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- PDB-4kzw: Structure of the carbohydrate-recognition domain of the C-type le... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kzw
タイトルStructure of the carbohydrate-recognition domain of the C-type lectin mincle
要素C-TYPE LECTIN MINCLE
キーワードCarbohydrate-binding protein / C-type lectin / carbohydrate recognition domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Dectin-2 family / T cell differentiation involved in immune response / glycolipid binding / antifungal innate immune response / Fc-gamma receptor signaling pathway / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / positive regulation of cytokine production / phagocytic vesicle membrane / carbohydrate binding ...Dectin-2 family / T cell differentiation involved in immune response / glycolipid binding / antifungal innate immune response / Fc-gamma receptor signaling pathway / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / positive regulation of cytokine production / phagocytic vesicle membrane / carbohydrate binding / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
CD209-like, C-type lectin-like domain / : / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold ...CD209-like, C-type lectin-like domain / : / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / C-type lectin domain family 4 member E
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Feinberg, H. / Jegouzo, S.A.F. / Rowntree, T.J.W. / Guan, Y. / Brash, M.A. / Taylor, M.E. / Weis, W.I. / Drickamer, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Mechanism for Recognition of an Unusual Mycobacterial Glycolipid by the Macrophage Receptor Mincle.
著者: Feinberg, H. / Jegouzo, S.A. / Rowntree, T.J. / Guan, Y. / Brash, M.A. / Taylor, M.E. / Weis, W.I. / Drickamer, K.
履歴
登録2013年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22013年10月23日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-TYPE LECTIN MINCLE
B: C-TYPE LECTIN MINCLE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8548
ポリマ－31,4812
非ポリマー3726
水2,774154
1
A: C-TYPE LECTIN MINCLE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0335
ポリマ－15,7411
非ポリマー2924
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: C-TYPE LECTIN MINCLE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8213
ポリマ－15,7411
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.29, 64.29, 127.16
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 C-TYPE LECTIN MINCLE


分子量: 15740.721 Da / 分子数: 2
断片: CARBOHYDRATE RECOGNITION DOMAIN (UNP RESIDUES 79-208)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CLEC4E / プラスミド: pT5T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E1BHM0
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCE MATCHES NCBI SEQUENCE XM_592701.4, AND THE CONFLICT AT RESIDUE 174 ...AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCE MATCHES NCBI SEQUENCE XM_592701.4, AND THE CONFLICT AT RESIDUE 174 IS A KNOWN POLYMORPHISM.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.96 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: Protein: 3.5 mg/ml mincle, 2.5 mM CaCl2, 10 mM Tris-Cl, pH 8.0, 25 mM NaCl. Reservoir: 20% polyethylene glycol 4,000, 20% 2-propanol and 0.1 M sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING ...詳細: Protein: 3.5 mg/ml mincle, 2.5 mM CaCl2, 10 mM Tris-Cl, pH 8.0, 25 mM NaCl. Reservoir: 20% polyethylene glycol 4,000, 20% 2-propanol and 0.1 M sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→33.72 Å / Num. obs: 24890 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 10.4 % / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 33.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.85-1.9510.60.421.93842836360.4297.8
1.95-2.0710.50.2273.43619934320.22798.3
2.07-2.2110.10.15453208831680.15496.8
2.21-2.3910.90.1017.63287730290.10198.8
2.39-2.6210.60.06212.32944627770.06299.1
2.62-2.9310.20.04516.62556124950.04597.5
2.93-3.3810.70.03219.92405022410.03299.6
3.38-4.149.80.028231819918550.02897.8
4.14-5.8510.20.02424.81508214790.02499.8
5.85-33.725100.01928.577667780.01995.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→33.72 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8395 / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 1245 5 %
Rwork0.179 --
obs0.182 24888 98.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 122.71 Å2 / Biso mean: 48.2 Å2 / Biso min: 21.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→33.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2183 0 18 154 2355
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012307
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0273090
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005400
