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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l68
タイトルStructure of the psedudokinase domain of BIR2, an immune regulator of the RLK/Pelle family
要素Leucine-rich repeat protein kinase-like protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / pseudokinase / negative immune regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to fungus / negative regulation of defense response to bacterium / chloroplast / defense response / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...: / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3-PROPANDIOL / Inactive LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase BIR2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Blaum, B.S. / Stehle, T.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure of the pseudokinase domain of BIR2, a regulator of BAK1-mediated immune signaling in Arabidopsis.
著者: Blaum, B.S. / Mazzotta, S. / Noldeke, E.R. / Halter, T. / Madlung, J. / Kemmerling, B. / Stehle, T.
履歴
登録2013年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine-rich repeat protein kinase-like protein
B: Leucine-rich repeat protein kinase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8163
ポリマ－75,7402
非ポリマー761
水7,656425
1
A: Leucine-rich repeat protein kinase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9462
ポリマ－37,8701
非ポリマー761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Leucine-rich repeat protein kinase-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8701
ポリマ－37,8701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.141, 108.141, 392.655
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-812-

HOH

21A-968-

HOH

31B-898-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Leucine-rich repeat protein kinase-like protein / BIR2 / Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase / Putative receptor kinase / Receptor-like ...BIR2 / Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase / Putative receptor kinase / Receptor-like protein kinase-like protein


分子量: 37869.934 Da / 分子数: 2 / 断片: cytosolic domain (UNP residues 271-605) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AT3G28450, At3g28450/MFJ20_13, LRR-RLK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LSI9
#2: 化合物 ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL / 1,3-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.03 M n-ethylene glycols, 0.1 M bicine/Trizma base, 10% PEG20000, 20% PEG550 MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.07 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月30日
放射モノクロメーター: Bartels DCCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.122 Å / Num. all: 60598 / Num. obs: 60269 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Biso Wilson estimate: 33.8 Å2
反射 シェル解像度: 2→2.19 Å / % possible all: 23.52

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TVXデータ収集
CCP4モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→48.122 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 2 / 位相誤差: 20.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2133 3013 5 %RANDOM
Rwork0.1751 ---
all0.191 60598 --
obs0.177 60266 100 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.122 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4957 0 5 425 5387
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085149
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9826970
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07775
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004901
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8521902
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2-2.03130.29321350.280825542689
2.0313-2.06460.29841350.261825812716
2.0646-2.10020.26971350.243425572692
2.1002-2.13840.27651350.232925752710
2.1384-2.17950.25591360.216325762712
2.1795-2.2240.23321350.195125732708
2.224-2.27230.22981360.196625802716
2.2723-2.32520.26991360.189425692705
2.3252-2.38330.24181350.184925822717
2.3833-2.44780.23621370.174925892726
2.4478-2.51980.21611360.174825922728
2.5198-2.60110.21871360.179325822718
2.6011-2.69410.24331360.175225892725
2.6941-2.80190.24221360.176625812717
2.8019-2.92940.21531380.189526222760
2.9294-3.08390.22311370.182825972734
3.0839-3.2770.20831370.174626142751
3.277-3.530.20921370.170425952732
3.53-3.88510.22191380.155326302768
3.8851-4.44690.16371390.136826362775
4.4469-5.60130.16591410.15126802821
5.6013-48.1360.20281470.180527992946
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3532-0.3856-0.23882.26660.31491.5963-0.15150.14250.1189-0.1760.04070.0322-0.15140.17410.10.2567-0.0541-0.07420.19490.07390.09938.213120.80518.5435
23.0806-3.46681.02834.0491-1.37720.6786-0.12880.93880.969-0.44470.0122-0.4245-0.24010.16640.03890.8174-0.2193-0.1530.64540.29280.767910.029541.760912.2096
31.7814-0.95910.75531.3375-0.24450.9916-0.595-0.05331.3042-0.44610.03460.9511-0.736-0.23610.06470.73340.0351-0.4020.3120.10320.8126-9.748241.75118.4427
45.1846-0.66670.74797.7207-2.43127.7825-0.1435-0.82840.04640.2490.1860.7221-0.0263-0.75480.2330.42860.076-0.07750.4932-0.030.3341-2.596233.679436.5774
52.43640.1467-0.21062.4559-0.55143.51130.023-0.03210.02920.13250.06390.3786-0.196-0.6201-0.01150.1626-0.0343-0.04230.24770.03170.21769.690523.146854.5647
64.389-0.1753-0.64875.59110.35645.8378-0.0552-1.0625-0.42140.3331-0.0473-0.32140.43280.57770.11770.32310.0121-0.01190.37660.15940.345229.75410.37258.6026
73.4041-0.24010.08861.68470.33551.7226-0.10110.0177-0.3034-0.17250.06880.04230.0907-0.05680.02630.1202-0.05-0.00420.154-0.01650.150429.131218.659746.1523
83.6420.6895-0.03362.0743-1.77571.5925-0.18921.20130.0212-0.82070.09530.1027-1.2084-0.3550.02960.7265-0.1608-0.03510.5468-0.00960.425125.839735.467334.1793
93.6096-0.68220.25092.220.11951.5093-0.0268-0.1382-0.29320.052-0.0126-0.07360.11060.20890.02520.1305-0.03090.00980.15340.02180.120744.97519.262251.9123
105.1542-0.4151.46571.0720.00112.97950.00760.3462-0.7157-0.3230.07080.10660.06420.22880.01340.2678-0.03190.00290.3424-0.05840.22736.527919.058435.8084
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 272 through 453 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 454 through 486 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 487 through 580 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 581 through 600 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 266 through 380 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 381 through 399 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 400 through 450 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 451 through 480 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 481 through 559 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 560 through 600 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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