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万見
- PDB-4l6w: Carboxyltransferase subunit (AccD6) of Mycobacterium tuberculosis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l6w
タイトルCarboxyltransferase subunit (AccD6) of Mycobacterium tuberculosis acetyl-CoA carboxylase
要素Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6
キーワードLIGASE / Crotonase fold / CoA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; カルボキシル基またはH2NCO-カルバモイル基を移すもの / acetyl-CoA carboxytransferase / fatty acid elongation, saturated fatty acid / propionyl-CoA carboxylase activity / acetyl-CoA carboxylase complex / acetyl-CoA carboxylase activity / ligase activity / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid biosynthetic process / transferase activity
類似検索 - 分子機能
: / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...: / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Biotin-dependent acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase beta6 subunit / Biotin-dependent acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase beta6 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Anandhakrishnan, M. / Ehebauer, M.T. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural analysis of the carboxyltransferase subunit of Mycobacterium tuberculosis acetyl-CoA carboxylase
著者: Anandhakrishnan, M. / Ehebauer, M.T. / Wilmanns, M.
履歴
登録2013年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6
B: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,7412
ポリマ－104,7412
非ポリマー00
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5360 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area29880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.942, 90.311, 154.563
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B
14A
24B
15A
25B
16A
26B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 150
2114B1 - 150
1126A151 - 190
2126B151 - 190
1134A191 - 215
2134B191 - 215
1144A216 - 395
2144B216 - 395
1156A396 - 430
2156B396 - 430
1164A431 - 460
2164B431 - 460

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.188521, 0.367309, -0.910793), (0.368966, -0.88597, -0.280928), (-0.910123, -0.283091, -0.302549)20.3316, 30.86143, 38.84181

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要素

#1: タンパク質 Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6 / PCCase / Propanoyl-CoA:carbon dioxide ligase


分子量: 52370.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: accD6, MT2307, MTCY427.28, Rv2247 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: P63407, UniProt: P9WQH5*PLUS, acetyl-CoA carboxylase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 27% (w/v) PEG 3350, 0.3 M ammonium sulphate, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.2395 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月9日 / 詳細: 25 Hz, 450 micron sensor thickness
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.947→76.942 Å / Num. all: 79503 / Num. obs: 79385 / % possible obs: 99.85 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.88 % / Biso Wilson estimate: 36.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 34.4
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 5.14 / Num. unique all: 12489 / % possible all: 98.59

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BZR

2bzr


解像度: 1.95→68.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 7.337 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24356 3977 5 %RANDOM
Rwork0.17383 ---
all0.17721 75286 --
obs0.17721 75286 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.222 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3----0.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→68.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6141 0 0 195 6336
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0196257
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8461.9528504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2885826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.00522.835261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.61815946
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7051556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2976
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214789
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.44436257
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free23.818559
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded26.70456278
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1985MEDIUM POSITIONAL0.340.5
1985MEDIUM THERMAL10.662
243LOOSE POSITIONAL0.415
243LOOSE THERMAL14.5610
3201MEDIUM POSITIONAL0.240.5
3201MEDIUM THERMAL8.432
41276MEDIUM POSITIONAL0.620.5
41276MEDIUM THERMAL9.232
521LOOSE POSITIONAL0.195
521LOOSE THERMAL16.2110
6220MEDIUM POSITIONAL0.420.5
6220MEDIUM THERMAL12.412
LS精密化 シェル解像度: 1.947→1.998 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 288 -
Rwork0.192 5305 -
obs--96.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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