PDB-4l43: Crystal structures of human p70S6K1-T389A (form I)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l43

タイトル

Crystal structures of human p70S6K1-T389A (form I)

要素

RPS6KB1 protein

キーワード

TRANSFERASE / Protein kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

long-chain fatty acid import into cell / response to electrical stimulus involved in regulation of muscle adaptation / response to methamphetamine hydrochloride / skeletal muscle atrophy / regulation of D-glucose import / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / negative regulation of TORC2 signaling / response to L-leucine / cellular response to nutrient / TORC1 signaling ...long-chain fatty acid import into cell / response to electrical stimulus involved in regulation of muscle adaptation / response to methamphetamine hydrochloride / skeletal muscle atrophy / regulation of D-glucose import / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / negative regulation of TORC2 signaling / response to L-leucine / cellular response to nutrient / TORC1 signaling / response to glucagon / positive regulation of smooth muscle cell migration / phosphatidylinositol-mediated signaling / response to testosterone / germ cell development / TOR signaling / mTORC1-mediated signalling / positive regulation of translational initiation / response to tumor necrosis factor / long-term memory / behavioral fear response / skeletal muscle contraction / response to glucose / response to mechanical stimulus / positive regulation of TORC1 signaling / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic cell cycle / cellular response to dexamethasone stimulus / peptide binding / protein phosphatase 2A binding / positive regulation of translation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / PDZ domain binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / modulation of chemical synaptic transmission / response to nutrient levels / cellular response to growth factor stimulus / cellular response to type II interferon / G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to insulin stimulus / response to toxic substance / cell migration / peptidyl-serine phosphorylation / response to lipopolysaccharide / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / postsynapse / protein kinase activity / neuron projection / response to xenobiotic stimulus / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / cell surface / signal transduction / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Wang, J. / Zhong, C. / Ding, J.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of S6K1 provide insights into the regulation mechanism of S6K1 by the hydrophobic motif
著者: Wang, J. / Zhong, C. / Wang, F. / Qu, F. / Ding, J.

履歴

登録	2013年6月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月4日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l43.cif.gz	139.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l43.ent.gz	110.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l43.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/4l43 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/4l43	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4l3jC 4l3lC 4l42C 4l44C 4l45C 4l46C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4l45-d 4k9h-3 5mm3-2 5t1w-d 6ej3-d 5qdd-1 3vv7-d 6cfm-3 5tol-d 5t8p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (3) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: RPS6KB1 protein

ヘテロ分子

39.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.572, 79.572, 112.749
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	RPS6KB1 protein / Ribosomal protein S6 kinase beta-1 / Ribosomal protein S6 kinase / 70kDa / polypeptide 1 / isoform CRA_c 分子量: 38933.910 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 75-417 / 変異: T389A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS6KB1, hCG_1815774 / プラスミド: pFastBacHTB 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): Spodoptera frugiperda / 参照: UniProt: Q7Z721, UniProt: P23443*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-5FI / 2-{[4-(5-ethylpyrimidin-4-yl)piperazin-1-yl]methyl}-5-(trifluoromethyl)-1H-benzimidazole / PF-4708671 分子量: 390.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₁F₃N₆

#1: タンパク質

RPS6KB1 protein / Ribosomal protein S6 kinase beta-1 / Ribosomal protein S6 kinase / 70kDa / polypeptide 1 / isoform CRA_c

分子量: 38933.910 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 75-417 / 変異: T389A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS6KB1, hCG_1815774 / プラスミド: pFastBacHTB
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Spodoptera frugiperda / 参照: UniProt: Q7Z721, UniProt: P23443*PLUS

#2: 化合物

ChemComp-5FI / 2-{[4-(5-ethylpyrimidin-4-yl)piperazin-1-yl]methyl}-5-(trifluoromethyl)-1H-benzimidazole / PF-4708671

分子量: 390.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₁F₃N₆

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.52 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.6M ammonium citrate, 0.1M Bis-Tris propane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9797 Å

検出器

タイプ: CCD ADSC unsupported-q315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9797 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 6.9 % / Av σ(I) over netI: 18.51 / 数: 59631 / R_merge(I) obs: 0.098 / Χ²: 1.08 / D res high: 3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 8690 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.46	50	99.4	1	0.049	1.023	6.4
5.13	6.46	99.9	1	0.062	0.892	6.6
4.48	5.13	100	1	0.081	1.192	6.7
4.07	4.48	99.9	1	0.108	1.482	6.9
3.78	4.07	100	1	0.128	1.386	6.9
3.56	3.78	99.9	1	0.161	1.221	7
3.38	3.56	100	1	0.218	0.988	7
3.23	3.38	100	1	0.275	0.848	7
3.11	3.23	100	1	0.381	0.868	7.1
3	3.11	100	1	0.52	0.847	7.1

反射

解像度: 3→50 Å / Num. obs: 8690 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 8.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
3-3.11	7.1	0.52	1	100
3.11-3.23	7.1	0.381	1	100
3.23-3.38	7	0.275	1	100
3.38-3.56	7	0.218	1	100
3.56-3.78	7	0.161	1	99.9
3.78-4.07	6.9	0.128	1	100
4.07-4.48	6.9	0.108	1	99.9
4.48-5.13	6.7	0.081	1	100
5.13-6.46	6.6	0.062	1	99.9
6.46-50	6.4	0.049	1	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 42.09 / SU ML: 0.334 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.475 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2789	450	5.2 %	RANDOM
R_work	0.22666	-	-	-
obs	0.22929	8160	99.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.167 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.36 Å²	2.18 Å²	0 Å²
2-	-	4.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2498	0	28	0	2526

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	2584
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.028	1.984	3483
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.962	5	313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.534	23.54	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.228	15	460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.146	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	373
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	1935
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.905	1.5	1567
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.519	2	2507
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.846	3	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.833	4.5	976
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.186	3	2584
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	36	-
R_work	0.309	574	-
obs	-	-	99.67 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -39.788 Å / Origin y: 24.4082 Å / Origin z: -9.3852 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0794 Å²	-0.0241 Å²	-0.016 Å²	-	0.0664 Å²	-0.0197 Å²	-	-	0.0046 Å²
L	0.214 °²	-0.101 °²	-0.05 °²	-	1.2862 °²	-0.6566 °²	-	-	0.6022 °²
S	-0.021 Å °	-0.0165 Å °	0.0159 Å °	-0.0218 Å °	-0.0759 Å °	-0.0825 Å °	0.0951 Å °	0.0209 Å °	0.0969 Å °

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)