PDB-4l97: Structure of the RBP of lactococcal phage 1358 in complex with gl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l97

タイトル

Structure of the RBP of lactococcal phage 1358 in complex with glucose-1-phosphate

要素

Receptor Binding Protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / beta sandwich domain / phage receptor binding protein / Lactococcus lactis pellicle saccharides cell wall

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus phage 1358 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.61 Å

データ登録者

Farenc, C. / Spinelli, S. / Bebeacua, C. / Tremblay, D. / Orlov, I. / Blangy, S. / Klaholz, B.P. / Moineau, S. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: A Virulent Siphophage CyoEM Structure and Host Recognition and Infection Mechanism
著者: Farenc, C. / Spinelli, S. / Bebeacua, C. / Tremblay, D. / Orlov, I. / Blangy, S. / Klaholz, B.P. / Moineau, S. / Cambillau, C.

履歴

登録	2013年6月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	4l92C 4l99C 4l9bSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4rgg-1 4l99-1 4l99-2 4rga-1 4rga-2 4l92-1 4rgg-2 5t7f-2 2wxf-d 5t2l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Receptor Binding Protein

B: Receptor Binding Protein

ヘテロ分子

87.2 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Receptor Binding Protein

ヘテロ分子

A: Receptor Binding Protein

ヘテロ分子

A: Receptor Binding Protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Receptor Binding Protein

ヘテロ分子

B: Receptor Binding Protein

ヘテロ分子

B: Receptor Binding Protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	165.550, 165.550, 165.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

#1: タンパク質

Receptor Binding Protein / RBP

分子量: 43326.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Lactococcus phage 1358 (ファージ)
遺伝子: ORF20 / プラスミド: pETG20A / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D3W0F1

#2: 糖

ChemComp-G1P / 1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-1-PHOSPHATE / 1-O-phosphono-alpha-D-glucose / 1-O-phosphono-D-glucose / 1-O-phosphono-glucose

タイプ: D-saccharide / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃O₉P

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10 mM zinc sulfate heptahydrate, 100 mM MES, pH 6.5, 25% v/v PEG550 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.921 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月8日
放射	モノクロメーター: lower resolution Si(111) cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.61→50 Å / Num. all: 45762 / Num. obs: 45762 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 63.13 Å² / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.61→2.68 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3338 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PROTEUM PLUS	PLUS	データ収集
MOLREP		位相決定
BUSTER	2.11.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4L9B

4l9b

解像度: 2.61→47.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9354 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9071 / SU R Cruickshank DPI: 0.271 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.283 / SU R_free Blow DPI: 0.211 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.209 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2113	2289	5 %	RANDOM
R_work	0.1788	-	-	-
all	0.1805	45761	-	-
obs	0.1805	45761	99.2 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.288 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.61→47.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6056	0	32	410	6498

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	2088	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	176	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	910	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	6232	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	842	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	7091	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	6232	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	8498	HARMONIC	2	1.17
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.61
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				17.55

