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万見
- PDB-4l56: tRNA guanine transglycosylase H333D mutant apo structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l56
タイトルtRNA guanine transglycosylase H333D mutant apo structure
要素Queuine tRNA-ribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / TGT / DIMER INTERFACE / GLYCOSYLTRANSFERASE / TRNA PROCESSING / METAL-BINDING / QUEUOSINE / tRNA / ZINC BINDING / GUANINE BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / : / tRNA queuosine(34) biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / : / tRNA-guanine transglycosylase / tRNA-guanine(15) transglycosylase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Queuine tRNA-ribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Zymomonas mobilis subsp. mobilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Nguyen, T.X.P. / Heine, A. / Klebe, G.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: What Glues a Homodimer Together: Systematic Analysis of the Stabilizing Effect of an Aromatic Hot Spot in the Protein-Protein Interface of the tRNA-Modifying Enzyme Tgt.
著者: Jakobi, S. / Nguyen, P.T. / Debaene, F. / Cianferani, S. / Reuter, K. / Klebe, G.
履歴
登録2013年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7419
ポリマ－43,0311
非ポリマー7108
水4,918273
1
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,48218
ポリマ－86,0622
非ポリマー1,42016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y,-z+21
Buried area1940 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area27710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.049, 65.198, 69.547
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Queuine tRNA-ribosyltransferase / Guanine insertion enzyme / tRNA-guanine transglycosylase


分子量: 43030.773 Da / 分子数: 1 / 変異: H333D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zymomonas mobilis subsp. mobilis (バクテリア)
株: ATCC 31821 / ZM4 / CP4 / 遺伝子: tgt, ZMO0363 / プラスミド: pRP-IBA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODONPLUS-RIPL
参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM Tris 10% DMSO 7% PEG 8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.85507 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月17日 / 詳細: Silicon, active surface 50 nm Rh-coated
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.85507 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 46368 / Num. obs: 46368 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 16.9 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2246 / Rsym value: 0.495 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PUD

1pud


解像度: 1.7→29.391 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.31 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1842 2335 5.04 %random
Rwork0.1601 ---
obs0.1614 46321 99.01 %-
all-46368 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.391 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2773 0 43 273 3089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132935
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4063959
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9011077
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1417
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008524
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.73180.2746930.22262449X-RAY DIFFRACTION94
1.7318-1.76940.26491400.20712572X-RAY DIFFRACTION100
1.7694-1.81060.23171400.18912621X-RAY DIFFRACTION100
1.8106-1.85590.22141270.1782589X-RAY DIFFRACTION100
1.8559-1.9060.19561530.16642590X-RAY DIFFRACTION100
1.906-1.96210.1921450.15762595X-RAY DIFFRACTION100
1.9621-2.02540.20111410.15212601X-RAY DIFFRACTION100
2.0254-2.09780.16681470.14812587X-RAY DIFFRACTION100
2.0978-2.18180.15741250.14262633X-RAY DIFFRACTION100
2.1818-2.2810.20421310.14882596X-RAY DIFFRACTION100
2.281-2.40120.1781440.1472630X-RAY DIFFRACTION100
2.4012-2.55160.2091190.15692599X-RAY DIFFRACTION100
2.5516-2.74850.15411540.15752607X-RAY DIFFRACTION100
2.7485-3.02480.23081300.16682596X-RAY DIFFRACTION99
3.0248-3.46190.17171570.15542566X-RAY DIFFRACTION99
3.4619-4.35940.15881480.14472608X-RAY DIFFRACTION99
4.3594-29.3950.17381410.17542547X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04830.07910.24220.8730.53241.735-0.03890.22780.0951-0.2246-0.12180.2102-0.2575-0.3132-0.14110.03610.0046-0.04050.05870.00310.07581.863311.68889.8845
20.6249-0.3801-0.0811.05630.63310.93680.0594-0.00820.0806-0.05870.0252-0.1167-0.17360.06420.13820.0587-0.01250.00630.04010.00160.073716.664814.877894.8683
30.0598-0.1552-0.2021.1729-0.35920.76170.0370.15590.1096-0.64610.0586-0.15390.168-0.03420.36710.1937-0.01580.00620.11640.0438-0.001612.0698.480966.5816
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 10:160)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 161:281)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 282:383)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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