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万見
- PDB-4l9o: Crystal Structure of the Sec13-Sec16 blade-inserted complex from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l9o
タイトルCrystal Structure of the Sec13-Sec16 blade-inserted complex from Pichia pastoris
要素Sec16,Protein transport protein SEC13
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Beta propeller / COPII / Vesicle coat budding / Nuclear Pore Complex Proteins / COP-coated Vesicles / Endoplasmic Reticulum / ACE1
機能・相同性
機能・相同性情報


GATOR2 complex / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein localization to endoplasmic reticulum exit site / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / nuclear pore localization / nuclear pore outer ring / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / COPII vesicle coat / Golgi organization ...GATOR2 complex / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein localization to endoplasmic reticulum exit site / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / nuclear pore localization / nuclear pore outer ring / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / COPII vesicle coat / Golgi organization / endoplasmic reticulum exit site / mRNA transport / intracellular transport / vesicle-mediated transport / ERAD pathway / positive regulation of TORC1 signaling / ER to Golgi transport vesicle membrane / autophagy / protein import into nucleus / protein transport / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Sec16, central conserved domain / Vesicle coat trafficking protein Sec16 mid-region / Ancestral coatomer element 1, Sec16/Sec31 / Sec16 Sec23-binding domain / Sec13/Seh1 family / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. ...Sec16, central conserved domain / Vesicle coat trafficking protein Sec16 mid-region / Ancestral coatomer element 1, Sec16/Sec31 / Sec16 Sec23-binding domain / Sec13/Seh1 family / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein transport protein SEC13 / Protein transport protein sec16
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella pastoris (菌類)
Komagataella phaffii (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者McMahon, C. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M.
引用ジャーナル: Mol Biol Cell / 年: 2013
タイトル: Sec16 influences transitional ER sites by regulating rather than organizing COPII.
著者: Bharucha, N. / Liu, Y. / Papanikou, E. / McMahon, C. / Esaki, M. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M. / Glick, B.S.
履歴
登録2013年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22017年6月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sec16,Protein transport protein SEC13
B: Sec16,Protein transport protein SEC13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,47212
ポリマ－76,9702
非ポリマー50110
水5,386299
1
A: Sec16,Protein transport protein SEC13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,94710
ポリマ－38,4851
非ポリマー4619
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sec16,Protein transport protein SEC13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5252
ポリマ－38,4851
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.509, 49.320, 90.904
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Sec16,Protein transport protein SEC13


分子量: 38485.137 Da / 分子数: 2
断片: unp residues 2-289, unp residues 1030-1076,unp residues 2-289, unp residues 1030-1076,unp residues 2-289, unp residues 1030-1076,unp residues 2-289, unp residues 1030-1076
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Komagataella pastoris (菌類), (組換発現) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
遺伝子: SEC16, SEC13, PAS_chr1-3_0057 / プラスミド: pET28a / 株: GS115 / ATCC 20864 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q45TY0, UniProt: P53024
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 23% (w/v) PEG 3350, 200 mM calcium chloride, 200 mM sodium thiocyanate, 100 mM Tris buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月5日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→100 Å / Num. all: 82989 / Num. obs: 82989 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 1.24 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.55-1.615.60.6877581.042193.2
1.61-1.676.50.54782821.048199.8
1.67-1.756.90.40783141.0521100
1.75-1.8470.28583021.0671100
1.84-1.957.10.17783281.1691100
1.95-2.17.20.12482861.3061100
2.1-2.327.20.10683721.3161100
2.32-2.657.20.09483311.371100
2.65-3.347.10.06984411.4891100
3.34-1007.30.05185751.433199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3JRP

3jrp


解像度: 1.6→44.419 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8683 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2046 3872 5.04 %RANDOM THROUGHOUT
Rwork0.1728 ---
obs0.1744 76779 99.82 %-
all-76779 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.37 Å2 / Biso mean: 26.809 Å2 / Biso min: 7.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→44.419 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5032 0 25 299 5356
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115193
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3187055
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086754
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007883
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5711813
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.61950.30331470.25342506265398
1.6195-1.640.25461420.23262599274199
1.64-1.66160.24631400.219725582698100
1.6616-1.68440.26211390.210226052744100
1.6844-1.70840.2381250.207325972722100
1.7084-1.73390.25031360.197125482684100
1.7339-1.7610.22041420.188526212763100
1.761-1.78990.2591270.18425772704100
1.7899-1.82080.23611210.176626302751100
1.8208-1.85390.17231230.165225922715100
1.8539-1.88950.20881370.16226032740100
1.8895-1.92810.19021370.156725822719100
1.9281-1.970.19511460.154625932739100
1.97-2.01590.17851450.151125952740100
2.0159-2.06630.20791380.147326042742100
2.0663-2.12210.18281250.151225902715100
2.1221-2.18460.20571410.157225912732100
2.1846-2.25510.20541600.163126052765100
2.2551-2.33570.19511440.172326012745100
2.3357-2.42920.23521640.179625782742100
2.4292-2.53970.20781380.166926052743100
2.5397-2.67360.20451450.170426062751100
2.6736-2.84110.18161230.166126372760100
2.8411-3.06040.19971440.175726312775100
3.0604-3.36830.19671380.167126242762100
3.3683-3.85550.20481410.17326342775100
3.8555-4.85650.1891250.157826682793100
4.8565-44.43590.19251390.200927272866100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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