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- PDB-4l37: SP2-SP3 - a complex of two storage proteins from Bombyx mori hemolymph -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l37
タイトルSP2-SP3 - a complex of two storage proteins from Bombyx mori hemolymph
要素
  • Arylphorin
  • Silkworm storage protein
キーワードPROTEIN BINDING / arylphorin / hemocyanin-like fold / storage proteins / BmSP2 / BmSP3 / hemolymph
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Hemocyanin, C-terminal domain / Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 1. / Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 2. / Hemocyanin, N-terminal / Hemocyanin, N-terminal domain superfamily / Hemocyanin, all-alpha domain / Hemocyanin/hexamerin middle domain / Hemocyanin, C-terminal / Hemocyanin, C-terminal domain superfamily / Hemocyanin, copper containing domain ...Hemocyanin, C-terminal domain / Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 1. / Arthropod hemocyanins / insect LSPs signature 2. / Hemocyanin, N-terminal / Hemocyanin, N-terminal domain superfamily / Hemocyanin, all-alpha domain / Hemocyanin/hexamerin middle domain / Hemocyanin, C-terminal / Hemocyanin, C-terminal domain superfamily / Hemocyanin, copper containing domain / Hemocyanin, ig-like domain / Hemocyanin/hexamerin / di-copper center containing domain from catechol oxidase / Di-copper center containing domain from catechol oxidase / Di-copper centre-containing domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Silkworm storage protein / Arylphorin
類似検索 - 構成要素
生物種Bombyx mori (カイコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Pietrzyk, A.J. / Bujacz, A. / Mueller-Dieckmann, J. / Jaskolski, M. / Bujacz, G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Crystallographic identification of an unexpected protein complex in silkworm haemolymph.
著者: Pietrzyk, A.J. / Bujacz, A. / Mueller-Dieckmann, J. / ochynska, M. / Jaskolski, M. / Bujacz, G.
履歴
登録2013年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Silkworm storage protein
B: Arylphorin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,63514
ポリマ－163,2622
非ポリマー2,37312
水2,450136
1
A: Silkworm storage protein
B: Arylphorin
ヘテロ分子

A: Silkworm storage protein
B: Arylphorin
ヘテロ分子

A: Silkworm storage protein
B: Arylphorin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)496,90542
ポリマ－489,7866
非ポリマー7,11936
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area43650 Å2
ΔGint-308 kcal/mol
Surface area136160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.750, 192.750, 180.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-802-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Silkworm storage protein / Uncharacterized protein


分子量: 81283.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bombyx mori (カイコ) / 参照: UniProt: H9JHM9
#2: タンパク質 Arylphorin / Uncharacterized protein


分子量: 81978.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bombyx mori (カイコ) / 参照: UniProt: Q1HPP4

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糖 , 1種, 2分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 146分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2.0 M ammonium sulfate 0.02 M sodium thiocyanate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: KMC-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→48 Å / Num. all: 44365 / Num. obs: 44232 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 43.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.639 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 4198 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GWJ

3gwj


解像度: 2.9→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 28.091 / SU ML: 0.251 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.339 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22267 1096 2.5 %RANDOM
Rwork0.16582 ---
all0.16726 44365 --
obs0.16726 43121 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.406 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.49 Å21.49 Å2-0 Å2
2--1.49 Å2-0 Å2
3----4.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11373 0 150 136 11659
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0211920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6661.95616151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.92451343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.56424.025646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.878151938
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2811546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.21629
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0219340
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 75 -
Rwork0.252 3129 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4325-0.0678-0.01490.47010.13890.6311-0.0505-0.0442-0.00820.03110.0822-0.00810.0064-0.1282-0.03170.02010.02770.00990.14620.01950.073853.706947.9809116.4785
20.2733-0.0215-0.03830.3435-0.06620.2189-0.0164-0.00460.01620.04140.00350.00640.027-0.00930.01290.05140.01290.00310.06610.00360.09676.18242.5732106.8249
30.4095-0.36890.19290.4073-0.07060.35280.02650.0183-0.03770.02410.00320.0580.1596-0.0038-0.02970.1266-0.02170.01470.0229-0.0020.095171.682421.7925109.4861
40.6157-0.12580.08340.49980.24661.19260.03370.09830.035-0.0565-0.0138-0.01440.0861-0.2118-0.01990.0456-0.0236-0.03670.1656-0.00190.056653.780149.714562.3352
50.2997-0.1111-0.1350.06410.03640.2071-0.00090.0424-0.0078-0.01880.010.0015-0.0272-0.0327-0.00910.06410.0189-0.01590.10220.01410.084873.223762.367472.7835
60.19070.2197-0.18010.4243-0.13230.2392-0.00230.03120.0418-0.0611-0.01830.0263-0.0314-0.05040.02060.08430.0773-0.02640.09660.02620.119462.486380.678169.1112
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 153
2X-RAY DIFFRACTION2A154 - 438
3X-RAY DIFFRACTION3A439 - 679
4X-RAY DIFFRACTION4B10 - 156
5X-RAY DIFFRACTION5B157 - 441
6X-RAY DIFFRACTION6B442 - 675

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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