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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4l6w | ||||||
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タイトル | Carboxyltransferase subunit (AccD6) of Mycobacterium tuberculosis acetyl-CoA carboxylase | ||||||
![]() | Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6 | ||||||
![]() | LIGASE / Crotonase fold / CoA binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() acetyl-CoA carboxytransferase / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; カルボキシル基またはH2NCO-カルバモイル基を移すもの / fatty acid elongation, saturated fatty acid / propionyl-CoA carboxylase activity / acetyl-CoA carboxylase complex / acetyl-CoA carboxylase activity / ligase activity / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid biosynthetic process / transferase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Anandhakrishnan, M. / Ehebauer, M.T. / Wilmanns, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of the carboxyltransferase subunit of Mycobacterium tuberculosis acetyl-CoA carboxylase 著者: Anandhakrishnan, M. / Ehebauer, M.T. / Wilmanns, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 327.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 264.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2bzrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52370.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37Rv / 遺伝子: accD6, MT2307, MTCY427.28, Rv2247 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P63407, UniProt: P9WQH5*PLUS, acetyl-CoA carboxylase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.02 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 27% (w/v) PEG 3350, 0.3 M ammonium sulphate, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月9日 / 詳細: 25 Hz, 450 micron sensor thickness |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2395 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.947→76.942 Å / Num. all: 79503 / Num. obs: 79385 / % possible obs: 99.85 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.88 % / Biso Wilson estimate: 36.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 34.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 5.14 / Num. unique all: 12489 / % possible all: 98.59 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2BZR 解像度: 1.95→68.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 7.337 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.222 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→68.97 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.947→1.998 Å / Total num. of bins used: 20
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