LS精密化シェル

解像度: 2.61→2.68 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2295	163	5.01 %
R_work	0.2046	3089	-
all	0.2058	3252	-
obs	-	-	99.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0731	-0.0745	-0.2912	0	0.0862	0.0457	0.0008	-0.0095	-0.0029	0.0055	-0.0017	-0.0006	0.0009	-0.0046	0.0008	0.0016	0.0303	0.0251	-0.0137	-0.0166	0.0026	-61.3492	49.2524	-35.9704
2	0.0625	-0.3311	0.2031	0.4516	1.2287	0.2824	-0.0027	-0.0298	0.0141	0.016	0.008	-0.0156	0.0044	0.0124	-0.0053	-0.0061	0.0211	-0.0233	-0.0102	-0.0277	0.0031	-39.5223	34.6233	-21.0407
3	0	-0.3737	-0.1321	0.0614	0.273	0.1324	-0.0011	-0.0134	0.0094	0.0135	0.0043	-0.0044	0.0026	0.0069	-0.0032	0	0.0156	0.0004	-0.0006	-0.0311	-0.0002	-41.8658	37.3461	-16.4024
4	0.0511	-0.7806	-1.0603	0	0.0868	1.5693	0.0012	-0.0163	0.0201	0.0098	-0.0067	0.009	0.0187	-0.0018	0.0056	0.0274	0.0575	0.0506	-0.0324	-0.0409	-0.0191	-50.8266	36.6898	-13.8581
5	0	-0.3582	-0.5419	0.2211	0.4236	0.0767	-0.0039	-0.0021	0.0028	0.0041	0.0034	0.0152	0.0053	-0.0108	0.0005	0.015	0.0014	0.0452	-0.0137	-0.0044	-0.0053	-51.7961	25.4183	-25.9605
6	0.2725	-0.0604	-0.1252	0.1563	0.2759	0.022	-0.0013	-0.0133	-0.0039	0.0092	0.0056	0.0023	0.0118	0.0138	-0.0042	0.0216	0.0305	-0.0148	0.0048	0.0026	-0.0345	-39.3047	23.1173	-17.3007
7	0.1463	0.256	-0.3127	0.0422	0.0135	0.3508	0.0066	-0.0118	0.0034	-0.0019	-0.0055	0.0031	0.0125	0.0186	-0.001	0.0042	0.0361	-0.0055	-0.0456	0.0099	0.0118	-26.4476	19.7086	-41.8515
8	0.0563	-0.3039	0.6113	0.1019	0.0405	0.4748	0.0046	0.0015	-0.0041	0.0106	0.0007	-0.0032	0.0162	0.0162	-0.0053	0.0034	0.0529	-0.0312	-0.0348	0.022	0.0047	-21.3346	15.6056	-37.9201
9	0.1752	-0.1853	0.1388	0.2827	-0.0119	0.0862	0.0002	0.0282	-0.0058	0.0019	0.0073	0.0008	0.004	0.0188	-0.0075	0.0105	0.0362	0.0024	-0.0275	0.0067	-0.0035	-26.8018	13.603	-47.6452
10	0	-0.3461	0.4618	0.619	0.2735	0.2079	0.0042	0.0343	-0.0408	-0.0035	0.0033	-0.0056	0.0306	0.0292	-0.0075	0.0026	0.0238	0.0183	-0.0299	-0.0194	-0.0331	-32.4953	10.3011	-52.5367
11	0.0092	0.0018	-0.2961	0.6463	0.0834	0.1028	0.0009	0.0209	-0.0052	0.0106	0.001	0.0004	0.0105	0.021	-0.0019	0.006	0.0279	0.0128	-0.0159	0	-0.0116	-28.8627	16.3361	-51.7303
12	0.122	0.0748	0.1049	0.1225	-0.1277	0.1069	-0.0006	0.0024	-0.0027	0.0009	0.0018	-0.0005	0.0024	-0.0011	-0.0012	0.0106	0.0256	0.0088	-0.0175	-0.0224	-0.0009	-22.7131	1.9318	-56.7283
13	0.0004	-0.1615	0.1013	0	0.1287	0	0	0.0005	-0.0012	-0.0011	0.0001	-0.0054	0.0035	0.0009	0	-0.0023	0.0446	0.0023	-0.0115	-0.0049	0.0035	-12.3616	2.4412	-52.4122
14	0	0.1561	-0.2301	0.4696	0.1492	0	0.0006	0.0006	0.007	0.0023	-0.0035	-0.0002	0.0157	-0.0034	0.0029	-0.0164	0.0076	0.0147	-0.0279	0.0087	0.0133	-32.1801	21.4832	-47.6417
15	0.0038	0.0138	0.0344	0.003	0.0042	0.0143	0.0002	0.0007	-0.0006	0.0009	0.0011	0.0039	-0.0008	-0.0024	-0.0013	0.0049	-0.0056	-0.0068	0.0017	0.0024	-0.0069	-48.1876	20.4231	-53.0682
16	0.0114	0.3238	0.1997	0.1052	0.0412	0.0007	0.0013	0.0033	0.0057	-0.0009	0.0022	-0.0004	-0.0044	-0.0029	-0.0035	-0.0018	-0.0199	-0.0288	-0.0019	-0.0285	0.0002	26.7537	13.5947	12.9455
17	0.029	0.1364	0.7971	0.0942	1.2159	0.6155	-0.0017	-0.0157	0.015	0.0003	-0.0053	0.0049	-0.0079	-0.0192	0.007	0.0197	-0.0122	-0.0207	-0.0063	-0.0302	-0.0216	1.7405	27.1846	2.8344
18	0	0.0757	0.2437	0.117	0.2529	0.0715	-0.0005	-0.0071	0.0073	-0.0001	-0.0001	0.0057	-0.0086	-0.0076	0.0006	0.0027	-0.0083	-0.0064	-0.0007	-0.0306	0	3.875	31.7314	5.8574
19	0	0.7075	0.9481	1.6168	0.1213	0	0.0013	-0.0106	0.0096	-0.0115	0.004	-0.0081	-0.0071	0.0004	-0.0052	0.0217	-0.0642	-0.0607	-0.033	-0.0581	-0.0153	12.3394	35.4944	4.5412
20	0	0.3404	0.3858	0.1739	0.1193	0.1777	-0.0024	-0.0038	-0.0045	-0.005	0.0034	-0.0094	-0.0054	0.0183	-0.0011	0.0297	-0.058	-0.006	-0.031	-0.0135	-0.0031	13.2774	24.9744	-8.2466
21	0.1714	0.441	0.2197	0.2217	0.2224	0.06	-0.001	0.0003	0.0102	-0.0091	-0.0094	0.0074	-0.0089	-0.008	0.0104	0.0237	0.0065	-0.0297	-0.0388	-0.0144	0.006	-0.3273	32.1739	-7.997
22	0	0.2886	0.1091	0.5213	-0.1118	0	0.0037	-0.0243	0.0056	-0.0061	-0.007	-0.0005	-0.0141	0.0238	0.0033	0.0218	0.0004	0.0058	-0.0208	-0.0009	-0.0154	-10.6689	6.7467	-13.0906
23	0	0.3014	0.3664	0.2456	0.1336	0.0537	0.0038	0.0023	0.0083	-0.0048	-0.0036	-0.0038	-0.0247	0.0022	-0.0002	0.0364	0.0011	0.0222	-0.0477	-0.0083	-0.003	-16.6668	10.4841	-16.0964
24	0.2967	0.1822	-0.3922	0.0496	0.224	0.3103	0.0015	0.0002	0.0035	-0.002	-0.0095	-0.003	-0.0203	0.0062	0.0079	0.0086	-0.0029	-0.0011	-0.0206	0.0141	-0.0141	-10.4489	1.7527	-19.8879
25	0.1365	-0.608	-0.3368	0.4795	-0.2316	0.2986	0.0073	0.0288	-0.0242	-0.0165	-0.0162	0.0107	-0.0452	0.0174	0.0089	-0.0142	-0.0486	0.0157	-0.0684	0.0129	0.0033	-4.6652	-1.9615	-24.3744
26	0.2568	-0.4034	0.4261	0.0878	-0.0978	0.049	0.0035	0.003	-0.0035	-0.0127	0.0017	-0.0048	-0.0185	0.0051	-0.0052	-0.0034	-0.0241	0.0058	-0.0313	0.0088	0.0056	-7.6117	-2.2775	-17.9045
27	0.021	0.11	-0.2122	0.006	-0.0484	0.126	0.0005	-0.0005	-0.0047	-0.003	-0.0006	0.0033	-0.0015	0.0025	0.0001	0.0046	-0.0029	0.0015	-0.0019	0.0001	-0.0122	-14.9416	-6.4348	-32.053
28	0	-0.1335	-0.1678	0.0596	-0.0763	0.0027	0.0008	0.0027	-0.0003	-0.0027	0.0002	0.0015	-0.0014	-0.0044	-0.0009	0.0177	0.0328	-0.0108	-0.029	0.0288	0.002	-25.5788	-3.5024	-29.8548
29	0	-0.1489	0.166	0.1433	0.1887	0.0699	0.0014	-0.0034	0.0001	0.0065	0.0031	-0.0083	-0.0256	0.0032	-0.0045	-0.0129	-0.0064	-0.0025	-0.0025	0.0157	-0.0058	-4.1465	1.5908	-12.7074
30	0.0002	-0.0107	-0.0206	0.0146	-0.0053	0	0.0001	0.0006	-0.0002	0.0004	-0.0002	-0.0025	-0.0008	0.0011	0.0001	-0.0034	-0.0035	0.0048	-0.0041	0.004	0.0074	12.0823	-1.6572	-16.2091

