PDB-4l5n: Crystallographic Structure of HHV-1 Uracil-DNA Glycosylase comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l5n

タイトル

Crystallographic Structure of HHV-1 Uracil-DNA Glycosylase complexed with the Bacillus phage PZA inhibitor protein p56

要素

Early protein GP1B
Uracil-DNA glycosylase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / UDG Inhibition / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Herpes simplex virus type 1 (ヘルペスウイルス)

Bacillus phage PZA (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Cole, A.R. / Sapir, O. / Ryzhenkova, K. / Baltulionis, G. / Hornyak, P. / Savva, R.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Architecturally diverse proteins converge on an analogous mechanism to inactivate Uracil-DNA glycosylase.
著者: Cole, A.R. / Ofer, S. / Ryzhenkova, K. / Baltulionis, G. / Hornyak, P. / Savva, R.

履歴

登録	2013年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月21日	Group: Database references
改定 1.2	2013年10月23日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l5n.cif.gz	279.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l5n.ent.gz	227.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l5n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4l5n_validation.pdf.gz	473.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4l5n_full_validation.pdf.gz	475.5 KB	表示
XML形式データ	4l5n_validation.xml.gz	28 KB	表示
CIF形式データ	4l5n_validation.cif.gz	41.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/4l5n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/4l5n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ban-4 5osu-d 2eiz-d 2znw-1 2dqg-d 6q3x-1 1uac-d 1j1x-d 6qje-2 2dqf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uracil-DNA glycosylase

B: Uracil-DNA glycosylase

C: Early protein GP1B

D: Early protein GP1B

E: Early protein GP1B

F: Early protein GP1B

ヘテロ分子

80.7 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Uracil-DNA glycosylase

C: Early protein GP1B

D: Early protein GP1B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Uracil-DNA glycosylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Uracil-DNA glycosylase

E: Early protein GP1B

F: Early protein GP1B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

B: Uracil-DNA glycosylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.1 kDa, 1 ポリマー
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5

C: Early protein GP1B

D: Early protein GP1B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13 kDa, 2 ポリマー
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6

E: Early protein GP1B

F: Early protein GP1B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	52.704, 91.375, 162.862
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

Subunits A and B are Monomers with Dimeric Inhibitors attached / Two Dimers consisting of C-D E-F

#1: タンパク質	Uracil-DNA glycosylase / UDG / UNG 分子量: 26979.980 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 96-334 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Herpes simplex virus type 1 (ヘルペスウイルス) 株: strain 17 / 遺伝子: UL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10186, uracil-DNA glycosylase
#2: タンパク質	Early protein GP1B 分子量: 6455.130 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage PZA (ファージ) / 遺伝子: 1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06948
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.95 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.09M Ammonium Acetate, 14.3% Peg 10K, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月1日

放射

モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.92 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.16→50 Å / Num. all: 44596 / Num. obs: 44596 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1.14 / Observed criterion σ(I): 1.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
2.16-2.22	4.6	0.642	2.3	3435	1	99.2
12.77-50	4.4	0.02	53	684	1	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
GDA		データ収集
PHASER		位相決定
BUSTER	2.10.0	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.16→50 Å / σ(F): 1.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.2018	2986	RANDOM
R_work	0.171	-	-
obs	0.1725	44499	-
all	-	44499	-

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.16→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5196	0	60	409	5665

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.01
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	3.2

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4141	-0.0634	-0.6457	1.9248	0.4934	2.3647	0.0933	-0.1955	0.0136	0.0749	-0.1192	-0.2876	-0.0215	0.1355	0.0259	-0.0854	-0.0209	-0.0249	-0.0255	0.0001	0.0329	19.9604	-28.9919	43.0575
2	1.9221	-0.2913	0.1125	1.1295	-0.0737	1.1717	0.0249	0.0041	-0.1993	-0.0759	0.0192	0.1357	0.0633	-0.0017	-0.0441	-0.0877	-0.0136	-0.0034	-0.1087	-0.0109	0.0152	1.0304	-32.1596	33.6273
3	0	2.762	-2.9104	4.6935	-2.9104	1.3039	-0.0112	0.1386	0.1622	-0.1528	0.0687	-0.1454	-0.3477	0.0802	-0.0574	-0.1731	-0.004	0.1484	-0.2014	0.152	0.2837	13.7998	13.7861	-2.5339
4	2.668	-0.324	-0.5308	3.8011	-0.2114	1.6381	0.1472	0.5428	0.5442	-0.2499	-0.0608	0.2372	-0.2396	-0.0808	-0.0864	-0.1953	0.0185	-0.005	-0.0755	0.1455	-0.0622	4.5645	-3.2387	5.2779
5	2.5521	-0.1184	-0.4395	1.8885	-0.4237	3.1423	-0.0323	-0.2903	0.0098	0.1998	0.0906	-0.0647	0.1004	0.1984	-0.0582	-0.083	0.0209	0.0112	-0.0585	-0.0265	-0.0057	-6.6305	-12.9929	44.6483
6	2.6098	-0.1654	-0.6574	2.3253	-0.2226	0.3051	0.0691	0.0071	-0.0118	-0.2052	-0.039	0.213	-0.0234	-0.0344	-0.0301	-0.0545	-0.0209	-0.0099	-0.0687	-0.0153	0.0334	-16.5261	-6.8472	35.6307
7	1.8923	-0.7692	-0.3034	1.0874	0.2531	3.5436	-0.1068	0.4628	0.2761	-0.0987	-0.0129	-0.1066	-0.1907	0.1488	0.1197	-0.0546	-0.0528	0.0427	-0.0132	0.0119	-0.0111	25.553	-10.1875	13.7779
8	1.156	0.0295	0.0524	2.5781	1.7307	3.2897	-0.0051	0.058	0.0861	-0.1596	-0.0679	-0.0797	0.192	-0.059	0.073	-0.0581	-0.0188	0.0137	-0.0318	-0.0089	0.0214	22.0271	-16.3654	27.0825

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|16 - 60}	A	16 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|61 - 244}	A	61 - 244
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{B\|18 - 60}	B	18 - 60
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{B\|61 - 244}	B	61 - 244
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{C\|7 - 55}	C	7 - 55
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{D\|8 - 55}	D	8 - 55
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{E\|9 - 55}	E	9 - 55
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{F\|8 - 55}	F	8 - 55

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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