PDB-4l92: Structure of the RBP from lactococcal phage 1358 in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l92

タイトル

Structure of the RBP from lactococcal phage 1358 in complex with 2 GlcNAc molecules

要素

Receptor Binding Protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / beta sandwich domain / phage receptor binding protein / Lactococcus lactis pellicle saccharide

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus phage 1358 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Farenc, C. / Spinelli, S. / Bebeacua, C. / Tremblay, D. / Orlov, I. / Blangy, S. / Klaholz, B.P. / Moineau, S. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: A Virulent Siphophage CyoEM Structure and Host Recognition and Infection Mechanism
著者: Farenc, C. / Spinelli, S. / Bebeacua, C. / Tremblay, D. / Orlov, I. / Blangy, S. / Klaholz, B.P. / Moineau, S. / Cambillau, C.

履歴

登録	2013年6月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4l92.ent.gz	269.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4l92_validation.pdf.gz	480.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4l92_full_validation.pdf.gz	490.7 KB	表示
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CIF形式データ	4l92_validation.cif.gz	58.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/4l92 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/4l92	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4l97C 4l99C 4l9bSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4rgg-2 4rga-2 4l99-2 4l99-1 4rgg-1 3zim-d 6gvf-d 4l97-1 2bdm-3 4l97-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (1) #76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Receptor Binding Protein

B: Receptor Binding Protein

ヘテロ分子

87.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Receptor Binding Protein

ヘテロ分子

A: Receptor Binding Protein

ヘテロ分子

A: Receptor Binding Protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Receptor Binding Protein

ヘテロ分子

B: Receptor Binding Protein

ヘテロ分子

B: Receptor Binding Protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	165.640, 165.640, 165.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-403- ZN
2	1	B-402- ZN
3	1	B-822- HOH

#1: タンパク質

Receptor Binding Protein / RBP

分子量: 43326.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Lactococcus phage 1358 (ファージ)
遺伝子: ORF20 / プラスミド: pERG20A / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D3W0F1

#2: 糖

ChemComp-NDG / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAca	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-a-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 832 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 10 mM zinc sulfate heptahydrate, 100 mM MES, pH 6.5, 25% v/v PEG550 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.921 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月7日 / 詳細: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors
放射	モノクロメーター: channel cut cryogenically cooled crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 88185 / Num. obs: 88185 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / B_iso Wilson estimate: 42.07 Å² / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 10 % / R_merge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 14123 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PROTEUM PLUS	PLUS	データ収集
MOLREP		位相決定
BUSTER	2.11.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4L9B

4l9b

解像度: 2.1→30.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9543 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU R Cruickshank DPI: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.133 / SU R_free Blow DPI: 0.118 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.114 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1934	4404	5 %	RANDOM
R_work	0.1764	-	-	-
all	0.1772	88079	-	-
obs	0.1772	88079	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.234 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6058	0	51	832	6941

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	2113	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	178	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	917	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	6266	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	1	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	849	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	7583	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	6266	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	8543	HARMONIC	2	1.12
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.9
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				16.75