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|2 - A\|17}	A	2 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|18 - A\|53}	A	18 - 53
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|54 - A\|78}	A	54 - 78
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|79 - A\|116}	A	79 - 116
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|117 - A\|143}	A	117 - 143
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|144 - A\|170}	A	144 - 170
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|171 - A\|206}	A	171 - 206
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|207 - A\|236}	A	207 - 236
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|237 - A\|269}	A	237 - 269
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{A\|270 - A\|319}	A	270 - 319
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{A\|320 - A\|343}	A	320 - 343
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{A\|344 - A\|355}	A	344 - 355
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{A\|356 - A\|366}	A	356 - 366
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{A\|367 - A\|387}	A	367 - 387
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{A\|388 - A\|393}	A	388 - 393
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{B\|2 - B\|17}	B	2 - 17
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{B\|18 - B\|53}	B	18 - 53
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{B\|54 - B\|78}	B	54 - 78
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{B\|79 - B\|116}	B	79 - 116
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{B\|117 - B\|143}	B	117 - 143
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{B\|144 - B\|170}	B	144 - 170
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{B\|171 - B\|206}	B	171 - 206
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{B\|207 - B\|236}	B	207 - 236
24	X-RAY DIFFRACTION	24	{B\|237 - B\|269}	B	237 - 269
25	X-RAY DIFFRACTION	25	{B\|270 - B\|319}	B	270 - 319
26	X-RAY DIFFRACTION	26	{B\|320 - B\|343}	B	320 - 343
27	X-RAY DIFFRACTION	27	{B\|344 - B\|355}	B	344 - 355
28	X-RAY DIFFRACTION	28	{B\|356 - B\|366}	B	356 - 366
29	X-RAY DIFFRACTION	29	{B\|367 - B\|387}	B	367 - 387
30	X-RAY DIFFRACTION	30	{B\|388 - B\|393}	B	388 - 393

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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