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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kzl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human tankyrase 2 in complex with 4'-fluoro flavone | ||||||
![]() | (Tankyrase-2) x 2 | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PROTEIN-LIGAND COMPLEX / DIPHTHERIA TOXIN LIKE FOLD / TRANSFERASE / ADP-RIBOSYLATION / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein localization to chromosome, telomeric region / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / positive regulation of telomere capping / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity ...XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein localization to chromosome, telomeric region / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / positive regulation of telomere capping / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / nucleotidyltransferase activity / TCF dependent signaling in response to WNT / Degradation of AXIN / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / protein polyubiquitination / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / nuclear envelope / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / Golgi membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Narwal, M. / Haikarainen, T. / Lehtio, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Discovery of tankyrase inhibiting flavones with increased potency and isoenzyme selectivity. 著者: Narwal, M. / Koivunen, J. / Haikarainen, T. / Obaji, E. / Legala, O.E. / Venkannagari, H. / Joensuu, P. / Pihlajaniemi, T. / Lehtio, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 80.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4bs4C ![]() 4kzqC ![]() 4kzuC ![]() 4l09C ![]() 4l0bC ![]() 4l0iC ![]() 4l0sC ![]() 4l0tC ![]() 4l0vC ![]() 4l10C ![]() 4l2fC ![]() 4l2gC ![]() 4l2kC ![]() 4l31C ![]() 4l32C ![]() 4l33C ![]() 4l34C ![]() 3u9hS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 21824.545 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal fragment, UNP residues 946-1113 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5493.216 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal fragment, UNP residues 1114-1162 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 273分子 ![](data/chem/img/20D.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | ChemComp-GOL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.67 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris HCl 24 % PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: Pilatus 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月9日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→29.16 Å / Num. all: 36429 / Num. obs: 36429 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.62 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 13.82 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.79 % / Rmerge(I) obs: 0.811 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique all: 2660 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3U9H 解像度: 2→29.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 3.537 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.821 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→29.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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