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2022	325	5.01 %
R_work	0.2044	6161	-
all	0.2043	6486	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0208	-0.036	-0.2823	0	-0.0139	0.0924	0.0007	-0.0061	-0.0015	-0.0003	0.001	-0.0007	-0.003	-0.0034	-0.0017	0.0026	0.0272	0.0283	-0.0053	-0.0144	-0.0001	-61.1651	48.669	-36.0399
2	0.0981	-0.3407	-0.0184	0.5081	0.9011	0.1485	-0.0005	-0.0076	0.0104	0.0011	0.0058	-0.0126	-0.0032	0.0008	-0.0054	-0.0037	0.0158	-0.0195	-0.0146	-0.0411	0.0038	-38.7235	34.9567	-21.2572
3	0	-0.1582	0.1967	0.0755	0.1843	0	-0.001	-0.013	0.0022	0.0052	-0.0009	-0.0024	0.0004	0.0059	0.0019	0.0003	0.0024	0.0093	-0.0092	-0.047	0.0111	-41.0255	37.717	-16.667
4	0.0162	-0.9637	-1.2549	0	-0.1952	1.1218	0.0025	-0.0149	0.0145	0.0112	-0.009	0.0053	0.0089	-0.0044	0.0065	0.0145	0.0547	0.0663	-0.0077	-0.0676	-0.0244	-49.8717	36.8532	-13.9256
5	0.0278	-0.5063	-0.4158	0.2289	0.3611	0.1247	-0.0031	-0.0082	0.0052	0.0084	-0.0005	0.0097	0.0073	-0.0037	0.0036	0.0164	0.003	0.0576	-0.0107	-0.0001	-0.0031	-50.8456	25.302	-25.7309
6	0.044	-0.2271	-0.1975	0	-0.1111	0.1585	0.0004	-0.0109	-0.0004	0.0129	0.0028	0.0016	0.0066	0.0089	-0.0032	0.0197	0.0301	-0.0056	0.0044	-0.0079	-0.0217	-38.1076	23.561	-17.2831
7	0.6468	0.1397	0.0799	0.0937	-0.0099	0.3008	0.0052	-0.0055	-0.0014	-0.007	-0.0079	-0.0055	0.0263	0.0163	0.0026	-0.0075	0.0658	0.0148	-0.0477	0.0064	0.0305	-25.735	19.9256	-41.9686
8	0.2119	0.0067	0.38	0.1439	-0.4243	0.2629	0.0035	-0.0014	-0.01	0.0096	-0.0008	-0.0196	0.0151	0.0264	-0.0027	0.0148	0.0727	-0.0361	-0.0415	0.033	0.0236	-20.4213	16.0721	-38.0936
9	0.0859	0.0785	-0.3155	0.6236	0.0995	0.1399	0.0024	0.0197	-0.017	0.001	0.0117	-0.0333	0.013	0.003	-0.0142	0.0221	0.0533	-0.012	-0.0323	0.0067	0.0036	-26.0802	13.7116	-47.6257
10	0.3437	-0.198	-0.3425	0.5408	0.3127	0.2615	0.0103	0.0182	-0.0411	0.0039	0.0025	-0.0138	0.0376	0.0085	-0.0128	0.0326	0.0209	0.0048	-0.0192	-0.0133	-0.0267	-31.7815	10.1459	-52.2825
11	0.0237	-0.0721	-0.1824	0.486	0.1171	0.029	0.0019	0.0071	-0.0073	-0.0115	0.004	-0.0179	0.013	0.0025	-0.0059	0.0163	0.0441	-0.001	-0.0162	0.0003	-0.0027	-28.296	16.2295	-51.6786
12	0.0904	0.1971	-0.0137	0.1735	-0.1362	0.125	-0.0006	0.0046	-0.0009	-0.0038	0.0016	-0.0006	0.0044	-0.0003	-0.001	0.0145	0.0366	0.0227	-0.0194	-0.03	0.0098	-22.2934	2.2526	-56.3325
13	0.0125	-0.2511	0.0554	0.0047	0.2491	0	0.0006	-0.0018	-0.0008	0.0007	-0.001	-0.0021	0.0014	0.0009	0.0004	-0.0026	0.0513	0.0174	-0.0135	-0.0144	0.0185	-11.4502	2.8166	-52.4229
14	0.0872	0.4584	-0.0703	0.7504	-0.1263	0.1451	0.0001	0.0048	0.0002	-0.0028	0.0025	-0.0084	0.0123	-0.0022	-0.0026	-0.0131	0.0425	0.0223	-0.0272	0.0073	0.0187	-31.6531	21.4373	-47.6557
15	0.0014	0.0085	0.0395	0	0.0053	0.0395	0.0003	0.0005	-0.0002	0.0011	-0.0002	0.0026	0.0015	-0.0016	-0.0001	0.003	0.0017	-0.0176	0.0073	-0.0018	-0.0074	-47.7321	19.8732	-52.6808
16	0.0421	0.257	0.12	0.1329	0.0533	0	0.0004	0.0014	0.006	0.0016	0.0002	-0.0021	-0.0002	-0.0006	-0.0007	0.0019	-0.0199	-0.0346	0.0017	-0.0155	-0.0012	27.2534	13.8339	13.6736
17	0.0494	0.1413	1.0149	0.0546	0.8368	0.0249	0.0014	-0.0054	0.0063	0.0022	0.0006	0.0004	-0.0041	-0.0235	-0.0021	0.0028	-0.0329	-0.0261	0.0014	-0.0386	-0.0097	2.7864	27.7828	2.7987
18	0	0.056	0.3656	0.0007	0.3195	0	-0.0001	-0.0034	0.0065	0.0018	0.0034	0.0046	-0.0051	-0.0063	-0.0034	0.0041	-0.0277	-0.017	0.004	-0.0339	-0.0105	4.8467	32.5275	6.0528
19	0.0115	1.1305	1.0141	1.2	-0.2086	0	0.002	-0.0114	0.0124	-0.0111	0.0062	-0.0064	-0.0098	0.0025	-0.0081	0.0194	-0.0828	-0.0576	-0.0299	-0.0667	-0.0081	13.5758	35.8502	4.4678
20	0.0013	0.415	0.645	0.1976	0.3527	0.1352	-0.003	-0.0038	0.0026	-0.0076	0.0014	-0.0022	0.0008	0.0091	0.0016	0.0249	-0.0928	-0.0281	-0.0262	-0.0305	0.0011	14.435	24.9699	-7.9995
21	0.0122	0.2706	0.6179	0.2437	0.3744	0	0.0016	0.0039	0.0069	-0.0031	-0.0028	0.0033	-0.0068	-0.0092	0.0012	0.0198	-0.0212	-0.0356	-0.0254	-0.0324	0.0037	1.0156	32.5042	-8.1686
22	0.1995	0.3389	0.3397	0.5111	0.0536	0.0036	0.0055	-0.0174	0.0066	-0.0182	-0.0062	0.0017	-0.0099	0.0208	0.0008	0.0361	-0.0207	-0.0158	-0.0242	-0.0269	-0.0186	-9.8219	7.2061	-12.7822
23	0.1095	-0.1704	0.9672	0.6594	-0.0929	0.3103	0.0055	-0.0068	0.0081	-0.0044	-0.0001	0.0059	-0.0392	0.0087	-0.0054	0.0459	0.0076	-0.0299	-0.0406	-0.0007	-0.0075	-15.7191	10.9481	-15.9544
24	0.3954	0.0767	0.2688	0.2546	0.1176	0.361	0.0024	0.0017	-0.0069	-0.0039	-0.0136	-0.0039	-0.0251	0.001	0.0113	0.028	-0.018	-0.0119	-0.0309	0.0115	-0.0096	-9.1511	2.4359	-19.2809
25	0.1846	-0.1749	0.1615	0.2127	0.0756	0.6758	0.0093	0.0238	-0.0147	-0.0253	-0.0141	0.0135	-0.0583	0.0455	0.0048	-0.0032	-0.0607	0.0076	-0.0517	-0.0057	0.0077	-3.7607	-1.7478	-23.7163
26	0.2883	-0.3283	0.3425	0.1573	0.1392	0.7121	0	-0.0033	0.0055	0.0031	-0.0055	-0.0152	-0.0378	0.0195	0.0054	0.0137	-0.022	-0.0055	-0.0174	0.0089	-0.0127	-6.8306	-1.941	-17.4012
27	0.018	0.0761	-0.1613	0.1449	-0.1779	0.1683	0.0003	0.0034	-0.0014	-0.0069	-0.0004	0.0004	0.0028	-0.0008	0.0001	0.0117	-0.0098	-0.0107	-0.0034	-0.0149	-0.0045	-13.6816	-5.6063	-31.0035
28	0	-0.1353	-0.0175	0.0216	-0.0104	0.0702	0.0009	0.0001	-0.001	-0.0034	0.0004	-0.0022	0.0003	-0.0049	-0.0013	0.0239	0.0233	-0.0311	-0.015	0.0301	-0.009	-24.6068	-3.1181	-29.5482
29	0	0.0833	0.1151	0.4854	0.1729	0.0964	0.0023	-0.0067	-0.0009	0.0032	-0.0064	-0.0036	-0.0231	0.0099	0.0041	-0.0076	-0.0457	-0.0112	0.0031	0.0051	-0.0011	-3.3826	1.947	-12.1765
30	0.0172	-0.0145	-0.0081	0.0132	-0.0305	0	0.0001	0.0007	-0.0002	0.0011	0.0001	-0.0017	0.0003	0.0012	-0.0001	-0.0061	-0.009	0.0069	-0.0003	0.003	0.009	12.818	-1.6406	-15.34

