→2.69 Å / Total num. of bins used: 7

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2958	174	6.05 %
R_work	0.2173	2701	-
all	0.222	2875	-
obs	-	-	97.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 10.0725 Å / Origin y: 74.7043 Å / Origin z: -7.4107 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1322 Å²	-0.0174 Å²	-0.0378 Å²	-	-0.0797 Å²	-0.0046 Å²	-	-	-0.0039 Å²
L	0.372 °²	0.4757 °²	-0.0967 °²	-	2.9632 °²	-0.3171 °²	-	-	0.2391 °²
S	-0.1331 Å °	0.0748 Å °	0.0215 Å °	-0.276 Å °	0.155 Å °	0.1659 Å °	0.0323 Å °	-0.0258 Å °	-0.0219 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|38 - 310 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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