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- PDB-4la2: Crystal structure of dimethylsulphoniopropionate (DMSP) lyase DddQ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4la2
タイトルCrystal structure of dimethylsulphoniopropionate (DMSP) lyase DddQ
要素Dimethylsulphoniopropionate (DMSP) lyase DddQ
キーワードLYASE / Cupin motif / DMSP lyase
機能・相同性
機能・相同性情報


dimethylpropiothetin dethiomethylase / dimethylpropiothetin dethiomethylase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dimethlysulfonioproprionate lyase / Dimethlysulfonioproprionate lyase / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dimethylsulfoniopropionate lyase DddQ
類似検索 - 構成要素
生物種Silicibacter lacuscaerulensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zhang, Y. / Li, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Molecular insight into bacterial cleavage of oceanic dimethylsulfoniopropionate into dimethyl sulfide
著者: Li, C. / Wei, T. / Zhang, S. / Chen, X. / Gao, X. / Wang, P. / Xie, B. / Su, H. / Qin, Q. / Zhang, X. / Yu, J. / Zhang, H. / Zhou, B. / Yang, G. / Zhang, Y.
履歴
登録2013年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dimethylsulphoniopropionate (DMSP) lyase DddQ
B: Dimethylsulphoniopropionate (DMSP) lyase DddQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5646
ポリマ－44,0432
非ポリマー5214
水7,855436
1
A: Dimethylsulphoniopropionate (DMSP) lyase DddQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2823
ポリマ－22,0221
非ポリマー2612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dimethylsulphoniopropionate (DMSP) lyase DddQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2823
ポリマ－22,0221
非ポリマー2612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.383, 85.303, 87.457
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dimethylsulphoniopropionate (DMSP) lyase DddQ


分子量: 22021.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Silicibacter lacuscaerulensis (バクテリア)
株: ITI-1157 / 遺伝子: SL1157_0332 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0CY60
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2M sodium chloride, 0.1M MES, 20% (w/v) PEG 2000 MME , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月20日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 48408 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 18.38 Å2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
1.6-1.66199.2
3.45-50199.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MLPHARE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→42.336 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8018 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.81 / 立体化学のターゲット値: Overall
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 2444 5.07 %RANDOM
Rwork0.1968 ---
all0.197 48250 --
obs0.1978 48408 99.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.508 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 67.88 Å2 / Biso mean: 22.3996 Å2 / Biso min: 9.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.9611 Å2-0 Å20 Å2
2--7.8926 Å20 Å2
3----0.9315 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→42.336 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2990 0 26 436 3452
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073148
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0954303
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0761101
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074449
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006559
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5997-1.63240.31571480.25072575272397
1.6324-1.66790.27451530.23572636278999
1.6679-1.70670.30641230.21912665278899
1.7067-1.74930.27131360.21292675281199
1.7493-1.79660.24231490.21362645279499
1.7966-1.84950.25381460.199326782824100
1.8495-1.90920.23291320.196426582790100
1.9092-1.97740.21171430.187826732816100
1.9774-2.05660.23291340.191726902824100
2.0566-2.15020.2251550.19126842839100
2.1502-2.26360.26861380.187527082846100
2.2636-2.40540.21271550.1926772832100
2.4054-2.59110.21691410.194327392880100
2.5911-2.85180.21911370.207827312868100
2.8518-3.26430.22661310.200427482879100
3.2643-4.11210.18141590.180427542913100
4.1121-42.35110.18131640.19862870303499
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.1355 Å / Origin y: -11.5787 Å / Origin z: -20.5768 Å
111213212223313233
T0.1112 Å20.0007 Å2-0.0058 Å2-0.0928 Å20.0038 Å2--0.1131 Å2
L0.2114 °20.0268 °2-0.0682 °2-0.0151 °20.0048 °2--0.2811 °2
S-0.0005 Å °0.0145 Å °0.0054 Å °-0.0035 Å °-0.008 Å °0.0038 Å °0.0263 Å °-0.0165 Å °0.0054 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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