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|2 - A\|17}	A	2 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|18 - A\|53}	A	18 - 53
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|54 - A\|78}	A	54 - 78
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|79 - A\|116}	A	79 - 116
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|117 - A\|143}	A	117 - 143
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|144 - A\|170}	A	144 - 170
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|171 - A\|206}	A	171 - 206
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|207 - A\|236}	A	207 - 236
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|237 - A\|269}	A	237 - 269
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{A\|270 - A\|319}	A	270 - 319
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{A\|320 - A\|343}	A	320 - 343
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{A\|344 - A\|355}	A	344 - 355
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{A\|356 - A\|366}	A	356 - 366
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{A\|367 - A\|387}	A	367 - 387
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{A\|388 - A\|393}	A	388 - 393
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{B\|2 - B\|17}	B	2 - 17
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{B\|18 - B\|53}	B	18 - 53
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{B\|54 - B\|78}	B	54 - 78
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{B\|79 - B\|116}	B	79 - 116
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{B\|117 - B\|143}	B	117 - 143
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{B\|144 - B\|170}	B	144 - 170
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{B\|171 - B\|206}	B	171 - 206
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{B\|207 - B\|236}	B	207 - 236
24	X-RAY DIFFRACTION	24	{B\|237 - B\|269}	B	237 - 269
25	X-RAY DIFFRACTION	25	{B\|270 - B\|319}	B	270 - 319
26	X-RAY DIFFRACTION	26	{B\|320 - B\|343}	B	320 - 343
27	X-RAY DIFFRACTION	27	{B\|344 - B\|355}	B	344 - 355
28	X-RAY DIFFRACTION	28	{B\|356 - B\|366}	B	356 - 366
29	X-RAY DIFFRACTION	29	{B\|367 - B\|387}	B	367 - 387
30	X-RAY DIFFRACTION	30	{B\|388 - B\|393}	B	388 - 393

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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