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.931824
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.92430.29231390.24392611275098
1.9243-2.01180.24251400.21012624276498
2.0118-2.11790.28421320.20252611274398
2.1179-2.25050.26771390.20492570270996
2.2505-2.42430.26891390.20222643278299
2.4243-2.66810.25641390.19692674281399
2.6681-3.0540.25441300.20852607273797
3.054-3.84680.21631430.167926762819100
3.8468-33.73020.18071440.14632627277197
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.37782.81261.43593.9001-0.98512.0191-0.2904-0.78650.74941.4956-0.3119-1.8586-1.03620.40990.42830.5696-0.06-0.11040.4379-0.07840.51098.566558.124260.0939
25.9448-0.12-0.40439.18262.39080.6860.1373-0.5134-0.06170.7156-0.2471-0.2903-0.29140.00770.1280.41-0.0232-0.04650.2072-0.01740.16643.851747.969657.6166
36.7289-0.09435.28238.17721.58024.5044-0.4922-1.266-0.41060.20280.27850.2531-0.1636-0.08030.10240.39840.04780.0760.4530.09550.3084-2.265844.293564.0704
44.2161-3.86531.75055.6695-3.42532.2906-0.5312-1.13610.27140.9070.48060.1343-1.4016-0.1734-0.14290.48080.04760.0370.2464-0.09280.3003-3.579655.800160.5441
54.94660.9928-2.93845.9224.47766.27730.1444-0.28650.69620.2698-0.15210.2095-1.2620.2186-0.09970.5415-0.0464-0.05070.1484-0.05340.29520.139960.373149.8812
67.77430.7907-3.43694.5707-0.88247.60490.11980.1755-0.294-0.14960.0971.180.3637-0.7499-0.0860.28040.0055-0.0590.19980.04350.5036-8.017247.883553.275
76.7558-4.0904-4.0317.1961-0.71695.05560.1586-0.60840.25430.46260.01511.34460.3396-0.4822-0.12540.4490.07460.10840.3296-0.10570.7081-13.176756.652959.7038
81.9633-1.8596-3.15827.0330.01878.0619-0.01440.67860.369-0.7903-0.02071.3048-0.4865-0.9506-0.09880.36290.0757-0.28360.16360.08290.736-12.346454.997647.2404
98.17236.4009-0.95445.33030.93898.4269-0.24580.2229-0.50250.17970.64081.52750.5847-1.7131-0.16210.3816-0.1016-0.05630.40760.19360.9421-14.413243.515451.7609
108.21833.8577-3.33458.5212.15886.38150.15690.43260.7257-0.94910.14880.8082-0.1283-0.3596-0.28010.44110.0316-0.09430.19670.02170.323-4.772455.513942.7772
112.02173.734-0.07768.4137-2.32545.14350.16660.0398-0.9757-0.00060.27541.05680.4508-0.4043-0.43480.3531-0.0478-0.03910.2503-0.0440.4928-6.199843.070852.0159
128.67096.26436.77946.90095.69865.7045-0.0358-0.8140.4082-0.59810.0041-0.2479-0.93550.8871-0.01840.5807-0.1260.04120.5374-0.14940.33384.930858.143966.0672
136.521-5.97293.99477.0458-1.9774.2659-0.4307-0.55840.9489-0.1436-0.1198-1.65840.14451.4437-0.41810.3572-0.14940.31041.53720.17460.481520.782336.428462.1881
144.566-0.46451.41274.6396-1.61444.71360.00070.3418-0.3013-0.4320.1432-0.09030.15291.1456-0.13430.25240.0470.00820.4331-0.06110.219511.18830.115765.8825
153.7609-4.3042.37484.9301-2.83084.59170.7215-0.0231-2.4104-0.42980.3540.22942.0369-0.8838-0.87180.9505-0.0733-0.27920.37990.04260.84941.935714.991663.0844
162.8529-1.10653.47070.9127-0.66285.68410.98430.024-1.7813-0.21480.27880.23812.21250.451-0.41990.95860.3199-0.27480.4994-0.08320.74958.677416.596467.722
177.5635-0.83533.88094.9526-1.44738.00460.4218-0.3692-0.7167-0.14690.34060.47270.8495-0.4052-0.71030.26410.0482-0.02710.32640.08940.32496.111124.823472.6601
183.0341.2429-3.42450.5134-1.35493.7491-0.26191.9332-0.1796-1.0041-0.2196-0.498-0.17441.2920.24410.5656-0.07950.20981.39780.06640.325719.196832.61655.7807
191.99992.7562-2.84414.49541.51715.26921.845-1.9805-1.44921.145-0.3157-0.92141.1423-0.2594-1.25421.1584-0.7127-0.2490.9639-0.15590.5818-11.483341.967144.0049
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 79:88 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 89:99 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 100:110 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 111:119 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 120:129 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 130:149 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 150:159 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESID 160:169 )A0
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13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESID 79:88 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESID 89:139 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN B AND (RESID 140:149 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN B AND (RESID 150:176 )B0
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN B AND (RESID 177:202 )B0
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN B AND (RESID 203:211 )B0
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN A AND RESID 301A301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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